Türkiye'de yetişen Sideritis L. (Lamiaceae) cinsinin Hesiodia ve Burgsdorfıa seksiyonlarının ITS nrDNA ile trnl-F ve ndhf cpDNA dizileriyle moleküler sistematik analizi
Molecular systematic analysis of the sections Hesiodia and Burgsdorfia of the genus Sideritis L. (Lamiaceae) distributed in Turkey using ITS nrDNA, trnl-F cpDNA, and ndhf cpDNA sequences
- Tez No: 299338
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Türkiye Sideritis L. türlerinin sistematik revizyonu Duman ve Arkadaşları tarafından 2005'te yapılmış olup, bu çalışmaya göre Türkiye'de Sideritis L. (Lamiaceae) cinsine ait 44 türe ait 55 takson belirlenmiştir. Hesiodia ve Burgsdorfia seksiyonlarında 5 takson bulunmaktadır. Hesiodia ve Burgsdorfia seksiyonlarına ait taksonlar tek yıllıktır. Sideritis lanata, Sideritis romana subsp.romana, Sideritis curvidens Burgsdorfia seksiyonunda ; Sideritis montana subsp.montana, Sideritis montana subsp.remota Hesiodia seksiyonunda yer almaktadır.Tek yıllık Sideritis L. türleri ile birçok araştırma yapılmıştır ama moleküler genetik verilerine dayalı filogenetik ilişkileri daha önceki çalışmalarda yapılmamıştır. Bu çalışma ile; Türkiye'de yayılış gösteren Sideritis L. cinsinin tek yıllık taksonlarının ITS nrDNA ile trnL-F ve ndhF cpDNA bölgelerinin çoğaltılması amaçlanmıştır. Bu bölgeler DNA dizilemeyle incelenerek, Türkiye'deki tek yıllık Sideritis taksonlarının filogenetik ilişkileri ve taksonomik pozisyonları netleştirilmiştir. Bu sonuçlar PAUP 4.0 programı yardımıyla filogenetik ağaç oluşturmada kullanılmıştır.Çalışılan bitki örneklerinin her birinin ITS, trnL-F ve ndhF bölgelerine ait DNA dizileri Maksimum Parsimoni (MP) kriteri altında Dallandır-Bağla-Analizi (Branch-and-Bound) ile yapılmıştır. Sonrasında mutlak uyumluluk ağaçları oluşturularak Bootstrap analizi yapılmıştır. Genetik uzaklık ağaçları ise UPGMA ve NJ analizleriyle elde edilmiştir. ITS bölgesine göre oluşturulan ağaçların ndhF ve trnL-F bölgelerine göre oluşturulan ağaçlardan sistematik açıdan morfolojik verilerle karşılaştırınca daha kullanışlı olduğu ortaya çıkmıştır. Sonuç olarak, tek yıllık Sideritis türleri monofiletik olup, Sideritis romana ve Sideritis curvidens ise ayrı türler olarak desteklenmektedir.ANAHTAR SÖZCÜKLER: Sideritis, Hesiodia, Burgsdorfia, nrDNA, cpDNA, ITS, trnL-F, ndhF, Filogenetik Analiz, PAUP.
Özet (Çeviri)
Sideritis L. species native to Turkey were revised by Duman et al. in 2005 and the members of this genus have been delimited with 44 species in total of 55 taxa. There are 5 taxa in Hesiodia and Burgsdorfia sections. Taxa belonging to the sections Hesiodia and Burgsdorfia are annual. Sideritis lanata, Sideritis romana subsp.romana, and Sideritis curvidens are in the section Burgsdorfia; Sideritis montana subsp. montana and Sideritis montana subsp.remota are in the section Hesiodia.A lot of investigations have been done with the annual Sideritis species; however, phylogenetic relationships based on the molecular genetic data have not been done yet. For this study; it was aimed to study the annual Sideritis taxa distributing in Turkey via employing the amplification of ITS nrDNA, trnL-F, and ndhF cpDNA regions. These regions were investigated by DNA sequencing and analyzing techniques and the annual taxa belonging to the genus Sideritis were determined the phylogenetic relationships and taxanomic positions of the taxa were clarified. The obtained data by DNA sequencing and editing were used to construct phylogenetic trees via the pylogenetic software named as PAUP* 4.0.ITS, trnL-F and ndhF DNA sequences of each plant sample studied were analyzed under parsimony criterion using Branch-and-Bound algortihm. Then the strict consensus trees were obtained and the Bootstrap analysis was performed under Maksimum Parsimony (MP) criterion. Genetic distance trees were obtained via UPGMA and NJ search strategies. Phylogenetic trees based on ITS region were found to be more useful than phylogenetic trees based on trnL-F and ndhF regions. In conclusion, Annual Sideritis taxa were found to be monophyletic, Sideritis romana and Sideritis curvidens were supported to be as distinct species.KEYWORDS: Sideritis, Hesiodia, Burgsdorfia, nrDNA, cpDNA, ITS, trnL-F, ndhF, phylogenetic analysis, PAUP.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonların ITS çekirdek ribozomal DNA dizilerine dayalı filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of taxa belonging to the section Empodeclia of the genus Sideritis L. (Lamiaceae) growing in Turkey using its nrDNA sequences
CÜNEYT TEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATİH COŞKUN
- Çeşitli sideritis türlerinden izole edilen linearol bileşiği üzerine deneysel ve hesapsal çalışmalar
Experimental, theoretical studies on linearol isolated from variety of sideritis species
SELVİHAN ÇITAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
KimyaBalıkesir ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AKIN AZİZOĞLU
DOÇ. DR. TURGUT KILIÇ
- Sideritis L. (Lamiaceae)türlerinden izole edilen siderol bileşiği üzerine deneysel ve hesapsal çalışmalar
Experimental, theoretical study on siderol isolated from Sideritis L. (Lamiaceae) species
ZÜLEYHA ÖZER
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
KimyaBalıkesir ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AKIN AZİZOĞLU
DOÇ. DR. TURGUT KILIÇ
- Bazı Sideritis türlerinin tirozinaz inhibisyon aktivitesi, antioksidan etkisi ile toplam fenol ve flavonoit içeriklerinin belirlenmesi
Investigation of tyrosinase inhibition activity, antioxidant effect and contents of total phenol and flavonoid of some Sideritis species
HEDİYENUR ŞERİFENUR İNCİMAN
- Türkiye'de tıbbi amaçlı kullanılan bazı bitkilerin antioksidan etkilerinin taranması
Screening of some Turkish medicinal plants for antioxidant activity
GÜLSÜM GENÇASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. TÜLAY ÇOBAN