A genetic algorithm with oscillating simulated annealing for 2D HP model
2D HP modeli için dalgalanan benzetilmiş tavlama ile birleşmiş genetik algoritma
- Tez No: 276942
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEYDA OĞUZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Protein katlanması lineer bir amino asit zincirinin 3 boyutlu işlevsel öz haline katlanması sürecidir. Proteinin 3 boyutlu öz yapısını yalnızca amino asit serisini kullanarak bulmak şu anda hesaplamalı biyoloji dalındaki en zor problemlerden biri olmakla birlikte çok yoğun şekilde araştırılmaya devam edilmektedir. 2 boyutlu HP modeli protein katlanması problemi için basitleştirilmiş bir modeldir. Bu modelde indirgemeler, protein katlanması sürecindeki baskın gücün hidrofobisite olduğu varsayımı üzerine yapılmaktadır.Bu tezde, protein katlanması problemini 2 boyutlu HP modelinde çözmek için Genetik Algortima ve Benzetilmiş Tavlama algoritmalarının birleşiminden oluşan üstsezgisel bir metod sunuyoruz. Yöntemimiz literatürde tanımlanmış yerel arama metodlarından bazı bölümler kullanmaktadır. Tabu Arama' da kullanılan hafıza bölümü, yeni bir 1-nokta çaprazlama işlemcisi ve probleme özel bir diversifikasyon bölümü algoritmamızda bulunan parçaları oluşturmaktadır. Algoritmamıza ek olarak, HP modelin içerdiği bazı bilgiler ve bu bilgilerin bir algoritmada nasıl kullanılabileceğine dair bazı tartışmalar da tezin son kısmında sunulmaktadır.
Özet (Çeviri)
Protein folding is the process of a linear chain of amino acids folding into a functional 3D native structure. The problem of predicting this 3D native structure given only the amino acids of a protein is one of the most challenging problems in computational biology and is still rigorously investigated. The Hydrophobic-Polar model is a simplified model for the protein folding process. This model is based on the assumption that hydrophobicity is the dominant force that drives the protein folding process.In this thesis we propose a meta-heuristic algorithm (GAOSA) that combines the well known Genetic Algorithm approach with Oscillating Simulated Annealing to address the protein folding problem in the simplified 2D Hydrophobic-Polar Model. Our approach makes use of the pull move neighborhood for the mutation operator, a brute force 1-point crossover operator, a memory component borrowed from Tabu Search and a problem specific diversification phase. We also provide some insights about the implications of the Hydrophobic-Polar Model and how these implications can be utilized in an algorithm.
Benzer Tezler
- Bulanık kontrolör karar tablosunun genetik algoritmalarla oluşturulması
Genetic algoritthmes for finding fuzzy controller decision table
OSMAN KAAN EROL
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiDOÇ.DR. İBRAHİM EKSİN
- Jenerik denizaltı geometrisinin katsayı tabanlı manevrakarakteristiklerinin had ve analitik çözüm yöntemleri ile analizi
Analysis of coefficient-based maneuvering characteristics of generic submarine geometry by CFD and analytical solution method
OĞUZHAN KIRIKBAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞAKİR BAL
- Çok makineli güç sisteminde açısal kararlılık analizi ve kontrolör parametre optimizasyonu
Angular stability analysis and controller parameter optimization in multi-machine power system
SERDAR EKİNCİ
Doktora
Türkçe
2015
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEN DEMİRÖREN
- Genetic algorithms for changing environments: Diploid representations and dominance mechanisms
Değişen ortamlar için genetik algoritmalar: Diploid gösterilimler ve baskınlık mekanizmaları
AYŞE ŞİMA UYAR
Doktora
İngilizce
2002
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. EMRE HARMANCI
- Bir operatörsüz vinç için PID ve genetik algoritma temelli minimum salınımlı konum kontrolü
A pid and genetic algorithm based position control with minimum swing for an overhead crane with no operator
ONUR YAĞSAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ŞEREF NACİ ENGİN