MT-DNA'nın kodlama bölgesindeki 10 SNP lokusunun adli örneklerde kullanımı
Analysis of 10 SNP loci in MT-DNA coding region from forensic samples
- Tez No: 308051
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GÖNÜL FİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Adli Tıp, Genetik, Forensic Medicine, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Adli Tıp Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 105
Özet
Adli bilimlerde kimlik ve nesep tayininde genellikle nükleer DNA'daki STR lokusları kullanılmaktadır. Ancak her zaman söz konusu lokuslardan başarılı sonuçlar elde etmek mümkün değildir. Özellikle miktar ve nicelik bakımından bozulmuş nükleer DNA içeren biyolojik örneklerde büyük sıkıntılar yaşanmaktadır. Bu gibi vakalarda, mitokondriyal DNA (MtDNA)'dan yararlanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı, MtDNA genomundaki 10 SNP noktasını (3010, 3915, 5004, 6776, 8592, 10394, 10754, 11864, 15340, 16519) belirlemek, polimorfizm gösteren noktaları ayırt etmek ve yeterli miktarda nükleer DNA içermeyen biyolojik örneklerde de rutin olarak kullanılabilecek şekilde optimize etmektir. Çalışmada kolay multipleks edilebilmesi, duyarlılığı, güvenirliliği, optimizasyonunun kolay olması, tekrarlanabilir oluşu, heteroplazmi ve karışım örnekleri için iyi bir ayrım sağlaması avantajları nedeniyle SNaPshot yöntemi tercih edildi. Çalışmanın optimizasyonunu takiben 30 gönüllüden alınan kan örnekleriyle SNP noktaları incelendi. Daha sonra gönüllüler arasından seçilen 5 kişiden alınan eser miktarda DNA içeren biyolojik örneklerde (saç, tırnak, küpe, diş fırçası, kulak temizleme çubuğu, bardak kenarınden alınan sürüntü, sakız, jilet, sigara izmariti, sümüklü mendil) incelemeler yapıldı. Yapılan analizlerde 1-0,1 ng/µl DNA konsantrasyonu aralığında başarılı sonuçlar alınarak, hem kan örneklerinde hem de eser miktarda DNA içeren örneklerde 9 SNP noktası başarıyla genotiplendi. 3915. SNP noktası ya çok az ya da hiç sinyal vermediği için değerlendirme dışı bırakıldı. 30 kişide yapılan genotip tayinleri sonucu Türk toplumu için 3010 ve 16519. SNP noktalarında polimorfizm, tüm bireylerde ise 15340. SNP noktasında Cambridge Referans (rCRS) dizisinden farklılık tespit edildi.
Özet (Çeviri)
Forensic scientists often use nuclear STR loci for identification. But it?s not always possible to obtain clear results from nuclear DNA, especially when nuclear DNA is degraded or deficient. In these cases forensic scientists tend to mitochondria?s, a cell organelle with its own DNA (mtDNA). The aim of this work is identification of the 10 mitochondrial SNP sites (3010, 3915, 5004, 6776, 8592, 10394, 10754, 11864, 15340, 16519) and the polymorphic sites within these SNP?s in Turk population, a routine procedure that is optimized to analyze degraded samples. The SNaPshot method is chosen for this work, because of its advantages like: the ease of multiplexing and optimizing, high sensitivity, high reliability, high repeatability and its capability to detect mixed samples and heteroplasmic samples. After optimize the procedure, blood samples from 30 volunteers and samples taken from 5 volunteers, chosen among 30 volunteers, are analyzed. These samples contain trace amounts of DNA and consist of hair, nails, earrings, toothbrushes, q-tip, glass edge swabs, gum, razors, cigarette butts and hankies with mucus on it. After the isolation of DNA, the samples which has 1-0,1 ng/µl DNA concentrations give satisfying results and 9 SNP sites can be typed from these samples (3915. site doesn?t give satisfying signal). The result of 30 volunteers shows that the SNP sites 3010 and 16519 are polymorphic sites among Turks, and the 15340. site is different than the rCRS (revised Cambridge Reference Sequence) at all volunteers.
Benzer Tezler
- Sivas yöresinde yaygınlık gösteren culıcoıdes türlerinin komple mitokondriyal genom bazlı karakterizasyonu ve haemosporidian parazitler yönünden vektörlük potansiyellerinin araştırılması
Complete mitochondrial genome characterization of culicoides species distributed in sivas region and investigation of their vector potential for haemosporidian parasites
CANAN CANER KÜLİĞ
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
- Mitokondriyal genomun ileri değişken HVRI ve HVRII bölgelerinde görülen varyasyonların Türkiye toplumunda analizleri
Analysis of the variations in the advanced variable HVRI and HVRII regions of the mitochondrial genome in Turkish population
DİLAN BAŞTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Adli TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİYE LALE TUFAN
- Pancrustacea mitogenomunda korunmuş 'WHWGHTW' motifinin mitokondriyal transkripsiyondaki olası rolünün araştırılması
Investigation of putative fucntional role of conserved 'WHWGHTW' motif in pancrustacean mitochondrial transcription
MERVE NUR AYDEMİR
Doktora
Türkçe
2021
BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERTAN MAHİR KORKMAZ
- Eski ve bozulmuş örneklerde mitokondriyal dna dizinlenmesi
Mitochondrial dna sequencing of old and degraded samples
SELÇUK ERDEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Adli Tıpİstanbul ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNÇUL
- Nannospalax xanthodon (Rrodentıa:Spalacidae)'un farklı kromozom soylarında mitokondriyal DNA'nın 16S rRNA geni kullanılarak genetik varyasyon düzeylerinin belirlenmesi
Determining the levels of genetic variation using 16S rRNA of mtDNA in different chromosome races of Nannospalax xanthodon (Rodentia: Spalacidae)
HABİBE DİDEM ÇELİKBİLEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
ZoolojiNiğde ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TEOMAN KANKILIÇ