Geri Dön

Contribution of DegP protease to the protein quality control in Escherichia coli

DegP proteazinin Escherichia coli'de protein kalite kontrolüne olan katkisi

PDF İndir

  1. Tez No: 430918
  2. Yazar: YAPRAK ÖZAKMAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL SÜMER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyokimya, Biology, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Her hücre, her birinin özelleşmiş görevleri bulunan milyonlarca farklı proteinden oluşmaktadır. Hücrenin canlılığını koruması için bu proteinlerin işlevlerini düzgün bir şekilde yerine getirmeleri büyük önem taşımaktadır. Ancak, hücreler sürekli olarak çeşitli stres faktörlerine ve değişen koşullara maruz kalmaktadır.Özellikle hücrenin dış kısmında bulunan proteinlerin işlevselliklerini kaybetmemesi için bir koruma ve tanı mekanizması gerekmektedir. Escherichia coli gibi gram-negatif bakteriler, dış membran proteinlerinin işlevselliklerinin korunması için periplazmada bir protein kalite kontrol sistemi geliştirmiştir.Bir çok önemli elemanı göz önünde bulundurarak bu çalışmada, kalite kontrolünün anahtar elemanlarında biri olan DegP çalışılmıştır. DegP hem proteaz hem de şaperon olarak görev yapan çok fonksiyonlu bir proteindir. Yanlış katlanmış veya bozulmuş proteinleri tanır ve bu proteinlerin ya yeniden katlanmalarına yardımcı olur ya da ortadan kaldırılmalarını sağlar. Bu çalışmada DegP'nin proteolitik işlevi gözlemlenmiştir. Fonksiyonları stress koşullarının ve farklı substratların varlığında incelenmiştir. α-kazein, β-kazein, sığırserum albumini doğal olmayan substratlar olarak, periplazmik MalS proteini ise doğal hedef substratı olarak seçilmiştir. Bu çalışmada kullanılmış olan α-kazein, β-kazein ve sığır serum albumin ticari olarak temin edilmiş, MalS protein ise moleküler klonlama teknikleri ve iyon değişimi kromatografisi kullanılarak elde edilmiştir. DegP'nin total degredasyon hızını gözlemlemek için inkübasyon süresi değişken olarak alınmış, sıcaklık ve pH parametreleri sabit tutulmuştur. Yapılan çalışmalara ek olarak, DegP'nin para-nitroanilin türevleri kullanılarak allosterik aktivasyonu sağlanmış ve proteolitik aktivitesi, aynı substratlar kullanılarak spektrofotometrik olarak ölçülmüştür. Bu çalışma ile daha önce yapılan degredasyon testlerini doğrulayıcı nitelikte sonuçlar bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile bakteriler için hayati önem teşkil eden protein kalite kontrol sistemin çok önemli bir elemanı olan DegP'nin işlevleri hakkında yararlı sonuçlar gözlemlenmiş ve ileride yapılabilecek çalışmalaraöncülolabilecekbulgular elde edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Each cell consists of millions of different proteins, each having highly specialized functions. In order to keep cell viable and maintain its structure, it is essential to have proteins performing their tasks correctly. However, cell is exposed to several stress factors and varying conditions. Therefore, especially for proteins located in the outer membranes of the cell, a mechanism for the protection and detection is required. Gram-negative bacteria, such as Escherichia coli, developed protein quality control mechanisms in the periplasm to keep outer membrane proteins functioning. Considering many important elements, this study aimed to investigate one of the key factors, DegP. DegP is a multifunctional protein that serves as a protease and a chaperone. It has the ability to sense misfolded or defected proteins and assists refolding and clearance processes. In this study, proteolytic functions of DegP were observed. Its function was tested in the presence of stress conditions with different substrate proteins. α-casein, β-casein and bovine serum albumin were used as non-target substrates and periplasmic MalS protein was used as target substrate for DegP. MalS protein was obtained by molecular cloning techniques and purified by using ion-exchange chromatography. α-casein, β-casein and bovineserum albumin were obtained from manufacturers. Temperature and pH parameters were kept constant and incubation times were tested in order to observe complete proteolysis rate of DegP. Additionally, allosteric activation of DegP by using para-nitroaniline derivatives was maintained and its proteolytic activity was observed by using spectrophotometric methods with the same substrates. Results supported findings of digestion assays. Results of the assays revealed important aspects of the protein quality control systems in gram-negative bacteria and one of their high priority element DegP. Findings of this study yield possibilities for further investigations on DegP and its role as a chaperone and a protease.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    343014

    Investigation of fuzzy functions approach and its possible applications in industrial engineering problems

    Bulanık fonksiyon yaklaşımının araştırılması ve endüstri mühendisliği problemlerinde olası uygulamaları

    SULTAN MARAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Endüstri ve Endüstri MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADİL BAYKASOĞLU

  2. Tez No

    941364

    Geoenvironmental evaluation of steel slag utilization in highways using experimental analyses

    Çelik cüruflarının mekanik ve çevresel etkilerinin deneysel olarak değerlendirilmesi

    BİLAL KORKMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI YALÇIN DAYIOĞLU

  3. Tez No

    315470

    Seröz over karsinomlarında kemorezistans ve patogenez ile ilişkili YB-1, P-glikoprotein, P53 ve Ki-67 belirleyicilerinin immünohistokimyasal incelenmesi ve sonuçların hastaların kliniği ile karşılaştırılması

    Immunohistochemical examination of chemoresistance and pathogenesis associated determinants YB-1, P-glycoprotein, P53 and Ki-67 and comparison results with patients clinics

    EMEL DİLEKÇİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    PatolojiMersin Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF. SAFFET DİLEK

  4. Tez No

    324239

    Behçet hastalarında p-glikoprotein ve sitokrom p450 2c (CYP2C9 ve CYP2C19) genetik polimorfizm ve aktivitelerinin incelenmesi

    The study of genetic polymorphisms and activities of P-glycoprotein and cytochromes P450 2C9 and 2C19 in behcet?s disease

    MUSTAFA TUĞRUL GÖKTAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜMİT YAŞAR

  5. Tez No

    215904

    İnsan yumurtalık kanseri hücre hattında (Ovcar-3) zoledronik asit ve Gossypol'un sitotoksik ve apoptotik etkilerinin araştırılması

    An investigation of cytotoxic and apoptotic effect of zoledronic acid and Gossypol in ovarian cancer cell line (OVCAR-3)

    HARİKA ATMACA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    BiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SELİM UZUNOĞLU

Geri Dön