Computational design of a peptide inhibitor for amyloid beta (Aß) aggregation in alzheimer's disease
Alzheimer hastalığındaki amyloid beta birikimi için hesaplamalı olarak peptid inhibitör tasarlanması
- Tez No: 276938
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
En yaygın demans türü olan Alzheimer Hastalığı nörodejenaratif özellik gösterir ve tedavisi mümkün değildir. ß-sheet dizilimi ile oluşan amyloid proteinlerinin yüzeylerindeki girinti ve çıkıntılar birbirlerini tamamlayıcı özellik gösterir ve bu uyum Alzheimer Hastalığının ilişkili olduğu amyloid fibrillerinin sıkı bağlanmasına neden olur. İki amyloid proteinin yüzeyindeki uyumu sağlayan temel faktör GxMxG motifidir. Bu nedenle bu motif amyloid birikime karşı geliştirilecek ilaçlar için önemli bir hedeftir. Bu çalışmada, Aß40 fibrillerine bağlanan belli peptidler amino asit gruplarına göre değiştirilmiş ve küçük bir peptid kütüphanesi elde edilmiştir. Yüzeye GxMxG motifi aracılığı ile bağlanan peptid dizileri GOLD isimli docking programı ile belirlenmiştir. Yüksek skora sahip ve MET35 civarına bağlanan peptid seçilmiştir. Seçilen peptid ile kaynak alınan peptidin bağlanma serbest enerjileri, Jarzynski eşitliği kullanılarak, Steered Moleküler Dinamik yöntemi ile hesaplanmıştır.
Özet (Çeviri)
The most common form of dementia, Alzheimer?s disease, that is neurodegenerative and incurable, is associated with tight packaging of amyloid fibrils. This packaging is caused by the compatibility of the ridges and grooves on the amyloid surface that are composed of ß-sheets orientation. The major factor which creates compatibility between two amyloid surfaces is GxMxG motif. Therefore, this motif is an important target in designing inhibitors for amyloid fibrillization. In this study, particular peptides that bind Aß40 fibrils according to amino acids groups were modified, and a small peptide library was composed. The peptide sequences that bind the surface via GxMxG motif were identified with the docking program GOLD. The sequence that had the highest docking score and binds to around MET35 was selected. Finally, the binding free energies of modified and unmodified peptides were calculated with Steered Molecular Dynamics by using the Jarzynski?s Equality.
Benzer Tezler
- Alzheimer Tedavisine Yönelik Yeni Üre/Karbamat Türevlerinin İn Siliko Tasarımı ve Sentezi
In Silico Design and Synthesis of Novel Urea/Carbamate Derivatives for Alzheimer's Treatment
İLKE DEMİR
Doktora
Türkçe
2024
KimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAFİYE ERDEM
PROF. DR. HATİCE İLKNUR DOĞAN
- SCARA5 reseptörünün SRCR bölgesinin hesaplamalı yapısal modellenmesi ve bilgisayar temelli ilaç tasarım yöntemi kullanılarak geliştirilecek reseptör bloker'ının MCF-7 insan meme kanser hücre hattındaki sitotoksik etkilerinin in vitro araştırılması
Computational structural modelling of the SRCR region of the SCARA5 receptor and in vitro investigation of the cytotoxic effects of a receptor blocker developed by using computer-based drug design method in MFC7 human breast cancer cell line
ORHAN KOÇAK
- Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)
İnterlökin 1 beta (IL-1ß) için peptid kökenli inhibitör dizaynı
ECE BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- In Silico and experimental determination of IL1β-receptor inhibitor peptides
Bilgisayar ortamında ve deneysel olarak IL1-β reseptör inhibitörü peptitlerin belirlenmesi
FULYA AKŞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEM ALBAYRAK
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Computational de-novo peptide design to be used in binding gabaa receptor in epilepsy disease
Epilepsi hastalığında gabaa reseptörünün bağlanmasında kullanılacak hesaplamalı de-novo peptit tasarımı
ESMA NUR YAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyofizikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği ve Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEFER BADAY