Geri Dön

Statistical methods and tools for quantitative mass spectrometry-based proteomics

Kantitatif kütle spektrometri tabanlı proteomik için istatistiksel yöntemler ve araçlar

  1. Tez No: 652447
  2. Yazar: UFUK YENİGÜN
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP FİLİZ EREN DOĞU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoistatistik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biostatistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 59

Özet

Yüksek hassasiyeti, uygulama çeşitliliği ve hızlı sonuçlarıyla öne çıkan kütle spektrometrisi organik ve biyokimyasal moleküllerin içerdikleri yapıların aydınlatılması, peptitlerin, proteinlerin ve oligonükleotitlerin mol kütlelerinin tayin edilmesi gibi maddelerin bağıl kütleleri üzerinden atom bileşimi ve dizilimi bulmak için moleküler ve hücresel biyoloji için vazgeçilmez bir araçtır.MSstats, hedefli ve veriden bağımsız proteomiklerdeki proteinlerin ve peptitlerin istatistiksel göreceli olarak nicelendirilmesi için açık kaynaklı bir R paketidir. Karmaşık tasarımlarla kromatografi esaslı kantifikasyon ile MS deneyleri için farklı bol proteinlerin tespit edilmesini, boşluk sınırı ve tespit sınırı (LOB / LOD), kalite kontrolün izlenmesi ve sistem uygunluk testi (SST) açısından MS testlerinin karakterize edilmesini sağlar. Kullanıcıların MSstats paketini kullanmak için R kurulumu yapmaları, R programlama dilini biliyor olmaları veya çevrimiçi olarak sunulan MSstats-Shiny'i kullanması gerekmektedir. Ancak birçok kullanıcı R programlama dilini bilmemektedir. Öte yandan, R programlama dilini bilen birçok kullanıcı ise R kurulumu ve kodlaması esnasında vakit kaybı yaşamaktadır. Bunların yanı sıra MS deney sonuçlarının mahremiyeti göz önünde bulundurularak çevrimiçiortamda değil sadece kendi lokal makinalarında kullanmak isteyen kullanıcılarda bulunmaktadır. Bu tezde, MSstats paketini herhangi bir programlama bilgisi olmadan, kurulumsuz ve çevrimdışıolarak kullanılabilecek,kullanım kolaylığı ile kullanıcılara vakit kazandıracak, analizlerin dışa kapalı lokal bilgisayarda yapılması ile mahremiyetde sağlayacak bir masaüstü uygulaması geliştirilmiştir.Bu araç, R ve Java programlama dillerinin senkronize çalışması ile geliştirilmiştir.Java ve R programlama dilleri ile MSstats-J-Plugin adında bir arayüz hazırlanmıştır. Bu arayüz sayesinde sonuçlar işlenerek, anlamlandırılmakta, görselleştirilmekte ve nihayetinde kullanıcıya sunulmaktadır.MSstats-J-Plugin'de kütle spektrometre verilerinin analizi dört temel adımda gerçekleştirilir. Bunlar“veri yükleme”,“veri işleme”,“grup karşılaştırma”ve“örnek boyutu tasarlama”dır. Ücretsiz ve açık kaynak kodlu olarak geliştirilen MSstats-J-Plugin, internet ortamında herkesin erişime açık olarak tasarlanmıştır.

Özet (Çeviri)

Mass spectrometry, which stands out with its high sensitivity, application variety and fast results, is an indispensable tool for molecular and cellular biology to find atomic composition and sequencing over the relative masses of substances such as the clarification of the structures contained in organic and biochemical molecules, the determination of the molar masses of peptides, proteins and oligonucleotides.MSstats is an open source R package for statistical relative quantification of proteins and peptides in data dependent, targeted and data-independent proteomics. It enables the identification of different abundant proteins for MS experiments by chromatography-based quantification with complex designs, characterizing MS assays in terms of limit of blank and limit of detection (LOB/LOD), system suitability testing (SST) and quality control (QC). Users have to install R to use the MSstats package and know the R programming language or use MSstats-Shiny, which is offered online. However, many users do not know the R programming language. On the other hand, many users who know the R programming language, experience time loss during installation and coding. In addition, many users prefer to use their own computers considering the privacy of MS test results. In this thesis, a desktop application has been developed that can be used MSstats package without any programming knowledge, without installation. It can be used offline, saving user's time with ease of use, and providing privacy by analyzing on a closed local computer. This tool was developed by synchronous operation of R and Java programming languages. An interface called MSstats-J-Plugin has been prepared with Java and R programming languages.Thanks to this interface, the results are processed, made sense, visualized and finally presented to the user.Analysis of mass spectrometry data in MSstats-J-Plugin is carried out in four basic steps. These steps are“data upload”,“data processing”,“group comparison”and“design sample size”.MSstats-J-Plugin developed as free and open-source, is designed to be accessible to everyone on the internet.

Benzer Tezler

  1. Farklı lösemi tiplerinde nükleer manyetik rezonans tabanlı metabolomik profilleme

    Nuclear magnetic resonance based metabolomic profiling in different types of leukemia

    AYŞE ZEHRA GÜL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞAHABETTİN SELEK

  2. Mikrodalga uygulanan MIR604 ve MON810 mısır unlarının omik yaklaşım ile karakterizasyonu

    Characterization of microwave-treated MIR604 and MON810 maize flours with omics approach

    BEGÜM ZEYNEP HANÇERLİOĞULLARI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Gıda MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. REMZİYE YILMAZ

  3. Effect of pre-concentration technique on the extraction of volatile compounds in beef and changes in quality parameters under dynamic storage conditions

    Çiğ etten uçucu bileşenlerin ekstraksiyonunda ön konsantrasyon tekniğinin etkisi ve dinamik muhafaza şartları altında kalite parametrelerinin değişimi

    AYLİN MET ÖZYURT

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEŞE ŞAHİN YEŞİLÇUBUK

  4. Medya okuryazarlığı dersi kapsamında öğrencilerin, medyaya bakış açılarının değerlendirilmesi: Denizli il örneği

    Evaluation of students' perspectives on media within the scope of media literacy class: Case of Denizli province

    TUĞBA OFLAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    İletişim BilimleriYaşar Üniversitesi

    İletişim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HURİYE TOKER