Computational design of a peptide inhibitor for amyloid beta (Aß) aggregation in alzheimer's disease
Alzheimer hastalığındaki amyloid beta birikimi için hesaplamalı olarak peptid inhibitör tasarlanması
- Tez No: 276938
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik, Molecular dynamic
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
En yaygın demans türü olan Alzheimer Hastalığı nörodejenaratif özellik gösterir ve tedavisi mümkün değildir. ß-sheet dizilimi ile oluşan amyloid proteinlerinin yüzeylerindeki girinti ve çıkıntılar birbirlerini tamamlayıcı özellik gösterir ve bu uyum Alzheimer Hastalığının ilişkili olduğu amyloid fibrillerinin sıkı bağlanmasına neden olur. İki amyloid proteinin yüzeyindeki uyumu sağlayan temel faktör GxMxG motifidir. Bu nedenle bu motif amyloid birikime karşı geliştirilecek ilaçlar için önemli bir hedeftir. Bu çalışmada, Aß40 fibrillerine bağlanan belli peptidler amino asit gruplarına göre değiştirilmiş ve küçük bir peptid kütüphanesi elde edilmiştir. Yüzeye GxMxG motifi aracılığı ile bağlanan peptid dizileri GOLD isimli docking programı ile belirlenmiştir. Yüksek skora sahip ve MET35 civarına bağlanan peptid seçilmiştir. Seçilen peptid ile kaynak alınan peptidin bağlanma serbest enerjileri, Jarzynski eşitliği kullanılarak, Steered Moleküler Dinamik yöntemi ile hesaplanmıştır.
Özet (Çeviri)
The most common form of dementia, Alzheimer?s disease, that is neurodegenerative and incurable, is associated with tight packaging of amyloid fibrils. This packaging is caused by the compatibility of the ridges and grooves on the amyloid surface that are composed of ß-sheets orientation. The major factor which creates compatibility between two amyloid surfaces is GxMxG motif. Therefore, this motif is an important target in designing inhibitors for amyloid fibrillization. In this study, particular peptides that bind Aß40 fibrils according to amino acids groups were modified, and a small peptide library was composed. The peptide sequences that bind the surface via GxMxG motif were identified with the docking program GOLD. The sequence that had the highest docking score and binds to around MET35 was selected. Finally, the binding free energies of modified and unmodified peptides were calculated with Steered Molecular Dynamics by using the Jarzynski?s Equality.
Benzer Tezler
- Alzheimer Tedavisine Yönelik Yeni Üre/Karbamat Türevlerinin İn Siliko Tasarımı ve Sentezi
In Silico Design and Synthesis of Novel Urea/Carbamate Derivatives for Alzheimer's Treatment
İLKE DEMİR
Doktora
Türkçe
2024
KimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAFİYE ERDEM
PROF. DR. HATİCE İLKNUR DOĞAN
- Over kanser tedavisinde reseptör hedefli in siliko ligand tasarımının in vitro incelenmesi
In vitro investigation of receptor targeted in silico ligand design in ovarian cancer therapy
HİLAL ŞENTÜRK
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. FAHRİ AKBAŞ
- De novo peptide design strategies
Peptid dizayn stratejileri
EVRİM BESRAY ÜNAL
Doktora
İngilizce
2011
Mühendislik BilimleriKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Enflamatuvar hastalıkların tedavisinde kullanılmak üzere yeni kaspaz-1 inhibitörlerinin in silico ve in vitro yöntemlerle araştırılması
Investigation of new caspase-1 inhibitors for use in the treatment of inflammatory diseases by in silico and in vitro methods
BENGÜ SEMA MUTAFOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyokimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZKAN DANIŞ
DOÇ. DR. ÖZAL MUTLU
- SARS-CoV-2 Spike–ACE2 etkileşiminin inhibisyonuna yönelik tasarlanan peptitlerin etkinliğinin moleküler modelleme yöntemleriyle araştırılması
Investigation of the efficacy of designed peptides targeting the inhibition of SARS-CoV-2 Spike–ACE2 interaction using molecular modeling methods
ŞENİZ YARAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiTobb Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN BURAK ÇALIŞKAN