Gastointestinal sistem malign tümörlerinde moleküler profilleme
Molecular profiling of gastrointestinal system malignant tumors
- Tez No: 1009690
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İSMAİL SAYGIN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Moleküler Tıp, Patoloji, Molecular Medicine, Pathology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gastrointestinal sistem (GİS) kanserleri; kolorektal, mide ve özofagus başta olmak üzere gastrointestinal kanal ve aksesuar sindirim organlarını tutan, moleküler patogenezleri ve klinik seyirleri açısından belirgin heterojenite gösteren malign tümörleri kapsamaktadır. Küresel kanser istatistiklerine göre GİS kökenli maligniteler, insidans ve mortalite açısından tüm kanserler arasında ilk sıralarda yer almaktadır. Bu nedenle GİS kanserlerinin tanı ve tedavi süreçlerinde multidisipliner yaklaşım büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada, 2020–2024 yılları arasında Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Patoloji Anabilim Dalı arşivinde yer alan ve yeni nesil dizileme (YND) ile moleküler analiz uygulanmış GİS malign tümörlerinin moleküler profilinin kapsamlı olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca saptanan moleküler değişikliklerin klinikopatolojik bulgularla ve birbirleriyle olan ilişkilerinin incelenmesi ile kullanılan yöntemler arasındaki uyumun değerlendirilmesi hedeflenmiştir. Çalışmaya toplam 571 olgu dahil edilmiş, pankreas, karaciğer ve safra yolları tümörlerinde YND uygulanmış olgu bulunmaması nedeniyle analizler özofagus, mide ve kolorektal kanserlerle sınırlandırılmıştır. Olgulara ait demografik veriler, histopatolojik bulgular, immünhistokimyasal incelemeler ve YND sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Mikrosatellit instabilite (MSI) durumu hem immünhistokimyasal hem de moleküler yöntemlerle analiz edilerek yöntemler arası uyum incelenmiş, PD-L1 ekspresyonu ise kombine pozitif skor (CPS) kullanılarak değerlendirilmiştir. Çalışmada en sık tümör grubunu kolorektal kanserlerin oluşturduğu görülmüş olup erkek predominansı belirgindir. Histolojik olarak en sık adenokarsinom, NOS izlenmiş ve olguların önemli bir kısmında lenfovasküler invazyon ile tümör depoziti varlığı saptanmıştır. MSI-H fenotipinin sınırlı bir hasta grubunda bulunduğu, YND ile değerlendirilen MSI durumu ile tümörü infiltre eden lenfosit yoğunluğu arasında anlamlı ilişki olduğu görülmüştür. PD-L1 ekspresyonu ile immünhistokimyasal MSI arasında anlamlı ilişki saptanırken, YND ile değerlendirilen MSI ile ilişki bulunmamıştır. Moleküler analizlerde kolorektal kanserlerde en sık TP53, APC, KRAS ve PIK3CA mutasyonları saptanmış, sağ ve sol kolon tümörleri arasında mutasyon dağılımının farklı olduğu görülmüştür. Mide kanserlerinde TP53 mutasyonu baskın değişiklik olarak izlenirken PIK3CA, KRAS ve ERBB2 mutasyonları daha düşük sıklıkta saptanmıştır. HER2 amplifikasyonu değerlendirmesinde immünohistokimya ile in situ hibridizasyon arasında güçlü uyum bulunmuştur. Özofagus kanserlerinde ise en sık genetik değişiklik TP53 mutasyonu olup adenokarsinom ve skuamöz hücreli karsinomların moleküler açıdan farklı özellikler gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışma, GİS malignitelerinde histopatolojik ve moleküler bulguların birlikte değerlendirilmesinin tümör patogenezinin anlaşılmasına katkı sağladığını ve hedefe yönelik tedavi ile immünoterapi yaklaşımlarında doğru hasta seçimi açısından moleküler patolojinin önemini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Gastrointestinal (GI) cancers comprise malignant tumors involving the gastrointestinal tract and accessory digestive organs, primarily including colorectal, gastric, and esophageal cancers, and exhibit marked heterogeneity in terms of molecular pathogenesis and clinical course. According to global cancer statistics, GI malignancies rank among the leading cancers in terms of both incidence and mortality, representing a major public health concern. Therefore, a multidisciplinary approach is essential for the diagnosis and management of GI cancers. The aim of this study was to comprehensively evaluate the molecular profile of GI malignant tumors that underwent molecular analysis using next-generation sequencing (NGS) in the archives of the Department of Medical Pathology, Karadeniz Technical University Faculty of Medicine between 2020 and 2024. In