Protein ikincil yapi tahmini için yapay sinir ağı modellerinin optimizasyonu
Artificial neural network optimization for protein secondary structure prediction
- Tez No: 520278
- Danışmanlar: PROF. DR. HASAN ERBAY, YRD. DOÇ. DR. ZAFER AYDIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırıkkale Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 41
Özet
Bu çalışmada protein işlevlerinin anlaşılmasında hayati önemi olan ikincil yapılarının tahmin edilebilmesi için çok katmanlı yapay sinir ağı ve çift yönlü tekrarlayan yapay sinir ağı optimizasyonu yapılmıştır. Bazı optimizasyon işlemleri için özgür yazılımlar kullanılarak bir hesaplama kümesi hazırlanmıştır. Optimizasyon sonucunda çift yönlü tekrarlayan yapay sinir ağlarının çok katmanlı yapay sinir ağından daha başarılı sonuç verdiği görülmüştür.
Özet (Çeviri)
In this study, a multi-layer artificial neural network and bidirectional recurrent artificial neural network optimization were performed in order to estimate secondary structures that are vital for understanding protein functions. For some optimization operations, a computation grid is prepared using open source software. As a result of the optimization, it has been seen that bidirectional artificial neural networks are more successful than the multi-layer artificial neural network.
Benzer Tezler
- Protein fold classification and motif retrieval methods by using the primary and secondary structures
Primer ve sekonder yapılar kullanılarak proteinlerin fold düzeyinde sınıflandırılması ve motif çıkarımı
ÖZLEM POLAT
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZÜMRAY DOKUR ÖLMEZ
- Biophysical characterization of proteins in solution and human fluids for cancer diagnosis applications using Fourier transform infrared spectroscopy
Fourier dönüşüm kızılötesi spektroskopisi kullanarak proteinlerin çözelti içindeki formları ile kanser teşhisi uygulamalarında insan sıvılarınının biyofiziksel karakterizasyonu
SHERIF ABBAS MOUSA ABBAS
Doktora
İngilizce
2016
BiyofizikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE SEVERCAN
PROF. DR. METE SEVERCAN
- Optimizing classifiers for protein secondary structure prediction
Protein ikincil yapısının tahmini için sınıflandırma yöntemlerinin optimizasyonu
ÖMMU GÜLSÜM UZUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZAFER AYDIN
- Developing deep learning models for protein structure prediction
Protein yapı tahmini için derin öğrenme modellerinin geliştirilmesi
YASİN GÖRMEZ
Doktora
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül ÜniversitesiElektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZAFER AYDIN
- Fidan gelişimi algoritması ile protein yapı tahmini
Protein secondary structure estimation with tree frowing up algorithm
SEDA ARSLAN TUNCER
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolFırat ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ KARCI