Geri Dön

REV 1 geninin DT40 hücrelerinde 'knock out' edilerek somatik hipermutasyona etkisinin incelenmesi

The analysis of REV1 gene for somatic hypermutation by knock-out in DT40 cells

PDF İndir

  1. Tez No: 198303
  2. Yazar: NESİBE NUR SARIBAŞAK
  3. Danışmanlar: PROF.DR. İSMAİL PEKER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Radyoloji ve Nükleer Tıp, Biology, Molecular Medicine, Radiology and Nuclear Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

ÖZETREV1 GENİNİN DT40 HÜCRELERİNDE ?KNOCKOUT?EDİLEREK SOMATİK HİPERMUTASYONA ETKİSİNİNİNCELENMESİİmmünoglobulin (Ig) çeşitliliğine sebep olan başlıca 3 tane B lenfosit mekanizmasıvardır. Bunlar somatik hipermutasyon (SHM), Ig gen konversiyonu (GC) ve class switchrekombinasyonudur (CSR). Bu üç önemli mekanizmanın AID (Activation InducedCytidine Deaminase) denilen bir protein ile kontrol edildiği yakın zamandagösterilmiştir.Bu çalışmada, transversiyon mutasyonlarına sebep olduğu düşünülen REV1 genininsomatik hipermutasyonda görevi olup olmadığını anlamak için, DT40 hücrelerinde??knock out?? edildi. Tavuk B lenfosit hücresi olan DT40 hücreleri; yüksek oranlardahedef integrasyonu yaptığı için, genlerin diğer hücrelere göre daha kolay ??knock out??edildiği, daha önceki çalışmalarda gösterilmiştir.Öncelikle Rev1 geninin ekzonların yoğun olduğu bölge ?knock out? için seçildi vePCR yöntemi ile ?knock out? vektörünün hedef kolları hazırlandı. Hedef kollar veplazmiti hücrenin içerisinde ayırt edebilmek için ilaç direnç kasetleri, pBluescriptplazmitine klonlandı ve daha sonra plazmitler linerize edilerek AID-/-RΨVr-E IgM (+)hücrelere transfer edildi. REV1 geninin ??knock out?? edilip edilmediği hedef genigörüntüleme PCR reaksiyonu, FACS analizi ve dizi reaksiyonu ile kontrol edildi.Yapılan ??knock out?? sonucunda, bu hücrelerin normal DT40 hücrelerine göre çokyavaş büyüdüğü gözlendi. FACS analizleri, somatik hipermutasyonun AID-/-RΨVr-E IgM (+)hücrelere göre yaklaşık 3 kat azaldığını gösterdi. Azalan mutasyonların hangi tür mutasyonlarolduğunu anlamak için DNA dizi analizi yapılarak, analizlerin sonucunda REV1 genininsebep olduğu düşünülen C→G veya G→C transversiyon mutasyonlarının çok büyük orandaazaldığı gözlendi.Bu sonuçlar REV1 geninin, DT40 hücrelerindeki SHM'da en fazla görülen transversiyonmutasyonlarının, hemen hemen tamamını azaltarak bu mekanizmada önemli olduğunugösterdi.Haziran 2005 Nesibe Nur SARIBAŞAK

Özet (Çeviri)

ABSTRACTTHE ANALYSIS OF REV1 GENE FOR SOMATICHYPERMUTATION BY KNOCK-OUT IN DT40 CELLSThere are three B cell specific processes; somatic hypermutation (SHM),immunoglobulin gene conversion (GC) and class switch recombination (CSR) whichcreate the repertoire of antigen receptors. It has been recently showed that these threeimportant mechanisms are controlled with Activation Cytidine Deaminase (AID)protein.In this thesis, we knocked out REV1 gene in DT40, a chicken B cell line, that isthought to be cause for transversion mutations in somatic hypermutation. In previousstudies it has been showed that DT40 integrates transfected gene constructs at high ratiosinto the endogenous loci. This high frequency of targeted integration in DT40 is apowerful tool to test the function of candidate genes by gene disruption.The exon rich region of Rev1 was chosen on the gene and the target arms of knock-out construct were prepared by PCR. The target arms and drug resistance markercassettes were cloned into the pBluescript plasmid. These plasmids were then linearizedfor transfection into the AID-/-RΨVr-E IgM (+) cells. It was checked by targetingscreening PCR, FACS analysis and sequence reaction if the REV1 gene was knockedout or not.After knocking out of REV1 gene, it was observed that these cells were growingslowly as compared to normal AID-/-RΨVr-E IgM (+) cells. The FACS analysis showedthat somatic hypermutation was approximately 3 times less than AID-/-RΨVr-E IgM (+)cells. To understand which mutations became less in knocked out cells, the sequencereaction was made and the results of sequences showed that C→G or G→C transversionmutations that is thought to be caused by Rev1, decreased with high ratio.These results showed that REV1 gene is required for somatic hypermutation in chickenDT40 B cell line by decreasing transversion mutations with very high ratio.Haziran 2005 Nesibe Nur SARIBAŞAK

Benzer Tezler

  1. Tez No

    490022

    Brucella melitensis dış membran protein geninin klonlanması

    Cloning of outer membran protein gene of brucella melitensis

    ERMAN ORYAŞIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ

  2. Tez No

    418414

    Investigation of the effects of HIV-1 tat gene on the expression of Secretory Leucocyte Protease Inhibitor in Primate Cell Lines.

    HIV-1 tat geninin, primat hücrelerindeki salgısal lekosit proteaz inhibitörünün ifadelenmesi üzerine olan etkisinin incelenmesi.

    SELÇUK ÖZDEMİR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU

  3. Tez No

    390798

    HIV-1 T transaktivasyonunun antisens oligonükleotid teknolojisi kullanılarak inhibe edilmesi

    Inhibition of HIV-1 transactivation by antisense olignucleotide technology

    ÖMER FARUK ARICI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Eczacılık ve FarmakolojiErciyes Üniversitesi

    Eczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İLHAN DEMİRHAN

  4. Tez No

    884768

    Ratlarda yüksek fruktozlu diyetin beyin dokusunda sirkadiyen saat genleri üzerine etkilerinin belirlenmesi

    Brain tissue of high fructose diet in rats determination of effects on circadian clock genes

    ŞÜHEDA KIZAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiFırat Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA TÜRKOĞLU

  5. Tez No

    343244

    Brucella melitensis Rev1 yüzey membran proteinin klonlanması, ekspresyonu, saflaştırılması ve diagnostik etkinliğinin tespit edilmesi

    Brucella melitensis Rev1 surface membrane protein's cloning, expression, purification and determine of diagnostics to the effectiveness

    İSMAİL KOYUNCU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiHarran Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. ABDURRAHİM KOÇYİĞİT

    DOÇ. ŞAHBETTİN SELEK

Geri Dön