Classification of GPCRs using family specific motifs
G-Protein ile eslesmis reseptor (GPER) ailelerine ozgun motiflerle siniflandirilmasi
- Tez No: 309394
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YÜCEL SAYGIN, DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
G-protein ile eşleşmiş reseptörlerin (GPER) sınıflandırılması, fonksiyonubelirlenememiş ancak amino asit dizilimi belirlenmiş çok sayıdaki reseptörünfonksiyonunu tahmin edebilmeyi mümkün kılması açısından çok önemlidir.GPER proteinleri arasında A sınıfı reseptörlerin çok sayıda ilaç tarafındanhedef alınıyor olması sebebiyle, A sınıfı reseptörlerin aktivasyon mekanizmalarınınderinlikli şekilde anlaşılabilmesi ise ayrıca önem teşkil etmektedir.Bu tezde, reseptörlerdeki amino asit dizilimi verisinden üretilmiş motiflerkullanılarak A sınıfındaki reseptör ailelerinin sınıandırılmasını sağlayan, ürettiğimotifler yoluyla da A sınıfı reseptörlerinin aktivasyon mekanizmalarınaışık tutan bir yöntem sunulmaktadır. Alt-sınıfları en iyi şekilde tanımlayanmotifleri seçebilmek için Ayrıştırı Güç Değerlendirmesi tekniğini sunuyoruz.Yapılan deneyler, geliştirdiğimiz yöntemin halıhazırda bulunan GPER proteinleriA sınıfı reseptörlerinin sınıflandırması tekniklerine kıyasla daha yüksekbaşarı oranları yakaladığını göstermiştir. Bu tezin bir diğer katkısı da ilaçtasarımında faydalı olabilecek, reseptör aktivasyonunda rol oynayan anahtarbölgelerin bulunmasıdır.
Özet (Çeviri)
The classication of G-Protein Coupled Receptor (GPCR) sequences isan important problem that arises from the need to close the gap between thelarge number of orphan receptors and the relatively small number of annotatedreceptors. Equally important is the characterization of GPCR ClassA subfamilies and gaining insight into the ligand interaction since GPCRClass A encompasses a very large number of drug-targeted receptors. In thisthesis, a method for Class A subfamily classication using sequence-derivedmotifs which characterizes the subfamilies by discovering receptor-ligand interaction sites is proposed. The motifs that best characterize a subfamilyare selected by the proposed Distinguishing Power Evaluation (DPE) technique.The experiments performed on GPCR sequence databases show thatthe proposed method outperforms state-of-the-art classication techniquesfor GPCR Class A subfamily prediction. An important contribution of thisthesis is to discover key receptor-ligand interaction sites which is very importantfor drug design.
Benzer Tezler
- Identification of interaction sites of G protein-coupled receptors using machine learning techniques
Makine öğrenme teknikleri kullanılarak g protein-kenetli reseptörlerin etkileşim bölgelerinin tespit edilmesi
MEHMET EMRE ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Yapay sinir ağları ve K-en yakın komşu algoritması ile toprak çeşitliliğinin belirlenmesi
Determination of soil diversity with artificial neural networks and k nearest neighbor algorithm
ERAY DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Arel ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN YILDIRIM
- Makine öğrenmesi tabanlı bir uzman sistem tasarımı
Machine learning based an expert system design
ADNAN FATİH KOCAMAZ
Doktora
Türkçe
2012
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTrakya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT DİKMENGİL
YRD. DOÇ. DR. ERDEM UÇAR
- 19. yüzyıl İstanbul dizi konutlarının morfolojik andizine dayalı bilgi tabanlı tasarım modeli
Başlık çevirisi yok
ÇİLER KIRŞAN
- Elektrik enerji kalitesi olayları için gömülü sistem uygulamaları
Embedded system applications for electrical power quality
SEMAVİ AKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiAnadolu ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü
YRD. DOÇ. DR. HAKAN GÜRAY ŞENEL