Türkiye'de yayılış gösteren Hypericum l. (Hypericaceae) cinsine ait bazı türlerin its ve rbcl sekans dizilerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of some species of the genus Hypericum l. (Hypericaceae) distributed in türki̇ye based on its and rbcl sequences
- Tez No: 1024236
- Danışmanlar: DOÇ. DR. EMRE SEVİNDİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Biyoteknoloji, Agriculture, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Filogenetik, Türkiye, Phylogenetic, Türkiye
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez çalışmasında, Türkiye'ye yayılış gösteren Hypericum cinsine ait 9 türün filogenetik ilişkisi, nükleer DNA (nrDNA) iç transkripsiyonel aralık (ITS) ve kloroplast DNA (cpDNA) rbcL bölgeleri kullanılarak belirlenmiştir. Bitkiler lokasyonlardan toplandıktan sonra laboratuvara getirilmiş sonra DNA ekstrakte edilmiş ve ITS (ITS4-ITS5A) ve rbcL (rbcLaF-rbcLaR) primerleri kullanılarak PCR amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. Dizilerin düzenlenmesi için Sequencer 5.4.6 kullanılmıştır. Nükleotid oranları, genetik mesafe matrisi ve π = nükleotid çeşitliliğinin belirlenmesi için MEGA 6.0 yazılımı kullanılmıştır. Dünya Gen Bankasında (NCBI) bulunan bazı Hypericum türleri, NJ filogenetik ağaçları oluşturmak için kullanıldı. Sonuç olarak, ITS analizine göre π = nükleotid çeşitliliği 0.035119 olarak, rbcL analizine göre ise π = nükleotid çeşitliliği 0.010305 olarak belirlenmiştir. ITS sonuçlarında Hypericum scabrum, Hypericum scabroides, Hypericum hyssopifolium subsp. elongatum, Hypericum linarioides, Hypericum pruinatum, Hypericum uniglandulosum, Hypericum bilgehan-bilgilii türleri aynı grup içinde çıkarken, Hypericum alacamdaglariense ve Hypericum heteropyllum türleri bir arada genetik olarak yakın çıkmıştır. Kloroplast DNA rbcL sonuçları, Hypericum türleri arasındaki ayrımda pek etkili olmamıştır. Filogenetik ağaçta Hpericum scabroides ve Hypericum uniglandulosum bir arada çıkarken, Hypericum heteropyllum, Hypericum alacamdaglariense türleri ise ayrı bir grupta genetik olarak yakın çıkmıştır. rbcL sonuçları, türler arasında ki filogenetik ilişkiyi belirlemede ITS bölgesi kadar etkili olmamıştır. Ayrıca, NCBI'dan alınan Hypericum türlerinin ITS ve rbcL sekansları kullanılarak filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Sonuç olarak, ITS ve rbcL sonuçlarımız, Hypericum türlerinin diğer türlerle olan filogenetik ilişkilerini belirlemede tutarlı olmuştur.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the phylogenetic relationships of 9 species of the genus Hypericum distributed in Türkiye were determined using nuclear DNA (nrDNA) ITS and chloroplast DNA (cpDNA) rbcL regions. Plants were collected from localities, brought to the laboratory, DNA was extracted, and PCR amplification was performed using ITS (ITS4-ITS5A) and rbcL (rbcLaF-rbcLaR) primers. Sequencer 5.4.6 was used for sequence editing. MEGA 6.0 software was used to determine nucleotide ratios, genetic distance matrix, and π = nucleotide diversity. Some Hypericum species from the World Gene Bank (NCBI) were used to construct NJ phylogenetic trees. As a result, π = nucleotide diversity was determined as 0.035119 according to ITS analysis and as 0.010305 according to rbcL analysis. In the ITS results, Hypericum scabrum, Hypericum scabroides, Hypericum hyssopifolium subsp. elongatum, Hypericum linarioides, Hypericum pruinatum, Hypericum uniglandulosum, and Hypericum bilgehan-bilgilii were found to be in the same group, while Hypericum alacamdaglariense and Hypericum heteropyllum were found to be genetically closely related. Chloroplast DNA rbcL results were not very effective in differentiating between Hypericum species. In the phylogenetic tree, Hypericum scabroides and Hypericum uniglandulosum were found together, while Hypericum heteropyllum and Hypericum alacamdaglariense were found to be genetically closely related in a separate group. rbcL results were not as effective as the ITS region in determining the phylogenetic relationship between species. In addition, phylogenetic trees were constructed using ITS and rbcL sequences of Hypericum species obtained from NCBI. In conclusion, our ITS and rbcL results have been consistent in determining the phylogenetic relationships of Hypericum species with other species.
Benzer Tezler
- Hypericum L. (Hypericaceae) cinsine ait Drosanthe (SPACH) ENDL. seksiyonunun kloroplast genomunun kodlanmayan“trn”bölgelerine göre karşılaştırmalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of Drosanthe (SPACH) ENDL. section belongs to Hypericum L. (Hypericaceae) genus by comparing the non-coding“trn”regions of the chloroplast genome
GÜLDEN DOĞAN
- Hypericum L. türlerinin biyolojik aktiviteleri, tıbbi kullanımları ve ilaçlarla etkileşimleri
Biological activities of hypericum L. species, their medicinal uses and their interactions with drugs
GİZEM ELBAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNİYE KAYALAR
- Hypericum perforatum L. bitkisinden elde edilen kantaron yağının yara iyileşmesi üzerine etkilerinin deneysel olarak incelenmesi
The experimental investigation of centaury oil that is derived from Hypericum perforatum L. on wound heali̇ng
DİLA ÇELİKKOL
Doktora
Türkçe
2015
Diş HekimliğiCumhuriyet ÜniversitesiAğız, Diş ve Çene Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN HÜSEYİN KÖŞGER
- Türkiye'de doğal yayılış gösteren bazı hypericum türleri üzerinde farmasötik botanik araştırmalar
Pharmaceutical botany research on some natural spreading hypericum L. species in Turkey
ONUR ALTINBAŞAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Botanik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRAN KÜLTÜR
- İzmir ve çevresinde doğal yayılış gösteren bazı Hypericum L. türleri üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
GÖZDE MERAL
Doktora
Türkçe
2000
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Botanik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ULVİ ZEYBEK