Geri Dön

Yeni bir parçalı hizalama yöntemi ve mtDNA verileri için analiz araçlarının geliştirilmesi

Development of a novel partial sequence alignment method and mtDNA data analysis tools

  1. Tez No: 305491
  2. Yazar: TANER ARUK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. DURAN ÜSTEK, YRD. DOÇ. DR. OLCAY KURŞUN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 53

Özet

Çok sayıda yeni nesil DNA dizileme programları olmasına rağmen, bu yazılımların bir çoğu yüksek sayıda 1 kb'den daha büyük delesyon içeren fragmanları hizalamakta ya sorunlar yaşamakta ya da yapamamaktadır. Burada biz, araştırmacılara büyük DNA delesyonlarının saptanması ve analizinde kullanılacak yeni ve hızlı bir uygulama sunmaktayız. BinaryPartialAlign (ikili parçalı hizalama) olarak adlandırdığımız bu yeni yöntemde Smith-Waterman algoritmasını ikili arama tabanlı bir yaklaşımda kullandık.Bu yeni metodumuzu Smith-Waterman algoritmasını kullanarak geliştirdiğimiz diğer metotlarla karşılaştırdık. mtDNA fragmanlarını kullanarak simülasyon gerçekleştirip, bu yöntemin etkinliğini ispatladık.

Özet (Çeviri)

There are a number of publically available next generation sequencing mapping and sequence alignment programs, however most of these software packages do not align multiple fragments that containing large deletions (largerthan 1 kb). Here, we present a fast alignment software package, BinaryPartialAlign that can be used by wet lab scientists to find long structural variations and deletions in their experiments. For BinaryPartialAlign, we make use of the Smith-Waterman algorithm with a binary-search based approach for alignment with large gaps that we also call partial alignment.BinaryPartialAlign implementation is compared with other straight-forward applications of Smith-Waterman. Simulation results on mtDNA fragments demonstrate the effectiveness (runtime and accuracy) of the proposed method.

Benzer Tezler

  1. Özel bir piston ve kilit mekanizmasına sahip yüksek başlangıç ivmeli göğüs kompresyon cihazının tasarımı, simülasyonu ve üretimi

    Design, simulation, and fabrication of a high initial acceleration automatic chest compression device with a special piston and locking mechanism

    AHMET KAĞIZMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VOLKAN SEZER

  2. Transfer learning based facial emotion recognition and action unit detection

    Transfer öğrenme tabanlı yüz ifadesinden duygu tanıma ve eylem birimi tespiti

    SÜLEYMAN ENGİN BAĞLAYİCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE KÖSE

  3. Deep convolutional neural network based unconstrained ear recognition

    Derin evrişimsel sinir ağı tabanlı kısıtsız kulak tanıma

    FEVZİYE İREM EYİOKUR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAZIM KEMAL EKENEL

  4. Mimarlıkta yapı ve yapım teknolojileri (MYYT) eğitimine yönelik bir yaklaşım ve eğitim materyali önerisi: Detayın üretici dönüşümsel dilbilgisi

    Proposal for an approach and instructional material for the education of construction technologies in architecture (CTA): Transformational generative grammar of detail

    HÜLYA NUR KIZILYAPRAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET CEM ALTUN

  5. A twofold act of locating from a critical distance: A revisit to Constant's New Babylon

    Kritik bir mesafeden ikili bir yer-bulma eylemi: Constant'ın Yeni Babil'i üzerine yeni bir okuma

    ALİ DUR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU ERDEM