Contribution of DegP protease to the protein quality control in Escherichia coli
DegP proteazinin Escherichia coli'de protein kalite kontrolüne olan katkisi
- Tez No: 430918
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL SÜMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Her hücre, her birinin özelleşmiş görevleri bulunan milyonlarca farklı proteinden oluşmaktadır. Hücrenin canlılığını koruması için bu proteinlerin işlevlerini düzgün bir şekilde yerine getirmeleri büyük önem taşımaktadır. Ancak, hücreler sürekli olarak çeşitli stres faktörlerine ve değişen koşullara maruz kalmaktadır.Özellikle hücrenin dış kısmında bulunan proteinlerin işlevselliklerini kaybetmemesi için bir koruma ve tanı mekanizması gerekmektedir. Escherichia coli gibi gram-negatif bakteriler, dış membran proteinlerinin işlevselliklerinin korunması için periplazmada bir protein kalite kontrol sistemi geliştirmiştir.Bir çok önemli elemanı göz önünde bulundurarak bu çalışmada, kalite kontrolünün anahtar elemanlarında biri olan DegP çalışılmıştır. DegP hem proteaz hem de şaperon olarak görev yapan çok fonksiyonlu bir proteindir. Yanlış katlanmış veya bozulmuş proteinleri tanır ve bu proteinlerin ya yeniden katlanmalarına yardımcı olur ya da ortadan kaldırılmalarını sağlar. Bu çalışmada DegP'nin proteolitik işlevi gözlemlenmiştir. Fonksiyonları stress koşullarının ve farklı substratların varlığında incelenmiştir. α-kazein, β-kazein, sığırserum albumini doğal olmayan substratlar olarak, periplazmik MalS proteini ise doğal hedef substratı olarak seçilmiştir. Bu çalışmada kullanılmış olan α-kazein, β-kazein ve sığır serum albumin ticari olarak temin edilmiş, MalS protein ise moleküler klonlama teknikleri ve iyon değişimi kromatografisi kullanılarak elde edilmiştir. DegP'nin total degredasyon hızını gözlemlemek için inkübasyon süresi değişken olarak alınmış, sıcaklık ve pH parametreleri sabit tutulmuştur. Yapılan çalışmalara ek olarak, DegP'nin para-nitroanilin türevleri kullanılarak allosterik aktivasyonu sağlanmış ve proteolitik aktivitesi, aynı substratlar kullanılarak spektrofotometrik olarak ölçülmüştür. Bu çalışma ile daha önce yapılan degredasyon testlerini doğrulayıcı nitelikte sonuçlar bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile bakteriler için hayati önem teşkil eden protein kalite kontrol sistemin çok önemli bir elemanı olan DegP'nin işlevleri hakkında yararlı sonuçlar gözlemlenmiş ve ileride yapılabilecek çalışmalaraöncülolabilecekbulgular elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Each cell consists of millions of different proteins, each having highly specialized functions. In order to keep cell viable and maintain its structure, it is essential to have proteins performing their tasks correctly. However, cell is exposed to several stress factors and varying conditions. Therefore, especially for proteins located in the outer membranes of the cell, a mechanism for the protection and detection is required. Gram-negative bacteria, such as Escherichia coli, developed protein quality control mechanisms in the periplasm to keep outer membrane proteins functioning. Considering many important elements, this study aimed to investigate one of the key factors, DegP. DegP is a multifunctional protein that serves as a protease and a chaperone. It has the ability to sense misfolded or defected proteins and assists refolding and clearance processes. In this study, proteolytic functions of DegP were observed. Its function was tested in the presence of stress conditions with different substrate proteins. α-casein, β-casein and bovine serum albumin were used as non-target substrates and periplasmic MalS protein was used as target substrate for DegP. MalS protein was obtained by molecular cloning techniques and purified by using ion-exchange chromatography. α-casein, β-casein and bovineserum albumin were obtained from manufacturers. Temperature and pH parameters were kept constant and incubation times were tested in order to observe complete proteolysis rate of DegP. Additionally, allosteric activation of DegP by using para-nitroaniline derivatives was maintained and its proteolytic activity was observed by using spectrophotometric methods with the same substrates. Results supported findings of digestion assays. Results of the assays revealed important aspects of the protein quality control systems in gram-negative bacteria and one of their high priority element DegP. Findings of this study yield possibilities for further investigations on DegP and its role as a chaperone and a protease.
Benzer Tezler
- Contribution of superfical layer neuros to presaccadic bursts in the superior colliculus : A Whole -cell patch-clamp study in brain slices
Collicus süperior'da sakkadik hareketler öncesi elektriksel etkinliğe gri tabaka hücrelerinin katkısı
GÜLDEN ÖZEN
Doktora
İngilizce
1999
Tıbbi BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiPROF. DR. YUSUF P. TAN
PROF. DR. GEORGE J. AUGUSTİNE
- Çaprazlı çelik çerçevelerin sismik performansına düşey yük taşıyan iç çerçevelerin katkısı
Contribution of gravity frames to seismic performance of special concentrically braced frames
AYLİN KAHRİMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
İnşaat MühendisliğiGebze Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT AKBAŞ
- Türk İş Birliği ve Koordinasyon Ajansının Sudan'daki sosyal hizmetlere katkısı
Contribution of Turkish Cooperation and Coordination Agency tosocial services in Sudan
AHMED ALTIGANI ABDALLA MOHAGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Sosyal HizmetSakarya ÜniversitesiSosyal Hizmet Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL AKYÜZ
- İstanbul Finans Merkezi projesi'nin Türkiye'de İslami finansa katkısı
Contribution of Istanbul Financial Center project to Islamic finance in Turkey
SEFER GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Ekonomiİstanbul Sabahattin Zaim Üniversitesiİslam Ekonomisi ve Finansı Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ENSARİ YÜCEL
- Türk resim sanatına Trakya doğumlu ressamların katkıları
Contribution of Thrace-born painters to Turkish painting art
ÖZGÜR TUNCA