Toprak bakterilerinin PGPR özelliklerinin araştırılmasında PCR temelli moleküler tekniklerin uygulanması
Implementation of PCR-based molecular techniques for studying PGPR properties in soil bacteria
- Tez No: 483652
- Danışmanlar: PROF. DR. MEDİNE GÜLLÜCE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Bu çalışmada, Erzurum ve çevresindeki zirai alanlardan rizosferik toprak örnekleri toplanmış ve aseptik koşullarda laboratuvar ortamına taşınmıştır. Bu örneklerden saf bakteriyel izolatlar elde edilerek saflaştırılmış ve bunların arasından azot fiksasyonu, fosfat çözme ve IAA üretme bakımından PGPR özelliği gösterenler konvensiyonel yöntemler kullanılarak seçilmiştir. Aktif izolatların tanılanmasında klasik mikroskobik incelemeler ve moleküler teknikler kullanılmıştır. İzolatların moleküler identifikasyonu evrensel 16S rRNA gen bölgesine spesifik primerlerinin kullanıldığı PCR uygulaması, amplikonların sekans analizleri ve NCBI veri tabanında BLAST analizi ile yapılmıştır. Daha sonra bu aktif izolatlar bu özelliklerin araştırılmasında kullanılabilecek PCR temelli moleküler tekniklerin uygulanması için kullanılmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda PGPR özelliği tespit edilen 34 aktif izolat belirlenmiş ve moleküler tanıları yapılmıştır. Ayrıca bu izolatların kullanılmasıyla azot fiksasyonu ile ilişkili nif, fosfat çözündürme ile ilişkili pqq ve IAA üretimi ile ilişkili ipdc gen bölgeleri için spesifik yeni primer çiftleri tasarlanmıştır.
Özet (Çeviri)
In the present study, rhizospheric soil samples were collected from agricultural regions in Erzurum and near locations, and aseptically transferred to the laboratory. Pure bacterial isolates were obtained and active ones were selected by using conventional methods according to the PGPR criteria that include nitrogen fixation, phosphate solubilization and IAA production. Conventional microscopic examinations and molecular techniques were used for identification of the active isolates. Molecular identification of the isolates was done by using PCR with universal primers for 16S rRNA gene region, sequencing of amplicons and the BLAST analysis of NCBI database. These active isolates were then used to develop PCR-based molecular techniques that could be used to investigate these properties. According to the results, 34 active isolates with PGPR property were determined and their molecular characterization was done. In addition, using these isolates, new pairs of specific primers were designed for the nitrogen fixation-related nif, phosphate dissolution-related pqq and IAA production related ipdc gene regions.
Benzer Tezler
- Domates öz nekrozuna neden olan etmenlere karşı PGPR ve biyoajan bakterileri kullanılarak kontrollü koşullarda biyolojik mücadele imkânlarının araştırılması
Investigation of biological control possibilities of tomato pith necrosis using PGPR and bio-control bacteria in controlled condition
SELMA AKTAŞ
- Puccinella distans L. (Jacq). parl. bitkisinin rizosferinden ekstremofilik bakterilerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması ile pgpr özelliğine sahip olanların biyokömür ortamında ekmeklik buğday (Triticum avestivum L.) gelişimi üzerine etkisi
Isolation and molecular identification of extremophilic bacteria with pgpr characteristics from the rhizosphere of Puccinella distans L. (Jacq). parl., and their impact on the growth of bread wheat (Triticum aestivum L.) in a biochar
NOYAN EKEN
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDOĞAN EŞREF HAKKI
- Bitki gelişmesini teşvik edici bakterilerin çayda gelişme, verim, bazı kalite parametreleri ve enzim aktivitelerine etkilerinin araştırılması
The study of the effect of plant growth promoting bactria on tea development, production, some quality parameters and enzyme activities
ATEFEH VARMAZYARİ
- Synergistic effects of biochar and halotolerant on wheat growth and their potential to reclaim saline-sodic soil
Biyokömür ve halotolerant bakterilerin, buğday bitkisinin büyümesinde sinerjistik etkileri ve tuzlu-sodik toprağın ıslahındaki rolü
TUBA ARJUMEND
- Sıcaklık stresinin kökbakterilerinin bitki gelişimini artırma ve biyokontrol özelliklerine etkisi
The effect of different temperature stress on the abilities of plant growth promoting and biocontrol of rhizobacteria (PGPR)
SENEM FİLİZ