addition, the relationships between the detected molecular alterations and clinicopathological findings, as well as the concordance between the diagnostic methods used, were investigated. A total of 571 cases were included in the study. Since no cases with NGS analysis were available for pancreatic, hepatic, or biliary tract malignancies, the analyses were limited to esophageal, gastric, and colorectal cancers. Demographic data, histopathological findings, immunohistochemical analyses, and NGS results were retrospectively evaluated. Microsatellite instability (MSI) status was assessed using both immunohistochemical and molecular methods, and the concordance between these methods was statistically analyzed. Programmed death-ligand 1 (PDL1) expression was evaluated using the combined positive score (CPS). Among GI malignancies, colorectal cancers constituted the most common tumor group and showed a marked male predominance. Histologically, adenocarcinoma, NOS was the most frequent subtype, and lymphovascular invasion and tumor deposits were detected in a considerable proportion of cases. The MSI-H phenotype was observed in a limited subset of patients, whereas a significant association was found between MSI status determined by NGS and tumor-infiltrating lymphocyte density. While PD-L1 expression was significantly associated with MSI status assessed by immunohistochemistry, no significant relationship was found with MSI status determined by NGS. Molecular analyses demonstrated that TP53, APC, KRAS, and PIK3CA were the most frequently mutated genes in colorectal cancers, and differences in mutation distribution were observed between right- and left-sided colon tumors. In gastric cancers, TP53 mutation was the predominant molecular alteration, whereas PIK3CA, KRAS, and ERBB2 mutations were detected at lower frequencies. A strong concordance was observed between immunohistochemistry and in situ hybridization methods in the evaluation of HER2 amplification. In esophageal cancers, the most common genetic alteration was TP53 mutation, and adenocarcinoma and squamous cell carcinoma exhibited distinct molecular characteristics. In conclusion, the combined evaluation of histopathological findings and molecular alterations contributes to a better understanding of tumor pathogenesis in GI malignancies and highlights the importance of molecular pathology in clinical decision-making, particularly for accurate patient selection in targeted therapy and immunotherapy.
Benzer Tezler
- Kolorektal karsinomlarda cathepsin D, matriks metalloproteinaz (MMP-2) ve tenascin C ekspresyonlarının klinikopatolojik prognostik faktörler ve sağkalım ile ilişkisinin araştırılması (112 olgu)
The Expression of cathepsin D, matrix metalloproteinase-2 (MMP-2), tenascin C in colorectal carcinoma and its relation with clinicopathologic prognostic factors and survival
BANU SİS
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2001
PatolojiDokuz Eylül ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. A. ALİ KÜPELİOĞLU
- Pankratik intraepitelyal neoplazilerin (PanİN) ve intraduktal papiller müsinöz neoplazilerin (İPMN) tümöral ve nontümöral pankreas patolojileriyle ve birbirleriyle ilişkisi
The relationship between pancreatic intraepithelial neoplasia (pantIN) intraductal papillary mucinous neoplasia (IPMN), tumoral and nontumoral pancreatic pathology
ÖVGÜ AYDIN
- Gastrik ve pankreatik nöroendokrin tümörlerde alfa interneksin geninin ki-67 proliferasyon indeksiyle korelasyonu
Başlık çevirisi yok
İREM ERDOĞAN VEZİROĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GastroenterolojiErciyes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLTEN CAN SEZGİN
- Kolorektal kanserlerin tanı ve takibinde F-18 FGD PET-BT yönteminin yeri
The role of F-18 FDG PET-CT in detecti̇on and follow up of colorectal cancers
MEHMET ALPER ŞAHİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Radyoloji ve Nükleer TıpOndokuz Mayıs ÜniversitesiNükleer Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OKTAY YAPICI
- Mide kanserinde netrin-1, reseptörleri neogenin, UNC5B ve tümör ilişkili parametrelerin araştırılması
Investigation of netrin-1, its receptors neogenin, UNC5B and tumor-related parameters in gastric cancer
HÜLYA KARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaGazi ÜniversitesiBiyokimya (ecz) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYMELEK GÖNENÇ