Kolorektal kanserde aday prognostik biyobelirteçlerin arşiv materyallerinde doğrulanması
Validation of candidate prognostic biomarkers in archive colorectal cancer specimens
- Tez No: 681223
- Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZDAĞ SEVGİLİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 127
Özet
Kolorektal kanser (KRK) dünyade ve Türkiye'de en sık görülen üçüncü ve en ölümcül ikinci kanser olarak kabul edilmektedir. Son yıllarda KRK'nın tanısı ve prognozu açısından biyolojik belirteçlerin kullanımı yaygın hale gelmiştir. Bu bağlamda ekibimiz tarafından yapılan ön çalışmalar sonucu hücre dışı matris etkileşim yolağında görev gören COL1A1, COL5A1, FN1 ve THBS2 genlerinin yüksek ifadesinin KRK'nın teşhis ve seyrinin öngörülmesinde faydalı olabileceği ortaya konmuştur. Bu doğrultuda tez çalışması kapsamında 200 KRK tümör ve 70 kontrol FFPE dokularından RNA izolasyonu yapılıp qRT PCR yöntemiyle bu dört genin ekspresyon verisi önceki çalışmalar ile birlikte incelenmiştir. Diğer tarafadan 200 KRK tümör örneğinin mRNA verisine ek olarak bu genler protein seviyesinde immünohistokimyasal olarak değerlendirilmiş ve hayatta kalım ile ilişkilendirilmiştir. Yapılan analizler sonucu normal mukoza ile kıyasla tümör hücrelerinde COL1A1 geni için 200 tümör, 130 tümör ve 70 tümör vs 70 kontrol karşılaştırmalarında 2.1, 2.2 ve 3.8 kat artış (p>0.0001); COL5A1 geni için 1.8, 2.2 ve 1.8 kat artış (p>0.0001); FN1 geni için 9.0 kat (p=0.0015), 13.1 kat (p=0.0010) ve 1.6 kat artış (p>0.0257); THBS2 geni için 4.8 kat (p=0.0001), 6.6 kat (p
Özet (Çeviri)
Colorectal cancer (CRC) is the third most common and the second deadliest cancer in the world as well as in Turkey. In recent years, the use of biological markers for the diagnosis and prognosis of cancer has become widespread in the clinic. In this context, as a result of our preliminary studies, it was revealed that high expression of the genes COL1A1, COL5A1, FN1 and THBS2, which are involved in the ECM interaction pathway, could be useful for the diagnosis and prognosis of CRC. Within the scope of the thesis study, RNA from 200 CRC tumors and 70 control FFPE tissues was isolated and the expression data of these four genes were examined together with previous studies. On the other hand, in addition to the mRNA data of 200 CRC tumor samples, these genes were evaluated immunohistochemically at the protein level and associated with the patient survival data. As a result, in groups: 200 tumor vs 70 control, 130 tumor vs 70 control, and 70 tumor vs paired 70 control COL1A1 was increased 2.1, 2.2 and 3.8 fold (p>0.0001); COL5A1 was increased 1.8, 2.2 and 1.8 fold (p>0.0001); FN1 was increased 9.0-fold (p=0.0015), 13.1-fold (p=0.0010) and 1.6-fold (p>0.0257); THBS2 was increased 4.8-fold (p=0.0001), 6.6-fold (p
Benzer Tezler
- Evaluation of microRNAs (MIR-92A, MIR-126, MIR-195, MIR-214, MIR-224 and MIR-1247), as predictive markers of colorectal cancer (CRC) and/or prognostic factor in Turkish population
Türk popülasyonunda mikroRNA'larin (MİR-92a, MİR-126, MİR-195, MİR-214, MİR-224 ve MİR-1247), kolorektal kanser (CRC) tanı ve / veya prognostik faktör olarak değerlendirilmesi
AMAL FATHALLA MOFTAH SRGEWA
Doktora
İngilizce
2020
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SADRETTİN PENÇE
- Identification of theranostic gene markers in cancers and prognostic validation in colorectal cancer
Kanserde prognoz ve kemoterapi faydası tahmini yapabilen gen belirteçlerinin belirlenmesi ve kolorektal kanserde prognoz belirteçlerinin doğrulama çalışması
MURAT İŞBİLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Analysis of differential interactome in colorectal adenocarcinoma to identify candidate biomarkers and therapeutics
Aday biyobelirteçleri ve potansiyel terapötikleri belirlemek için kolorektal adenokarsinomda diferansiyel interaktom analizi
HANDE BEKLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TURANLI
- Drug repurposing in colorectal cancer by using transcriptomic data
Transkriptomik veri kullanılarak kolorektal kanserde ilaç yeniden konumlandırma çalışmaları
ÜLKÜ ÜNAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikAdana Alparslan Türkeş Bilim Ve Teknoloji ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÖV
- Kolorektal kanserlerde sirküle lncRNA'ların prognoza etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of circulated lncRNAs on prognosis in colorectal cancers
SERAP ARSLAN
Doktora
Türkçe
2021
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OĞUZ ÇİLİNGİR
PROF. DR. MURAT DİNCER