Contribution of DegP protease to the protein quality control in Escherichia coli
DegP proteazinin Escherichia coli'de protein kalite kontrolüne olan katkisi
- Tez No: 430918
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL SÜMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Her hücre, her birinin özelleşmiş görevleri bulunan milyonlarca farklı proteinden oluşmaktadır. Hücrenin canlılığını koruması için bu proteinlerin işlevlerini düzgün bir şekilde yerine getirmeleri büyük önem taşımaktadır. Ancak, hücreler sürekli olarak çeşitli stres faktörlerine ve değişen koşullara maruz kalmaktadır.Özellikle hücrenin dış kısmında bulunan proteinlerin işlevselliklerini kaybetmemesi için bir koruma ve tanı mekanizması gerekmektedir. Escherichia coli gibi gram-negatif bakteriler, dış membran proteinlerinin işlevselliklerinin korunması için periplazmada bir protein kalite kontrol sistemi geliştirmiştir.Bir çok önemli elemanı göz önünde bulundurarak bu çalışmada, kalite kontrolünün anahtar elemanlarında biri olan DegP çalışılmıştır. DegP hem proteaz hem de şaperon olarak görev yapan çok fonksiyonlu bir proteindir. Yanlış katlanmış veya bozulmuş proteinleri tanır ve bu proteinlerin ya yeniden katlanmalarına yardımcı olur ya da ortadan kaldırılmalarını sağlar. Bu çalışmada DegP'nin proteolitik işlevi gözlemlenmiştir. Fonksiyonları stress koşullarının ve farklı substratların varlığında incelenmiştir. α-kazein, β-kazein, sığırserum albumini doğal olmayan substratlar olarak, periplazmik MalS proteini ise doğal hedef substratı olarak seçilmiştir. Bu çalışmada kullanılmış olan α-kazein, β-kazein ve sığır serum albumin ticari olarak temin edilmiş, MalS protein ise moleküler klonlama teknikleri ve iyon değişimi kromatografisi kullanılarak elde edilmiştir. DegP'nin total degredasyon hızını gözlemlemek için inkübasyon süresi değişken olarak alınmış, sıcaklık ve pH parametreleri sabit tutulmuştur. Yapılan çalışmalara ek olarak, DegP'nin para-nitroanilin türevleri kullanılarak allosterik aktivasyonu sağlanmış ve proteolitik aktivitesi, aynı substratlar kullanılarak spektrofotometrik olarak ölçülmüştür. Bu çalışma ile daha önce yapılan degredasyon testlerini doğrulayıcı nitelikte sonuçlar bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile bakteriler için hayati önem teşkil eden protein kalite kontrol sistemin çok önemli bir elemanı olan DegP'nin işlevleri hakkında yararlı sonuçlar gözlemlenmiş ve ileride yapılabilecek çalışmalaraöncülolabilecekbulgular elde edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Each cell consists of millions of different proteins, each having highly specialized functions. In order to keep cell viable and maintain its structure, it is essential to have proteins performing their tasks correctly. However, cell is exposed to several stress factors and varying conditions. Therefore, especially for proteins located in the outer membranes of the cell, a mechanism for the protection and detection is required. Gram-negative bacteria, such as Escherichia coli, developed protein quality control mechanisms in the periplasm to keep outer membrane proteins functioning. Considering many important elements, this study aimed to investigate one of the key factors, DegP. DegP is a multifunctional protein that serves as a protease and a chaperone. It has the ability to sense misfolded or defected proteins and assists refolding and clearance processes. In this study, proteolytic functions of DegP were observed. Its function was tested in the presence of stress conditions with different substrate proteins. α-casein, β-casein and bovine serum albumin were used as non-target substrates and periplasmic MalS protein was used as target substrate for DegP. MalS protein was obtained by molecular cloning techniques and purified by using ion-exchange chromatography. α-casein, β-casein and bovineserum albumin were obtained from manufacturers. Temperature and pH parameters were kept constant and incubation times were tested in order to observe complete proteolysis rate of DegP. Additionally, allosteric activation of DegP by using para-nitroaniline derivatives was maintained and its proteolytic activity was observed by using spectrophotometric methods with the same substrates. Results supported findings of digestion assays. Results of the assays revealed important aspects of the protein quality control systems in gram-negative bacteria and one of their high priority element DegP. Findings of this study yield possibilities for further investigations on DegP and its role as a chaperone and a protease.
Benzer Tezler
- Verapamil toksisite modelinde farklı zamanlarda intralipid uygulamasının kalsiyum tedavisine etkisi
Contribution of intralipid administration timing on calcium treatment in a rat model of verapamil toxicity
SEVİL BALTACI ÖZEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Anestezi ve ReanimasyonGazi ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SIDIKA HÜLYA ÇELEBİ
- Güzel sanatlar liselerinde grafik dersinin işlenişinde infografik'in, öğretme yöntemine katkısı
Contribution of infographics for teaching technique in fine arts high school during the graphic lesson
ALİ BORUCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Eğitim ve ÖğretimSüleyman Demirel ÜniversitesiGrafik Tasarımı Ana Sanat Dalı
DOÇ. YUSUF KEŞ
- Türkiye'de acil tıp alanında yayınlanmış makalelerin dünya tıp literatürüne katkısının analizi
Contribution of Turkish articles about emergency medicine to the international literature
SEVİL KUŞKU KIYAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
İlk ve Acil Yardımİstanbul ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM İKİZCELİ
- Primer hiperparatiroidizm tanılı hastalarda preoperatif lokalizasyon belirleme çalışmalarında SPECT/BT'nin çift fazlı 99mTc-MİBİ paratiroid sintigrafisine katkısı
Contribution of SPECT/CT to dual phase 99mTc-MIBI parathyroid scintigraphy in preoperative localization determination studies in patients with primary hyperparathyroidism
VUSLAT MUMCU ÇİMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Radyoloji ve Nükleer TıpGaziantep ÜniversitesiNükleer Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EBUZER KALENDER
- Multiparametrik MR görüntülemenin meme kanseri hastalarında neoadjuvan kemoterapiye patolojik yanıtın tahminine katkısı
Contribution of multiparametric MR imaging to the prediction of pathologic response to neoadjuvant chemotherapy in breast cancer patients
ELVIN JABBARLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Radyoloji ve Nükleer TıpOndokuz Mayıs ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET VEYSEL POLAT