Geri Dön

LEA (Late embryogenesıs abundant) genlerinin kavun (Cucumis melo L.) ve karpuz (Citrullus lanatus) türlerinde tanımlanması, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade analizlerinin incelenmesi

Identification, bioinformatics analysis of LEA (Late embryogenesis abundant) genes in melon (Cucumis melo L.) and watermelon (Citrullus lanatus) and gene expression analysis under drought stress condition

PDF İndir

  1. Tez No: 447045
  2. Yazar: SİBEL KARA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kastamonu Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 178

Özet

LEA genleri çeşitli stres faktörlerine karşı önemli fonksiyonlara sahip olan geç yanıt veren genlerdir. Kavun ve karpuz genomları yayınlanmış olmasına rağmen LEA gen ailesi ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmada kavun ve karpuz türlerindeki LEA gen ailesi üyeleri biyoinformatik programlarla kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. Kavunda 61, karpuzda ise 73 LEA geni tanımlanmıştır. En yüksek ortolog gen oranları kavun ile soya arasında %63, karpuz ile kavak arasında %71 ilişki saptanmıştır. Diğer türlerdeki LEA genleriyle segmental ve tandem duplikasyonlar belirlenmiştir. İki tür için korunmuş miRNA'lar in silico olarak analiz edilmiştir. Kavunda 21 farklı miRNA'nın 21 CmLEA geni; karpuzda ise 22 farklı miRNA tarafından 21 ClLEA geninin hedeflendiği görülmüştür. İki türün SRA veritabanından transkriptom analizi yapılmıştır. Kavunun farklı çeşitlerinde tuz stresi altında CmLEA genlerinin ifadesinin çoğunlukla arttığı gözlenmiştir. ClLEA genlerinin ifade seviyesinin floem dokudakilerin vasküler dokulardakine göre arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca bu çalışmada kuraklık stresi altında LEA gen ailesi üyeleri olan kavunda CmLEA 42, CmLEA 43; karpuzda ise ClLEA 46, ClLEA 48'in gen ifade seviyesi Real Time PZR analizi ile incelenmiştir. İki bitki türünde kuraklık stresi altında yaprak ve köklerden 0., 3., 12. ve 24. saatte örnekleme yapılmıştır. Eş zamanlı PZR sonuçlarına göre yaklaşık olarak kavunda CmLEA 42 geni yaprakta 24. saatte 4 kat; kökte 3. saatte 1,5 kat; CmLEA 43 geni 24. saatte yaprakta 2,5 kat, kökte 24. saatte 3 kat gen ifadesi artmıştır. Karpuzda ise ClLEA 46 geni yaprakta 3. saate 2,5 kat, kökte 12. saatte 1,2 kat; ClLEA 48'de ise yaprakta 3. saatte 1,2 kat, kökte 3. ve 24. satte 1,5 kat bir artış göstermektedir. Çalışmamız LEA genlerinin, kavun ve karpuzda kuraklığa yanıt mekanizmasının açığa çıkarılmasında öncü bir çalışma olabileceği gibi gelecekteki çalışmalara da farklı bir perspektif oluşturabilir.

Özet (Çeviri)

LEAs which are late responsive genes, have important functions in response to various stress factors. Although genomes of melon and watermelon have been published, there is a little information about LEA gene family in these species. LEA gene family members in melon and watermelon species were examined in a comprehensive manner with bioinformatics tools. A total of 61 and 73 LEA genes have been identified in melon and watermelon, respectively. The highest orthologous genes rates were observed with melon and soybean (%63); watermelon and poplar (71%). The highest orthologous genes rates were observed with melon and soybean (%63); watermelon and poplar (71%). In silico conserved miRNAs analysis was preformed for two species. It was shown that 21 different CmLEA and ClLEA genes were targeted with 21 and 22 different miRNAs, respectively. Two species of transcriptome analysis was made from SRA databases. When compared to different melon varieties under salt stress condition, gene expression of CmLEA genes were generally up-regulated. Gene expression of ClLEA genes were significantly increased in phloem tissue rather than vascular tissue. Furthermore, gene expression levels of LEA gene family members including CmLEA 42, CmLEA 43 in melon and ClLEA 46, ClLEA 48 in watermelon were examined by Real Time PCR. Leaves and roots from two plant species under drought stress at 0, 3, 12 and 24 hours were sampled. Expression level of CmLEA 42 gene increased to 4 folds in the leaves (24th hours) and 1,5 folds in the roots (3rd hours). CmLEA 43 gene expression raised to 2,5 folds at 24th hours in leaves and 3 folds at 24th hours in roots. In watermelon, ClLEA 46 gene expression increased to 2,5 folds in the leaves (3rd hours) and 1,2 folds in the roots (12th hours). ClLEA 48 gene expression raised to 1,2 folds at 3rd hours in leaves and 1,5 folds at 24th hours in roots. This research may be a pioneer work for uncovering of drought- response mechanism in melons and watermelons and may provide a different perspective for the future studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    447046

    LEA (Late embryogenesis abundant) genlerinin salatalık (Cucumis sativus L.) genomunda belirlenmesi, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade profillerinin çıkarılması

    Identification, bioinformatics analysis of LEA (Late embryogenesis abundant) genes in cucumber genome and analysis of gene expression profiles under drought stress condition

    PINAR BALOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikKastamonu Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU

  2. Tez No

    352468

    Abiotik stres aday genlerinin üzüm çeşit ve anacında ifade profillerinin araştırılması

    Research on grape cultivar and rootstock expression profiles of the predicted abiotic stress genes

    MOHAMMED EBRAHİME

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ ERGÜL

  3. Tez No

    425799

    Cloning of olive OeSRC1 and common bean dehydrin lea genes and functional evaluation in tobacco plants

    Zeytin OeSRC1 ve fasulye dehidrin lea genlerinin klonlanması ve tütün bitkisinde fonksiyonel karakterizasyonu

    SAMUEL ADUSE POKU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyoteknolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MUSA KAVAS

  4. Tez No

    327268

    Farklı mısır (Zea mays L.) çeşitlerinde LEA14 geni ekspresyonunun belirlenmesi

    Determination of LEA14 gene expression in different maize (Zea mays L.) cultivars

    DUYGU DİLEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LALE AKTAŞ

  5. Tez No

    357245

    Yabani arpa'da (Hordeum spontaneum) dehidrin3 geninin allelik varyasyonunun incelenmesi

    Determination of allelic variations of dehydrin3 gene in wild barley (Hordeum spontaneum)

    SÜLEYMAN ÇAPUTLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE FİLİZ GÜREL

Geri Dön