Geri Dön

Classification of Cohesin family using class-specific motifs

Cohesın ailesinin sınıfa özel motifler ile sınıflandırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 373716
  2. Yazar: MİTHAT ERCÜMENT ESER
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. REİS BURAK ARSLAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Galatasaray Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Biyoenformatik, biyolojik bilginin saklanması, elde edilmesi, organize edilmesi ve analiz edilmesini sağlayan ve iyileştiren bilim dalıdır. Bu sebeple biyoenformatik, moleküler biyoloji için önemli bir hale gelmiştir. Protein dizilimlerinin analizinde kullanılabilecek bir yöntem bunların sınıflandırılması ve yeni bulunan proteinlerin sınıfının belirlenmesini sağlamaktır. Bununla beraber proteinlerin görevlerini temsil eden küçük parçaları olan motiflerin bulunması, protein yapısını ve protein-protein ikişkilerini göstermesi açısından önemlidir. Bu çalışmada, Cohesin protein ailesinin sınıfa özel yüksek özgüllük içeren motifleri çeşitli indirgenmiş aminoasit alfabeleri/gruplamaları ve farklı n-gram uzunlukları ile bulunup J48, Support Vector Machine ve Naïve Bayes ile sınıflandırılmıştır. Sonuçta 5-gram uzunluklu Sdm13 alfabesi ile seçilen 10 özellik ile Naïve Bayes algoritması kullanılarak % 99.09 başarı ile sınıflandırma sağlanmıştır.

Özet (Çeviri)

Bioinformatics is an area of science that helps developing and improving methods to store, retrieve, organize and analyze biological data. Thus, bioinformatics has gained important role for molecular biology. One of the methods to analyze this big data is to use classification of protein sequences to predict unseen proteins types. In addition to this, finding motifs, which are a part of protein sequence that contains biological function of the sequence, is important to understand protein structure and protein-protein relationships. In this work, class-specific motifs with high specificity are found and supervised classification models are trained to classify new sequences to find types of cohesin protein using various machine learning algorithms like J48 Decision Tree, Support Vector Machines and Naïve Bayes and with different combinations of Reduced Amino acid Alphabets/Groupings. Results were compared by classification accuracies. Using 5-gram sized Sdm13 alphabet with 10 features and Naïve Bayes algorithm, highest accuracy of 99.09 % is achieved.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    348691

    Detecting motifs for computational classification of dockerin and cohesin sequences

    Dockerin ve kohezin dizilerinin hesaplamalı sınıflandırılması için motiflerin tespiti

    EBRU ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN UĞUR SEZERMAN

  2. Tez No

    450059

    Nazan Bekiroğlu'nun 'Nar Ağacı' adlı romanında bağdaşıklık ve bağdaşıklık ekseninde bir söz varlığı çözümlemesi

    Cohesion in Nazan Bekiroğlu's novel named 'Nar Ağacı' and anaylses of the vocabulary used within the scope of cohesion

    MUZAFFER UZUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    DilbilimKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASİYE MEVHİBE COŞAR

  3. Tez No

    665046

    Sâmiha Ayverdi'nin Ateş Ağacı adlı romanında bağdaşıklık

    Cohesion in Sâmiha Ayverdi's novel named Ateş Ağacı

    RUMEYSA KELEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    DilbilimKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Türk Dili ve Edebiyatı Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MUZAFFER UZUN

  4. Tez No

    907894

    Özel yetenekli öğrencilerin oluşturdukları hikâye edici metinlerin bağdaşıklık ve tutarlılık bağlamında incelenmesi

    Investigation of narrative texts created by specially talented and normally developing students in the context of cohesion and coherence

    TUGAY ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Türk Dili ve EdebiyatıAlanya Alaaddin Keykubat Üniversitesi

    Türkçe ve Sosyal Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BORA BAYRAM

  5. Tez No

    455375

    Karayolu tünellerinin projelendirilmesi aşamasında kullanılan kayaç parametreleri ile kaya sınıflama sistemleri arasındaki ilişkinin araştırılması

    An investigation into the relationships between rock classification systems and engineering rock parameters used in project planning of underground road tunnels

    FURKAN ATALAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Jeoloji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Maden Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAKAN TUNÇDEMİR

Geri Dön