Investigation of the effect of plasticity on the prediction of genetic interactions and phenotypes in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae?da genetik etkileşimlerin ve fenotipin belirlenmesinde plastisite etkisinin incelenmesi
- Tez No: 286467
- Danışmanlar: PROF. DR. BETÜL KIRDAR, PROF. DR. STEPHEN GEORGE OLİVER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Bioengineering, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 162
Özet
Genom-boyutlu çoklu platform ağyapıları ve hücresel birim bilgisinden fenotip belirlenmesi, biyolojik araştırmalarda sistem bazlı yaklaşımlar için bir sorun oluşturmaktadır. Fenotip bilgisini tahmin gücünün geliştirilmesi tamamlanmış kantitatif genetik etkileşim ağyapısının belirlenmesine ve buna bağlı olarak genotip ve fenotip arasındaki bağlantıyı sağlayarak işlevsel bağıntılar üzerinden sadece genetik bilgi ile fenotip hakkında çıkarımlar yapılmasına olanak sağlayacaktır. Böylelikle Homo sapiens'in de içinde bulunduğu evrimin yüksek aşamasında bulunan organizmalarda kantitatif genetik etkileşim ağyapılarının belirlenmesinde bir kilometre taşı olacak ve model organizmalardaki homolog genler üzerinden insandaki genetik hastalıkları kodlayan açık okuma çerçeveleri hakkında ipuçları sağlayacaktır. Bu tezin amacı, maya ağyapısı içerisinde sentetik hastalık/ölümcüllük fenotipine yol açan yeni genetik etkileşimlerin belirlenmesinde plastisite etkisinin sayısal olarak tahmin edilebilmesini sağlamaktır. Bu çalışmada, çeşitli hücresel birimler ve etkileşim seviyeleri hakkında sistem bazlı bilgiler, farklı fenotiplere yol açan yeni etkileşimlerin tahmin edilmesi ve belirlenmesinde kullanılmıştır. Bu amaçla maya model organizması kontrollü ortamlarda incelenmiştir. Epistatik etkileşimlerin belirlenmesinde akı denge analizinin uygulanabilirliği, metabolik akı analizinin tahmin gücünü iyileştirebilme amacı ile biyokütle bileşenlerinde ve çevresel faktörlerdeki değişikliklerin metabolizma üzerindeki etkisi ile birlikte incelenmiştir. Akı denge analizi, metabolizma düzenleyicilere ait bilgilerin ve organizmaların çevresel değişkliklere verdiği tepkileri içeren plastisite bilgisinin birlikte kullanımı ile fenotip bilgisi ve genetik etkileşimlerin belirlenmesi için uygun bir araç olarak belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Prediction of phenotype from genome-scale high-throughput network and component information still remains a challenge for systems based approaches in biological research. The enhancement of our power of prediction of phenotype information would help unravel the complete quantitative genetic interaction network, which in turn would provide the link between genotype and phenotype, enabling to reach deductions about phenotype just with the knowledge of genotypic information on functional relationships and in return, this might set a milestone for the construction of quantitative genetic interaction networks of higher organisms including Homo sapiens as well as providing clues as to the open reading frames encoding human genetic disorders through the use of their homologues in a model organism. The aim of this thesis was to identify the effect of plasticity on the prediction of novel genetic interactions leading to a decrease in fitness and causing synthetic sickness or lethality within the network of yeast in a quantitative manner. In this study, systems-based information on various components and interaction levels was used for the prediction and identification of novel interactions leading to phenotypes. For this purpose, the yeast model organism was investigated under carefully controlled environments. The applicability of flux balance analysis for the prediction of epistasis was investigated in conjunction with the effect of biomass composition and environmental perturbations on metabolism in order to enhance the predictive power of metabolic flux analysis. Flux balance analysis was concluded to be suitable for the prediction of phenotypic information and genetic interactions through implementation of regulatory information and plasticity information provided from the response of organisms to environmental perturbations.
Benzer Tezler
- Betonarme kolonların deprem performansının tekstil donatılı / donatısız cam lifli püskürtme harçla iyileştirilmesi
Improvement of seismic performance of reinforced concrete columns using glass fiber reinforced sprayed mortar with / without textile reinforcement
ALİ OSMAN ATEŞ
Doktora
Türkçe
2022
Deprem Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER İLKİ
- An investigation of drained shear strength of overconsolidated high plasticity clays
Aşırı konsolide yüksek plastisiteli killerde drenajlı kayma dayanım parametrelerinin araştırılması
İREM YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
İnşaat MühendisliğiAtılım Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU AKIŞ
DOÇ. DR. MUSTAFA TOLGA YILMAZ
- Şişen zeminler ve bir kilin şişme basıncına kireç katkısının etkisi
Expansive soils and effecting of lime on the swelling pressure of aclay
AHMET DEMİRDAĞ
- İstanbul neojen kilinin şişme davranışına ön konsolidasyonunun minerolojik özelliklerinin ve çevresel faktörlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
S.NİLAY KESKİN