Hot regions in protein?protein interactions and analysis of hot region distribution in hub proteins
Protein-protein etkileşimlerinde sıcak bölgeler ve merkez düğümlerdeki sıcak bölge dağılımlarının incelenmesi
- Tez No: 286942
- Danışmanlar: PROF. DR. ÖZLEM KESKİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Protein etkileşimleri birçok hücre işlemlerin gerçekleşmesinde önemli rol oynar veproteinler son derece özel bir şekilde birbirleriyle etkileşirler. Etkileşim mekanızması halasırrını korumaktadır. Ancak, araştırmacılar protein ortakları ve bağlayıcı bölgeleritanımlamak için sıkı calışıyorlar. Hücresel düzeyde, protein?protein etkileşimleridüğümleri protein ve bağlantıları etkileşim olan bir ağ olarak modellenebilir. Merkezdügüm proteinleri ağdaki en çok bağlı düğümlerdir. Bu nedenle, Merkez düğüm proteinlerihücre içinde önemli bir role sahiptir. Arayüzler protein etkileşimlerinin fonksiyonelbirimleridir ve protein arayüzlerindeki herhangi bir bozulma birçok hastalaığın gelişmesineneden olabilir. Sıcak noktalar, bağlanma enerjisine daha fazla katkıda bulunan önemliaminoasitlerdir. Bunlar arayüzeyde eşit dağıltılmamıştır daha ziyade kümelenmiştir (sıcakbölgeler). Sıcak bölgeler protein?protein etkileşimlerinde bağlanma eğilimi ve özgüllüğü,ve ilaç hedefleme için önemlidir.Bu çalışma esas olarak protein?protein arayüzlerinde sıcak bölgelerin rolü ne sorusunacevap vermeye yoğunlaşır. Bu amaç çerçevesinde, tez iki konu üzerinde yoğunlaşmaktadır;(i) sıcak bölgeler arayüzde nasıl tanımlanabilir, ve (ii) merkez düğüm ve bunların sıcakbölge analizleri. Protein?protein etkileşimleri incelendiğinde, Merkez düğümlerin sıcakbölgeleri arayüz özelliklerine göre değişiklik gösterir. Ayrıca, Merkez düğüm proteinlerisınıflandırmasında (date ve party), sıcak bölge özellikleri önemli rol oynar. HotRegionadında bir veritabanı sıcak bölgelerin protein etkileşimlerindeki rölüne dayalı olaraktasarlanmış ve kurulmuştur.Bu çalışma, mevcut yapısal bilginin, sıcak bölgelerinin incelenmesinde nasıl yardımcıolabileceğini gösteriyor. Ayrıca, HotRegion araştırmacılara işlevsel olarak önemliaminoasitlerin işbirliğini, mutasyon hedeflerini, ve protein?protein arayüzlerininsağlamlığının ve özgünlüğünün tespitinde yardımcı olabilir.
Özet (Çeviri)
Protein interactions play a key role in many cellular processes, and proteins interactwith each other in a highly specific manner. The interaction mechanism still remains amystery. However, researchers work hard on identifying binding partners and bindingregions of the proteins. In the cellular level, protein-protein interactions can be modeled asa network whose nodes are proteins and edges are interactions. Hub proteins are the mostlyconnected nodes in this network. Hence, hub proteins have a crucial role in the cell.Interfaces are the functional units of the proteins and any distortion in protein interfacesmay lead to development of many diseases. Hot spots are the important residues at theinterfaces which contribute more to binding energy. They are not uniformly distributed inthe interface, but rather clustered (hot regions). Hot regions are important for bindingaffinity and specificity in protein?protein interactions, and drug targeting.This study mainly focuses on answering the question ?what are the roles of hot regionsin the protein-protein interfaces?. Towards this aim, the thesis concentrates on two majortopics; (i) how a hot region can be identified in the interface, and (ii) analysis of hubproteins and their hot region distributions. When the protein?protein interactions areexamined, hot regions of hub proteins are observed to vary with respect to interfaceproperties. Also, in the hub protein classification (date and party), hot region propertieshave a significant role. A database, called HotRegion, is designed and implemented basedon the role of hot region at the protein interactions.This work shows how available structural information can help in examining the hotregions of these complexes. Also, HotRegion will help the researchers in detectingcooperativity of functionally important residues, mutagenesis targets and understand thestability and specificity of protein-protein interfaces.
Benzer Tezler
- Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions
Protein-protein etkileşimlerinin çoklu ölçekte analizi ve tahmini
NURCAN TUNÇBAĞ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Understanding Rho GTPase interactions with scaffolding proteins and Ras protein shuttling mechanisms
Rho GTPazlarin iskele proteinlerle etkileşimlerinin ve Ras proteinlerinin nakil mekanizmasinin anlaşilmasi
EMİNE SILA ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
2018
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY
- Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy
Başlık çevirisi yok
GÜNNUR GÜLER
Doktora
İngilizce
2013
Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-UniversitätPROF. DR. WERNER MANTELE
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- SARS-CoV-2 virüsü spike proteininin genomik analizi
Genomic analysis of SARS-CoV-2 virus spike protein
ELİF GÜLSÜM TORUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEZBAN TÜLAY YALÇINKAYA