Prism 2.0: optimizing prism and designing a web server for structural modeling of protein – protein interactions
Prısm 2.0: Prism'in iyileştirilmesi ve protein - protein etkileşimlerinin yapısal modellenmesini yapan bir internet sunucusunun tasarlanmasi
- Tez No: 397270
- Danışmanlar: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY, PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Hücredeki biyolojik süreçler çoğunlukla birçok protein - protein etkileşim ağları tarafından yürütülmektedir. Hesaplamalı biyolojinin amaçlarından biri proteinler arasındaki etkileşimlerin tahmini ve bir hücrenin nasıl çalıştığını anlamak için hesaplamalı yöntemleri kullanmaktır. Günümüzde, protein etkileşim verilerini oluşturmak için yaygın olarak kullanılan bir çok deneysel ve hesaplamalı yöntemler vardır. Öncü hesaplamalı biyoloji araçlarından biri de PRISM'dir. Geliştirilen ilk şablon tabanlı protein etkileşim tahmin aracı PRISM'dir. PRISM birçok yayın da başarısını kanıtlamış ve yaygın olarak protein-protein etkileşimlerin yapısal modellemelerin tahmini amacıyla kullanılmıştır. Ancak, protein-protein etkileşimleri ağları üzerinde kullanılmasının, hem performans hem de kullanılabilirlik açısından sınırlamaları vardı. Bu tezde, PRISM'in yeni bir sürümünün tasarlanması (PRISM2.0) ve protein etkileşim ağları üzerinde etkili ve kolay kullanımı olan bir araç olması amaçlanmıştır. PRISM2.0 birbirinden bağımsız modüllerden inşa edilmiştir, bu nedenle kullanılması ve daha da geliştirilmesi kolaylaştırılmıştır. PRISM2.0'nin web sunucu sürümü de bir protein-protein etkileşimleri havuzunu oluşturmak için geliştirilmiştir. Bu havuz büyüdükçe, protein-protein etkileşimleri için zengin bir kaynak olması amaçlanmaktadır. Kullanıcılar, herhangi bir kurulum ya da bilgisayar dünyası hakkında daha fazla bilgi sahibi olmadan web sunucusunu kullanarak PRISM 2.0 kullanabilmektedirler. Bu araçların biyolojik yolların yapısal modellemesi ile ilgilenen bilim insanları için faydalı olacağına inanmaktayız.
Özet (Çeviri)
Biological processes in the cell mainly are carried out by protein – protein interaction networks among numerous proteins. One of the goals of the computational biology is to use mainly computational methods to predict interaction among proteins and understand how a cell functions. Today, there are many experimental and computational approaches used extensively to generate protein interaction data. One of the pioneer computational tools is PRISM. PRISM is the first template based protein – protein interaction prediction tool developed. PRISM has proven its success at many publications and used widely for prediction and structural modeling of protein-protein interactions as a stand-alone tool. However, its application to pathways, a network of protein-protein interactions, has both performance and usability limitations. In this thesis, a new version of PRISM (PRISM2.0) has been designed and implemented to make it efficient and easy-to-use for network of proteins predictions. PRISM2.0 is built from loosely coupled modules, therefore it is easy to use and develop further. A web server version of PRISM2.0 has been developed to create a protein–protein interaction repository. As the repository grows, it is expected to be a rich resource for protein-protein interactions. Users can enjoy using the web server without any installation or any further information about computer world rather than browsing the web page. We believe these tools will be beneficial for the community who is interested structural modeling of biological pathways.
Benzer Tezler
- Pediatri yoğun bakım ünitesinde yatan obez hastaların ilaç kullanımının klinik eczacılık yaklaşımıyla retrospektif olarak incelenmesi
Retrospective analysis of drug use in obese patients hospitalized in the pediatric intensive care unit with a clinical pharmacy approach
AYLİN ARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiKlinik Eczacılık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BUKET REEL
- A fast 3d flow field prediction around bluff bodies using deep learning
Derin öğrenme kullanılarak küt cisimler etrafındaki 3 boyutlu akış alanının tahmini
FARHAD NEMATI TAHER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDUSSAMET SUBAŞI
- Yerel mineral katkılarla reaktif pudra betonu geliştirilmesi ve alkali-silis reaktivitesinin incelenmesi
Development of reactive powder concrete with local mineral admixtures and investigation of their alkali-silica reactivity
GÜZİDE ELİF GEREKEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İnşaat MühendisliğiEge Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMBİZ RAMYAR
- Tarihi yapıların onarımında kullanılmak üzere puzolan katkılı hidrolik kireç esaslı onarım harcı üretilme olanaklarının araştırılması
A study on hydraulic lime mortars with pozzolan addition for historic masonry repairs
DİLARA GÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDEN ACUN ÖZGÜNLER
- Ratlarda rifampisin molekülünün hipoksik santral sinir sistemi hasarına etkisinin değerlendirilmesi
Erci̇yes University Faculty of Medicine, child HEALTH and diseases, evaluation of the effect of rifampisin molecule on hipoxic central nervous system damage
MEHMET ALÇI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM ÜZÜM
PROF. DR. HÜSEYİN PER