Comparison of fluorescent protein labelled and wild type NMDA receptor distribution
Doğal ve floresan proteinle işaretlenmiş NMDA reseptörlerinin hücre içinde dağılımının karşılaştırılması
- Tez No: 338407
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ D. SON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: NMDA reseptörü, EGFP, mCherry, lokalizasyon, dağılım, NMDA receptor, EGFP, mCherry, localization, distibution
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Bir ligand ve voltaj kapılı iyon kanalı olan NMDA (N-methyl D-aspartate) Reseptörü sinaptik plastisite, hafıza oluşumu, davranış yanıtı ve hücre hayatta kalması gibi önemli süreçlerde yer alır. NMDA Reseptörünün fonksiyonlarını gerçekleştirmesi açısından reseptörün hücre içerisinde bulunduğu yer önemlidir. Bu reseptör hücre zarında etkinlik gösterebilmektedir. Bugüne kadar NMDA reseptörü çokça çalışılmış olmasına karşın lokalizasyonunu mikroskobik yöntemlerle gösteren tatmin edici bir çalışma bulunmamaktadır.Ayrıca, lokalizasyon ve reseptör etkileşimleri çalışmalarında önemli yer tuttuğu bilinen floresan proteinlerle işaretleme çalışmalarının NMDA reseptörünün dağılımını etkileyip etkilemediğini gösteren bir çalışma da bulunmamaktadır. Bu karşılaştırmanın yapılmasının ileride yapılacak olan etkileşim ve dağılım çalışmaları için temel oluşturması beklenmektedir.Bu çalışmada literatürde belirtildiğinin aksine NMDA reseptörünün sadece ER ve hücre zarında lokalize olmadığı, daha çok sitozolik bir dağılım gösterdiği, bu sonucun doğal fare NMDA reseptörü ile örtüştüğü ve en azından dağılım açısından floresan proteinler ile işaretlemenin NMDA reseptörünün hücre içi dağılımını etkilemediği gösterilmiştir. Ayrıca NMDA reseptörünün alt birimlerinden biri olan NR2B altbiriminin hücrede varlığını sürdürebilmesi için NR1 altbiriminin N-terminal kısmının yeterli olduğu görülmüştür.Bu çalışmanın ışığında, EGFP ve mCherry floresan proteinleri ile işaretlenen NMDA reseptörlerinin FRET metodu gibi NMDA reseptörlerinin etkileşimlerini gösterecek olan çalışmalarda kullanılmasında reseptör dağılımı açısından bir sakınca olmadığı söylenebilir.
Özet (Çeviri)
NMDA (N-methyl D-aspartate) Receptor is a ligand and voltage gated ion channel and involved in many processes such as synaptic plasticity, memory formation, behavioral responses and cell survival. In the sense of functional activity, cellular localization of NMDAR is important since this receptor shows its activity on the membrane. Although NMDA receptor is intensely studied there are no satisfying study showing its localization with microscobic methods. Besides, the effect of florescent protein labelling of NMDA receptor on its distribution is not shown. It is expected to provide basis for further interaction and distribution studies with this comparison.Contrary to literature, in this study it is shown that NMDA receptor does not localize only in ER and membrane instead has a cytosolic pattern and this pattern is compatible with the distribution of wild type NMDA receptor. In addition, florescent protein labelling of NMDA receptor does not interrupt cellular distribution of NMDAR. Moreover, this study shows that N-terminal domain of NR1 subunit is sufficient to prevent degradation of NR2B in the cell.In consideration of this study it can be concluded that EGFP and mCherry labelled NMDA receptors can be used in interaction studies such as FRET and other studies, making use of fluorescent labelling of NMDA receptors, in terms of cellular distribution.
Benzer Tezler
- Proteomic study of light responses in Rhodospirillum centenum
Işığa duyarlı Rhodospirillum centenum için proteomik çalışma
FATİH MEHMET İPEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BiyoistatistikFatih ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. BARIK SALİH
PROF. DR. BART DEVREESE
- Comparison of three different primer systems for sexing birds
Kuşlarda eşey tayininde üç farklı primer sisteminin karşılaştırılması
EMEL ÇAKMAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMAL CAN BİLGİN
- Cloning, heterologous expression and purification of PHI 29 DNA polymerase variants
PHI 29 DNA polimeraz türevlerinin klonlanması, heterolog ekspresyonu ve saflaştırılması
FATMA ARAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN DEVECİ AKSOY
- Microbiota analysis in dishwashers by using the next generation sequencing
Bulaşık makinalarındaki mikrobiotanın belirlenmesinde yeni nesil dna dizi analiz tekniğinin kullanılması
DUYGU KAVADARLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
PROF. DR. MELEK TÜTER
- Tip 1 diabetes mellitusta adacık hücre antikor (ICA) ölçümünde immünfloresan ve peroksidaz işaretli protein A tekniklerinin karşılaştırılması ve farklı türlerden alınan pankreas örneklerinin ICA tayininde güvenirliğinin değerlendirilmesi
Comparison of immunflourescence and peroxidase-labeled protein A techniques in the determination of islet cell antibody (ICA) in type 1 diabetes mellitus
GÜLBU IŞITMANGİL
