Geri Dön

Genotypic characterization of extracellular enzyme producing thermophilic bacteria in Balçova geothermal region

Balçova jeotermal bölgesinde ekstrasellüler enzim üreten termofilik bakterilerin genotipik karakterizasyonu

  1. Tez No: 134275
  2. Yazar: ELİF YAVUZ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2003
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

oz Termofiller, yüksek sıcaklıklarda yaşamaya adapte olmuş organizmalardır. Termofillerden elde edilen enzimler, yüksek sıcaklıklarda gösterdikleri aktivite ve stabilite nedeniyle birçok ticari uygulamalarda kullanılmaktadırlar. Bu sebeple, termofilik bakterilerin doğal kaynaklardan izole edilmeleri ve tanımlanmaları yeni endüstriyel enzimlerin keşfedilmesi açısından önemlidir. Bu açıdan bakıldığında, Balçova Jeotermal Bölgesi endüstriyel olarak önemli özellikleri olan termofilik mikroorganizmalar için iyi bir kaynak oluşturmaktadır. Bu çalışmada Balçova Jeotermal Bölgesinden endüstriyel olarak önemli ekstraselüler enzim üreten termofilik bakterilerin izolasyonu ve genetik yöntemlerle tanımlanması amaçlanmıştır. Bu kapsamda, 16S-ITS rDNA RFLP, plazmid profillerinin belirlenmesi ve 'pulsed field' jel elektroforezi (PFGE) çalışmaları yapılmıştır. Balçova Jeotermal Bölgesinden sağlanan çeşitli örneklerden 112 adet termofilik suş izole edilmiştir. İzolatlar 6 adet ekstraselüler enzim aktivitesi yönünden incelenmiştir. Bu enzimler; lipazlar, amilazlar, proteazlar, ksilanazlar, selülazlar ve pektinazlardır. Toplam 110 adet lipaz (tween 20 substraü), 106 adet amilaz, 55 adet proteaz, 28 adet ksilanaz, 10 adet selülaz ve 3 adet pektinaz aktivitesi saptanmıştır. Ayrıca bu suşlann diğer bazı fenotipik özellikleri de incelenmiştir. Tüm izolatlar, Gram (+), çubuk şeklinde olduklarından ve endospor oluşturduklarından dolayı Bacillus türü olarak tanımlanmışlardır. 16S-ITS r DNA ve plasmid RFLP profilleri, Taq I ve Hae III restriksiyon enzimleri kullanılarak oluşturulmuştur. îzole edilen suşlar, Taq I restriksiyon enzimi profillerine göre 11 farklı gruba ayrılırken, Hae III kesim profillerine göre 9 farklı grup elde edilmiştir. Elde edilen bu gruplar karşılaştırıldığında, 112 adet izolat içinde genotipik olarak 17 farklı susun bulunduğu sonucuna varılmıştır. İzolatlardan 2 tanesi Bacillus stearothermophilus CECT 43 referans susunun RFLP profilleri ile aynı paternleri vermiştir. Ayrıca 'plazmid profillerinin belirlenmesi ' metodu da uygulanmıştır. 23 adet susun plazmid DNA içerdiği belirlenmiştir. Hae III restriksiyon profilleri 3 farklı tip plazmidin varlığım ortaya koymuştur. Termofilik basiller için, Sma I restriksiyon enzimi kullanılarak PFGE optimizasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Agaroz kalıpların hazırlanması için yeni bir metot geliştirilmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT Thermophiles are the organisms which are adapted to live at high temperatures. The enzymes from thermophiles find a number of commercial applications because of their thermöstability and thermoactivity. Therefore, the isolation of thermophilic bacteria from natural sources and their identification are very important in terms of discovering new industrial enzymes. In keeping with this view, Balçova Geothermal Region could serve as a good source for new thermophilic microorganisms with novel industrially important properties. The aim of this research was therefore the isolation of industrially important extracellular enzyme producing thermophilic bacteria from Balçova Geothermal Region and their identification by genetical means. 16S-ITS rDNA RFLP, plasmid profiling and pulsed field gel electrophoresis studies were performed for this purpose. 112 thermophilic strains were isolated from various environmental samples collected within Balçova Geothermal Region. These strains were screened for the existence of 6 extracellular enzyme activities. These were, lipases, amylases, proteases, xylanases, cellulases and pectinases. In total, 110 lipase (tween 20 as substrate), 106 amylase, 55 protease, 28 xylanase, 10 cellulase and 3 pectinase activities were detected. Some other phenotypic tests were also performed for these isolated strains. Since all the isolated strains were Gram (+), endospore forming rods, they were identified as Bacillus sp. 16S-ITS rDNA RFLP and plasmid RFLP profiles were produced by using two restriction endonucleases Taq I and Hae III. The isolated strains were clustered into eleven groups by Taq I restriction profiles of 16S-ITS rDNA while nine groups were obtained by Hae in digestion profiles. When these groups were compared, it was concluded that 17 genotypicalry different strains existed in total 112 isolates. Two of the isolated strains yielded similar RFLP profiles to those of Bacillus stearothermophilus (CECT 43) reference strain. Plasmid profiling was also performed. It was found that 23 of the isolated strains contained plasmid DNA. Hae III restriction profiles indicated the existence of three different types of plasmids. PFGE optimization studies by Sma I restriction endonuclease for thermophilic Bacilli were also performed. A new method for preparation of agarose plugs was developed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    405139

    Gaita bakterilerinden ektraselüler amilaz üretimi, izalasyonu ve karakterizasyonu

    Producdution, isolation and characterization of extracellular amylase enzyme from gaita bacreria

    SAMET KOCABAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaCumhuriyet Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BİRNUR AKKAYA

    PROF. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA

  2. Tez No

    151962

    Isolation of haloalkaliphilic microorganisms from leather industry

    Haloalkalofilik mikroorganizmaların deri endüstrisinden izolasyonu

    HATİCE SEVGİ ÇOBAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA

  3. Tez No

    863547

    Nijer tohumundan elde edilen eksozom benzeri nanopartiküllerin insan nöroblastoma hücre hattındaki olası terapotik etkilerinin araştırılması

    Investigation of the potential therapeutic effects of exosome-like nanoparticles derived from niger seed on human neuroblastoma cell lines

    KÜBRA BAŞTUĞ ÖZTOPUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyofizikGazi Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERİÇ ARDA EŞMEKAYA

  4. Tez No

    720992

    Gümüş nanopartiküllerinin Kribbella turkmenica 16K104 ile ekstraselüler sentezi, karakterizasyonu, antimikrobiyal aktivitesi ve genotoksisitesinin araştırılması

    Investigation of extracellular synthesis of silver nanoparticles by Kribbella turkmenica 16K104 and characterization, antimicrobial activity and genotoxicity of synthesized nanoparticles

    TUĞBA ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Bilim ve TeknolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ OSMAN ADIGÜZEL

  5. Tez No

    879685

    Hücre kültüründen hücresizleştirme tekniği ile elde edilen hücre dışı matriks yapısının doku mühendisliği uygulamalarında kullanımının araştırılması

    Investigation of the use of extracellular matrix structure obtained from cell culture by decellularization technique for tissue engineering applications

    ÇİĞDEM İNCİ AYDEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikBursa Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖKÇE TANER

Geri Dön