An integrative gene-expression analysis of axolotl limb wound healing and regeneration
Aksolotl yara iyileşmesi ve rejenerasyonunun integratif gen ekspresyon analizi
- Tez No: 566814
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ CÜNEYD PARLAYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 150
Özet
Aksolotl, üstün rejeneratif ve hasarsız yara iyileşme kabiliyeti sergileyen, kaybedilen ve zarar görmüş olan bir uzvu tamamen ve etkin bir şekilde iyileştiren ürodele amfibilerinin bir üyesidir. Aksolotl yakın zamanda rejeneratif biyoloji ve tıp alanlarında güçlü bir deneysel model olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bazı çalışmalarda, aksolot uzuvunun rejeneratif ipuçlarını topluca açığa çıkarmak için yüksek verimli, omik tabanlı yaklaşımlar kullanılmıştır. Mikrodizi analizi ve RNA sekanslama teknolojileri, rejenere olan uzuvun farklı fazlarında diferansiyel olarak eksprese edilen (DE) genleri tespit etmek için en yaygın kullanılan transkriptomik araçlardır. Her ne kadar bu çalışmalar ile rejeneratif süreçte yer alan birçok önemli gen ve yolak bulunmuş olsa da, elde edilen sonuçlar, farklı laboratuarların çalışma tasarımları nedeniyle deneylerinin istatistiksel gücünü zayıflatıp sonuçların tutarlılığını etkileyebilmektedir. Bu tezin amacı bu istatistiksel açığı kapatmak için, halka açık mikroarray ve RNA-Seq aksolotl verilerinin bütünleştirici bir analizini yapmaktır. Analiz için üç biyolojik grup tasarlanmıştır; kontrol grubu (sağlam doku), yara iyileşme grubu (amputasyondan sonra yaklaşık 50 saate kadar) ve rejeneratif grup (amputasyon sonrası 50 saat ile 28 gün arası). Mikroarray ve RNA-Seq verilerinin bütünleştirici analizini ayrı ayrı yapmak için çapraz platform normalleştirme (birleştirme) yöntemi seçilmiştir. DE analizi, her iki teknolojiden veri işlendikten sonra R / Bioconductor“limma”paketi kullanılarak ayrı ayrı gerçekleştirildi. Yapılan karşılaştırmalarda sırasıyla, yara iyileşmesi grubu vs. kontrol de 91 gen, rejeneratif grup vs. kontrol grubunda 351 gen, ve rejeneratif grup vs. yara iyileşmesi grubunda 280 gen istastiksel olarak kuvvetli anlamlı bulunmuştur (düzeltilmiş p değeri; p
Özet (Çeviri)
Axolotl is a member of the urodele amphibians that exhibits extraordinary regenerative and scarless wound healing capabilities, fully restoring a lost limb as well as efficiently healing a damaged one. Axolotl has recently been used as a powerful experimental model for the fields of regenerative biology and medicine. Several studies have employed high-throughput, omics-based approaches to uncover the regenerative cues of the axolotl limb en masse. Microarrays and RNA-Sequencing technologies have been the most commonly used transcriptomic tools for detecting differentially expressed (DE) genes in different phases of the regenerating limb. Although those studies have found many important genes and pathways that are implicated in the regenerative process, the obtained results may lack sufficient consistency due to study designs originating from different labs, which undermines the statistical power of their experiments. Therefore, to bridge this statistical gap, the aim of this thesis was to perform an integrative analysis of publicly available microarray and RNA-Seq data from Axolotl limb samples having comparable study designs. Three biological groups were conceived for the analysis; control group (intact tissue), wound healing group (up to around 50 hours post amputation), and regenerative group (from 50 hours to 28 days post amputation). Cross-platform normalization (merging) method was selected for separately performing the integrative analysis of microarray and RNA-Seq data from Axolotl limb samples. Differential expression analysis was separately carried out using the R/Bioconductor“limma”package after processing data from both technologies. We found 91 genes, 351 genes, and 280 genes as the top DE genes which showed adjusted p
Benzer Tezler
- Akciğer kanserinde omik veri tabanlı analizler ve biyobelirteçlerin araştırılması
Omics data-based analysis and investigation of biomarkers in lung cancer
AYŞE CANER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpEge ÜniversitesiSağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ORDİN
- Discovering regulatory non-coding RNA interactions
Düzenleyici kodlanmayan RNA etkileşimlerinin keşfi
GÜLDEN OLGUN
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABDULLAH ERCÜMENT ÇİÇEK
YRD. DOÇ. DR. ÖZNUR TAŞTAN OKAN
- Kanser genetiği veritabanı oluşturulması ve biyoinformatik araçlarına entegrasyonu ile yeni kanser veri setlerinin analizi
Developing cancer genomic database and analyzing cancer datasets with integrating bioinformatic tools
MEHMET KEMAL SAMUR
Doktora
Türkçe
2013
BiyoistatistikAkdeniz ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN SAKA
- Discovering disease-causing genes by network analysis
Hastalığa neden olan genlerin ağ analizi ile bulunması
SAMET TENEKECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolDokuz Eylül ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZERRİN IŞIK
- Metabolism-oriented multiomics data integration
Farklı omı̇k verı̇lerı̇n metabolı̇zma odaklı entegrasyonu
AYCAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. ALİ ÇAKMAK