Bos taurus enolaz enzimini kodlayan genin yapıya dayalı ilaç tasarımı yönünde moleküler ve enzimatik analizlerinin yapılması
Structural, molecular and enzymatic analysis of Bos taurus enolase towards structure-based drug design
- Tez No: 533832
- Danışmanlar: PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK, DOÇ. DR. ÖZKAN DANIŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Genetik, Bioengineering, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2018
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Yıldız Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 138
Özet
Tropikal theileriosis, Theileria annulata parazitinin neden olduğu vektör kaynaklı vakalar arasında en yaygın görülen hastalıklardan biridir ve küresel ölçekte hayvancılık üretiminde ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Theileria annulata, Hyalomma cinsi kene vektörleri tarafından aktarılan ve özellikle Bos taurus ve Bos indicus olmak üzere ruminant hayvanlarda hastalığa neden olan bir zorunlu hücre içi protozoon parazitidir. Son yıllarda tropikal theileriosis tedavisinde başarı oranları düşüktür ve buparvaquona'a karşı direnç rapor edilmiştir. Son yıllarda gerçekleştirilen çalışmalarda Theileria annulata'nın Buparvaquona'a karşı direnç gösterdiğini ortaya koymaktadır. Bu sebeple Tropikal theileriosis ile mücadele alanında yeni tedavi yöntemi ve ilaç çalışmalarının artırılması gerekmektedir. Bu kapsamda 2017 yılında grubumuzda gerçekleştirilen bir tez çalışmasında bu hastalığa sebep olan Theileria annulata enolazına karşı yapıya dayalı ilaç tasarım çalışmaları gerçekleştirilmiştir ve Theileria annulata'nın temel enerji metabolizmasındaki glikoliz yolağında önemli bir enzim olan enolaz hedef alınarak bu enzimi inhibe eden kumarin türevleri taranmıştır. Bu tez çalışmasında 38 kumarin türevi arasında yüksek T. annulata enolazın inhibisyon aktivitesine sahip (IC50K23>K8>K9 olarak sıralanmıştır. Kumarin türevleri BtEno3'a bağlandıktan sonraki enzimin aktif bölgesindeki konformasyon değişikleri, enzim-substrat ve enzim-kumarin etkileşimleri in siliko analiz edilmiştir. Kumarinlerin enzimin aktif bölgesine bağlanmadığı, bağlandığı oyuklarda sıkı bağlar oluşturmadağı ve aktif bölgede herhangi bir konformasyon değişikliğine sebep olmadığı belirlenmiştir. Enzim-substrat etkileşiminde koordinasyon eksikliğine sebep olmadığı in siliko çalışmalar sonucunda ortaya konmuştur. Bu tez çalışmasında gerçekleştirilen in vitro ve in siliko çalışmaların sonucunda K8 ve K9 kumarin türevlerinin parazit enolazını konak enolazına kıyasla çok daha etkili olarak inhibe ettiği belirlenmiştir. Belirlenen bu türevler ile Theilerisosis tedavisine yönelik yeni ilaç adayı geliştirme yönünde hücre kültürü ve pre-klinik çalışmaların önünü açacaktır.
Özet (Çeviri)
Tropical theileriosis is one of the among most common vector-born diseases caused by Theileria annulata parasites and causes serious economic losses in livestock production on a global scale. Theileria annulata is an obligate intracellular protozoan parasite that is transmitted by Hyalomma tick vectors and causes disease in ruminant animals, especially Bos taurus and Bos indicus. The success rates of tropical theileriosis treatment are low and resistance to buparvaquona has increased in the last decades. Recent studies have shown that Theileria annulata reveals resistance to Buparvaquona. For this reason, new treatment methods and drug studies should be increased in the combat against tropical theileriosis. Structrue-based drug design studies were studied for the first time against Theileria annulata enolase in a thesis study performed at research group in 2017 and coumarin derivatives were screened for their inhibitory activity on T. annulata enolase is an crucial enzyme in the glycolysis pathway of T. annulata essential energy metabolism. Of the 38 coumarin derivatives studied those who have potent inhibitory activity (IC50 K23> K8> K9. The conformational changes in the active site of the enzyme, the enzyme-substrate and enzyme-coumarin interactions were analyzed in silico after coumarin derivatives were docked to BtEno3. It has been determined that coumarins do not bind to the active site of the enzyme, not form tight bonds in the pockets and did not cause any conformation changes in the active site. It was revealed in silico studies that there is no lack of coordination in enzyme-substrate interaction. In the thesis study, in vitro and in silico studies showed that K8 and K9 coumarin derivatives inhibit parasite enolase much more effectively than host Bos taurus enolase. The proposed ligand will enlight the cell culture and pre-clinical studies to develop new drug candidates for the theileriosis treatment.
Benzer Tezler
- Theileria annulata'nın enolaz enzimini kodlayan genin ilaç ve aşı tasarım çalışmalarında kullanılmak üzere izolasyonu, klonlanması ve analiz edilmesi
Isolation, cloning and analysis of the gene encoding enolase from Theileria annulata for drug and vaccine designing studies
AYBERK AKAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DİLEK TURGUT-BALIK
- Identification of Signatures of Tissue-Specific Gene Expression in Bos Taurus
Sığırda (Bos Taurus) Dokuya-Özgü Gen Ekspresyonlarinin Belirlenmesi
NECATİ ESENER
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilim ve TeknolojiAberystwyth University / Prifysgol AberystwythYurtdışı Enstitü
PROF. DR. CHRIS CREEVEY
- Tunus'ta bulunan sığırların (Bos taurus taurus linnaeus, 1758) işkembe siliyat (Protista: ciliophora) faunası
Rumen ciliate (Protista: Ciliophora) fauna of cattle (Bos taurus Taurus, 1758) in Tunusia
ALI FOUZI OTMAN ELHADI DAW
- Antalya'da bulunan sığırların (Bos taurus taurus Linnaeus, 1758) işkembe siliyat (Protista: Ciliophora) faunası
Rumen ciliate (Protista: Ciliophora) fauna of cattle (Bos taurus taurus Linnaeus, 1758) in Antalya
NURAY YÜRÜCÜOĞLU
- Sığır, koyun ve keçi yağlarının fiziksel, kimyasal ve teknolojik özellikleri üzerine ambalaj şekli ve depolama süresinin etkisi
Effect of packaging type and storage period on physical, chemical and technological properties of cattle, sheep and goat fats
MUSTAFA TAHSİN YILMAZ
Doktora
Türkçe
2009
Gıda MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KARAKAYA