Yeni bir parçalı hizalama yöntemi ve mtDNA verileri için analiz araçlarının geliştirilmesi
Development of a novel partial sequence alignment method and mtDNA data analysis tools
- Tez No: 305491
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK, YRD. DOÇ. DR. OLCAY KURŞUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Çok sayıda yeni nesil DNA dizileme programları olmasına rağmen, bu yazılımların bir çoğu yüksek sayıda 1 kb'den daha büyük delesyon içeren fragmanları hizalamakta ya sorunlar yaşamakta ya da yapamamaktadır. Burada biz, araştırmacılara büyük DNA delesyonlarının saptanması ve analizinde kullanılacak yeni ve hızlı bir uygulama sunmaktayız. BinaryPartialAlign (ikili parçalı hizalama) olarak adlandırdığımız bu yeni yöntemde Smith-Waterman algoritmasını ikili arama tabanlı bir yaklaşımda kullandık.Bu yeni metodumuzu Smith-Waterman algoritmasını kullanarak geliştirdiğimiz diğer metotlarla karşılaştırdık. mtDNA fragmanlarını kullanarak simülasyon gerçekleştirip, bu yöntemin etkinliğini ispatladık.
Özet (Çeviri)
There are a number of publically available next generation sequencing mapping and sequence alignment programs, however most of these software packages do not align multiple fragments that containing large deletions (largerthan 1 kb). Here, we present a fast alignment software package, BinaryPartialAlign that can be used by wet lab scientists to find long structural variations and deletions in their experiments. For BinaryPartialAlign, we make use of the Smith-Waterman algorithm with a binary-search based approach for alignment with large gaps that we also call partial alignment.BinaryPartialAlign implementation is compared with other straight-forward applications of Smith-Waterman. Simulation results on mtDNA fragments demonstrate the effectiveness (runtime and accuracy) of the proposed method.
Benzer Tezler
- Özel bir piston ve kilit mekanizmasına sahip yüksek başlangıç ivmeli göğüs kompresyon cihazının tasarımı, simülasyonu ve üretimi
Design, simulation, and fabrication of a high initial acceleration automatic chest compression device with a special piston and locking mechanism
AHMET KAĞIZMAN
Doktora
Türkçe
2024
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VOLKAN SEZER
- Transfer learning based facial emotion recognition and action unit detection
Transfer öğrenme tabanlı yüz ifadesinden duygu tanıma ve eylem birimi tespiti
SÜLEYMAN ENGİN BAĞLAYİCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE KÖSE
- Deep convolutional neural network based unconstrained ear recognition
Derin evrişimsel sinir ağı tabanlı kısıtsız kulak tanıma
FEVZİYE İREM EYİOKUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAZIM KEMAL EKENEL
- Mimarlıkta yapı ve yapım teknolojileri (MYYT) eğitimine yönelik bir yaklaşım ve eğitim materyali önerisi: Detayın üretici dönüşümsel dilbilgisi
Proposal for an approach and instructional material for the education of construction technologies in architecture (CTA): Transformational generative grammar of detail
HÜLYA NUR KIZILYAPRAK
Doktora
Türkçe
2020
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET CEM ALTUN
- A twofold act of locating from a critical distance: A revisit to Constant's New Babylon
Kritik bir mesafeden ikili bir yer-bulma eylemi: Constant'ın Yeni Babil'i üzerine yeni bir okuma
ALİ DUR