Statistical mechanics and local chain dynamics of denaturated dynamics
Doğal halde olmayan proteinlerin istatiksel mekaniği ve yerel dinamiği
- Tez No: 198587
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN, YRD. DOÇ. DR. ATİLLA GÜRSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Doğal Halde Olmayan Proteinlerin İstatistikselMekaniği ve Yerel DinamiğiÖzetHızlı büyüyen araştırma alanlarından biri olan biyoinformatiğin en çok uğraştığı konulardan biri,proteinlerin üç boyutlu yapılarının tahmin edilmesidir. Proteinlerin doğal halleri, dönme açılarıcinsinden ifade edilir. Bu tezde, doğal halde olmayan proteinlerin dönme açılarının istatistikselortalamalarını ve bu açıların arasındaki bağıntıları hesaplamak için dönme izomerleri modelini(RIS) kullandık. Bunun için, proteinleri ardışık üçlü amino asit gruplarına böldük ve bu üçlüleremoleküler dinamik simülasyonları uyguladık. Sonuçlar, üçlülerin bazı konfigürasyonlarının,proteinin doğal halinin açılarının tahmin edilmesinde önemli rol oynadığını gösterdi. Ek olarak,moleküler dinamikten elde ettiğimiz sonuçları, uzun menzilli etkileri ortaya çıkarmak içinkullandık. Monte Carlo ve genetik algoritma kullanarak dönme açılarının istatistiksel ağırlıklarınıuzun menzilli etkileri de içerecek şekilde değiştirdik. Bunun yanı sıra, moleküler dinamikten,Monte Carlo metodundan ve genetik algoritmadan elde ettiğimiz olasılıksal ağırlıkları ısıkapasitesini hesaplamada kullandık. Ayrıca, dinamik dönme izomerleri modelini kullanarak birhalden diğer hale geçiş olasılıklarını hesapladık. Sonuçlar, ikincil yapıların önce helis daha sonrada beta oluşacak şekilde geliştiğini destekler yöndedir.
Özet (Çeviri)
Statistical Mechanics and Local Chain Dynamicsof Denaturated ProteinsAbstractBioinformatics is a fast growing research area and describes any use of computers tohandle biological information. One of the major research efforts is structure prediction ofproteins. The torsion angles (phi-psi) of proteins are considered as the degrees of freedomof a protein because of their control of the proteins? three dimensional structures. In thisthesis, we used rotational isomeric state model in order to calculate statistical averagesand correlations for torsional angles of denaturated proteins. For this purpose, wegrouped each consecutive three residues (triplets) starting from first and used moleculardynamics simulations on triplets. Afterwards, we constructed energy maps for the phi-psiangles of the central residue of each triplet considered. Results showed that triplets haveintrinsic propensities for some conformational preferences which favor the choice of thenative state torsional angles and they are context dependent, determined by the aminoacid sequence of the protein. Furthermore, we improved the stochastic weights with theaim of introducing the long range effects in two different approaches: Monte Carlomethod and genetic algorithm method. Besides, we calculated heat capacity as functionof temperatures by statistical mechanics for three different sets of stochastic weightswhich are obtained from molecular dynamics, Monte Carlo method and genetic algorithmmethod. Additionally, we proposed a dynamic rotational isomeric state model analogousto rotational isomeric state model and calculated transition probabilities from one state toanother. The states are chosen as alpha-helix, beta-sheets, turns and all other states.Results support the idea that during folding, secondary structures forms sequentially.
Benzer Tezler
- Lojistik sistemlerin yapay sinir ağları ile modellenmesi, gerçeklenmesi ve kontrolü
Modeling, implementation and control of logistics systems using artificial neural networks
MURAT ERMİŞ
Doktora
Türkçe
2005
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FÜSUN ÜLENGİL
- Uluslararası fon piyasaları ve döviz kredileri mekanizması (analitik bir yaklaşım)
A Short history of the foreign exchange markets
ADNAN YİĞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
BankacılıkMarmara ÜniversitesiUluslararası Bankacılık ve Finans Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ULUDAĞ
- Esnek üretim sistemleri için bir etkin üretim denetleme modeli
An Effective supervisory control model for flexible manufacturing systems
BAHAR KORKUSUZ
Doktora
Türkçe
1989
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. GÖNÜL YENERSOY
- Comparative analyses of artificial kidney membranes and influences of in vivo utilization on their properties of the materials and hemodialysis treatment
Yapay böbrek membranlarının ve in vivo kullanımlarının hemodiyaliz tedavisi ve performansları üzerindeki tesirlerinin mukayeseli analizleri
BURUK ARMAĞAN KONDUK
Doktora
İngilizce
2002
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. HİKMET ÜÇIŞIK
- Sulu çözeltideki kurşun ve bakır iyonlarının sepiyolit ile adsorpsiyonu
Adsorption of lead and copper ions in aqueous solution by natural sepiolite
EBRU ARAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL MERİÇBOYU