Türkiye'de yetişen Serratula L. (Asteraceae) cinsine ait taksonların ITS nrDNA ve trnl-F cpDNA dizileriyle moleküler sistematik analizi
Molecular systematic analysis of the genus Serratula L. (Asteraceae) distributed in Turkey using ITS nrDNA, trnl-F cpDNA
- Tez No: 299316
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Yapılan çalışmalar neticesinde Türkiye'de Serratula L. (Asteraceae) cinsine ait 18 takson belirlenmiştir.Serratula L. türleri ile birçok alanda çalışma yapılmış olmasına rağmen, filogenetik ilişkileri için henüz moleküler genetik verilere dayalı bir analiz yapılmamıştır. Bu çalışmada; Türkiye'de yayılış gösteren Serratula cinsinin taksonlarının moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Çalışmada çekirdek DNA'sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesi ve kloroplast DNA'sının trnL-F kullanılmıştır. Herbaryum bitki materyallerinden genomik DNA'lar, fenol-kloroform-izoamilalkol ve SIGMA ticari kiti kullanılarak elde edilmiştir. İzolasyonu yapılan gDNA'ların ITS bölgeleri ITS5A ve ITS4 primerleri kullanılarak trnL-F bölgeleri ise trnL-e ve trnL-Ff primerleri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. DNA dizileme reaksiyonları sonucu elde edilen DNA dizilerinin işlenmesinde SEQUENCHER programı kullanılmıştır. DNA dizilerinin hizalanmasında CLUSTAL W programı ve filogenetik analiz için ise PAUP*4.0b10 programı kullanılmıştır.Çalışmaya göre, ITS bölgesinin analizi ile oluşturulan ağaçların trnL-F bölgelerine göre oluşturulan ağaçlardan sistematik açıdan, morfolojik verilerle karşılaştırınca daha güvenilir sonuçlar verdiği ortaya çıkmıştır. Fakat her iki bölge de derin filogenetik ilişkileri çözmekte yetersiz kalmıştır. Sonuç olarak, dış grup olarak kullanılan taksonların yüksek düzeyde botstrap değerleriyle iç gruptan ayrıldığı ve iç grubun monofiletik olduğu görülmüştür. Ayrıca iç gruptan sekiz takson diğer iç grup taksonlarından yakın zamanda net bir şekilde ayrılmıştır.ANAHTAR SÖZCÜKLER: Serratula, nrDNA, ITS, Filogenetik Analiz, PAUP, Asteraceae, trnL-F, cpDNA
Özet (Çeviri)
Although many investigations hava been done with Serratula species, an analysis based on molecular genetics data has not been done for the phylogenetic relationships yet. For this study; molecular systematic analysis of the Serratula taxa distributing in Turkey was performed. In the study, ITS nrDNA region of the nuclear genome and trnL-F region of the cpDNA used. Genomic DNAs from silica gel dried fresh leaf tissues and from herbarium materials were extracted using phenol-chloroform-isoamyl alcohol metod and SIGMA company?s plant DNA isolation kit. ITS region of the genomic DNAs using ITS5A and ITS4 primers and trnL-F region of the genomic DNAs using trnL-e and trnF-f primers were used to amplify regarding regions. SEQUENCHER software were used to edit DNAs obtained via DNA sequencing reactions. CLUSTAL W software for aligment of DNA sequences and PAUP*4.0b10 software for phylogenetic analysis were utilized.Phylogenetic trees based on ITS region were founded to be more reliable than phylogenetic trees based on trnL-F regions. Nevertheless ITS and trnL-F region datas don?t solve phylogenetic relationships problems for Serratula taxa. In conclusion, outgroup of taxas that used, separated from ingroups with high degree of botstrap outcome and because of this reason in group were found to be monophyletic. Besides, The eight taxas of ingroup separated from the other interior groups recently.KEYWORDS: Serratula, nrDNA, ITS, Phylogenetic Analysis, trnL-F, PAUP, cpDNA, Asteraceae
Benzer Tezler
- Identification of the cherry fly microbiome and determination of potential microbial control agents
Kiraz sineği mikrobiyomunun belirlenmesi ve potansiyel mikrobiyal kontrol ajanlarının tespiti
MAHDI NEAMAH SAHIB AL-SHAMMAA
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ
- Türkiye'de yetişen satureja parnassica subsp. sipylea üzerine anatomik, morfolojik, ekolojik ve korolojik çalışmalar
Ecological, corological, morphological, anatomic studies about satureja parnassica subsp. siplae in Turkey
AHMET AKÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLENDAM TÜMEN
- Türkiye'de yetişen Acinos Miller türleri üzerinde morfolojik anatomik ve kimyasal araştırmalar
Başlık çevirisi yok
AYLA KAYA
Doktora
Türkçe
1997
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FEHMİYE KOCA
- Türkiye'de yetişen Taxus baccata L. bitkisinin Taksan türevi bileşikleri üzerinde araştırmalar
Researches on taxane-type compounds of Taxus baccata growing in Turkey
NURGÜN ERDEMOĞLU
Doktora
Türkçe
1999
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGE ŞENER
- Türkiye'de yetişen Berberis L. türlerinin alkaloitleri
Alkaloids of Berberis L. species growing in Turkey
MÜBERRA KOŞAR
Doktora
Türkçe
1999
BotanikAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL HÜSNÜ CAN BAŞER