Kimyasal moleküllerin eşlenmesi için çizge temelli örüntü tanıma kullanımı
A graph-based pattern recognition for chemical molecule matching
- Tez No: 409938
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUHAMMED FATİH DEMİRCİ, YRD. DOÇ. DR. MEHMET TAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
Veri gösterimlerinin sınıflandırılmasında kullanılan örüntü tanıma teknikleri biyoenformatik ve kemoenformatik alanlarının önemli bileşenleri olarak görülürler. Kimyasal moleküllerin aktivitelerinin sonuçlarını tahmin edebilmek, laboratuvar ortamında deneyler yaparak elde edilen sonuçlara harcanan zaman ve maliyeti önemli oranda azaltmaya yardımcı olabilir. Bu çalışmada kimyasal moleküller arasındaki benzerlik oranlarını hesaplamaya odaklı bir çizge temelli örüntü tanıma metodunun kullanımı işlenmektedir. Bu metot, kimyasal moleküllerin kanserojenlik oranlarının tahmininde kullanılmaktadır. Kullanılan yöntemde moleküller kenar ağırlıklı çizgeler olarak, her atom bir düğüme karşılık gelecek şekilde ve atomların aralarında oluşturdukları bağlar da kenarlara karşılık gelecek şekilde tasvir edilmektedir. Uygulamada çizge gömme işlemi düğümlerin geometrik uzayda noktalar olarak temsil edilmesiyle gerçekleştirilir. Uzayda temsil edilen noktalar arasındaki benzerlik ölçüsü (uzaklığı) Earth Mover's Distance (EMD) metodu kullanılarak hesaplanır, öyle ki, bu metot dağıtım odaklı taşınım algoritması üzerine temellendirilmiştir. Bu çalışmada kullanılan metot Predictive Toxicology Challenge (PTC) veri seti üzerinde varolan metotlarla karşılaştırıldığında umut verici sonuçlar vermektedir.
Özet (Çeviri)
Pattern recognition techniques that are used for classification of data representations are important components of bioinformatics and chemical informatics. Prediction of the activity of chemical molecules is a significant process that can help saving time and cost devoted to conduct the actual experiments in the laboratory. We present a new method that uses graph-based pattern recognition to compute the similarity between chemical molecules. Our method is used for prediction of the activity of chemical molecules, that is, the prediction of carcinogenicity of molecules. In our method, molecules are depicted as edge-weighted graphs, where each atom corresponds to a vertex and the bonds between the atoms are depicted as edges. The framework performs graph embedding by representing vertices as points in a geometric space. The similarity measure (distance) between the embedded points is computed using the Earth Mover's Distance (EMD) method, which is based on a distribution-based transportation algorithm. Our method shows promising results on the Predictive Toxicology Challenge (PTC) dataset compared to the existing kernels.
Benzer Tezler
- A coherent coupling between graphene plasmon and molecular vibration in strong coupling regime
Güçlü bağlantı rejiminde grafen plazmonu ve moleküler titreşim arasındaki tutarlı bağlantı
MD FAYSAL HOSSAIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Mühendislik Bilimleriİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
Dr. WON MI AHN
- Synthesis and characterization of methyl ethyl ketone formaldehyde resins including boron
Bor içeren metil etil keton formaldehit reçinelerinin sentezi ve karakterizasyonu
HATAY CÖCEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLGÜN KIZILCAN
- Bitki aktif moleküllerinin antifungal etkisinin moleküler kenetlenme yöntemi ile ın sılıco olarak belirlenmesi
In silico determination of the antifungal effect of plant active molecules by molecular docking
BEYZA YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS
- Synthesis of novel alkyl alpha-(hydroxymethyl)acrylate (rhma) ether dimer derived polymers and their potential use in powder coating
Yeni alkil alfa-(hidroksimetil) akrilat (rhma) eter dimer türevi polimerlerin sentezi ve toz boyacılıkta potansiyel kullanımı
ERHAN ÖZKAL
- Heuristic algorithms for solving chemical shift assignment problem in protein structure determination
Sezgisel algoritmalar ile protein yapı belirlemesindeki kimyasal kayma atama probleminin çözümü
EMEL MADEN YILMAZ
Doktora
İngilizce
2021
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ŞİMA UYAR
PROF. DR. PETER GÜNTERT