Aksolotl kol rejenerasyonu sürecinde epitranskriptom değişiminin MRNA modifikasyonları seviyesinde araştırılması
Investigation of epitranscriptom exchange at the level of MRNA modifications in the process of aksolotl li̇mb regeneration
- Tez No: 693327
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NEŞE AYŞİT, DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medipol Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 124
Özet
Amfibi sınıfına ait bir semender olan Aksolotl, tetrapodlar arasında doku, organ ve tüm vücut parçalarını rejenere etme kabiliyeti konusunda“şampiyon”olarak nitelendirilen bir hayvandır. Beyin ve omurilik de dahil olmak üzere birçok organ ve uzuvlarını rejenere edebilme kapasitesi, düşük kanser insidansı, izsiz yara iyileşmesi gibi özelliklere de sahiptir. Ancak canlının sahip olduğu bu sürecin altındaki mekanizmalar hakkında hala pek çok soru işareti bulunmaktadır. Sekanslama teknolojisindeki gelişmeler ile epitranskriptom kavramına daha derin araştırmalar yapılmaya başlanmıştır. Epitranskriptom; RNA üzerinde meydana gelen modifikasyonları ve bunların gen ekspresyonu gibi biyolojik proseslerdeki rolünün incelendiği alandır. Yapılan araştırmalarda pek çok biyolojik sürecin epitranskriptom mekanizmasından etkilendiği göz önüne alındığında, son derece kompleks bir süreç olan sahip rejenerasyonun da etkilenebileceği düşünülmektedir. Bu tez kapsamında; klasik RNA dizilime ile Aksolotl rejenerasyonunun 0., 7. ve 14. günlerindeki transkriptom analizi çıkarılmış ve bununla birlikte; 0., 1., 7. ve 14 günlerindeki mRNA'da üzerinde m5C modifikasyon profiline bakılmıştır. İstatistiksel olarak anlamlı şekilde modifiye olan transkriptlerden ve zaman noktalaları arasında diferansiyel olarak yukarı ve aşağı ekpsrese edilen transkriptlerin Kyoto Genler ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) zenginleştirme analizleri gerçekleştirildi.
Özet (Çeviri)
The Aksolotl, a salamander belonging to the amphibian class, is an animal considered a“champion”among tetrapods for its ability to regenerate tissues, organs, and all body parts. It also has features such as the capacity to regenerate many organs and limbs, including the brain and spinal cord, low cancer incidence, and scarless wound healing. However, there are still many question marks about the mechanisms underlying this process of living things. With the developments in sequencing technology, deeper researches on the concept of epitranscriptome have begun. epitranscriptome; It is the field that examines the modifications that occur on RNA and their role in biological processes such as gene expression. Considering that many biological processes are affected by the epitranscriptome mechanism, it is thought that regeneration, which is an extremely complex process, may also be affected. Within the scope of this thesis; By classical RNA sequencing, transcriptome analysis at 0., 7. and 14 days of Aksolotl regeneration was extracted. The m5C modification profile on the mRNA at day 0., 1. 7., and day 14 was examined. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome (KEGG) and Gene Ontology (GO) enrichment analyzes of statistically significantly modified transcripts and transcripts differentially up- and down-expressed across time points were performed.
Benzer Tezler
- Aksolot kol rejenerasyonu sürecinde mikrobiyota etkisinin mikrobiyom ve transkriptom dinamiği açısından araştırılması
Investigation of the effect of microbiota in terms of microbiome and transcriptome dynamics in the process of axolotl arm regeneration
SULTAN GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Mikrobiyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NEŞE AYŞİT
DOÇ. DR. TURAN DEMİRCAN
- Aksolotl kol rejenerasyonu alanında mikrobiyota ve transkriptom verisinin madenciliği vasıtasıyla yeni aday biyobelirteçlerin keşfi
Discovery of novel candidate biomarkers in the field of axolotl limb regeneration through mining of axolotl microbiota and transcriptome data
MUHAMMED MUSTAFA ÖGDÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiSağlık Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Aksolot kol rejenerasyonunda fungus ve bakteri profillerinin boylamsal değişimlerinin incelenmesi
Investigation of longitary changes of fungus and bacteria profiles in axolotl arm regeneration
KEVSER HANNE ALTIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN YILDIRIM
- Hippo yolağının aksolotl kol yenilenmesindeki rolü
The role of hippo pathway in axolotl arm regeneration
SADIK BAY
Doktora
Türkçe
2021
Biyokimyaİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESLİN EMEKLİ
- Aksolotl (Ambystoma mexicanum) ekstresinin ovaryum kanser hücreleri üzerindeki terapötik etkinliğinin araştırılması
Investigation of the therapeutic effectiveness of axolotl (Ambystoma mexicanum) extract on ovarian cancer cells
BURAK ÇAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Histoloji ve EmbriyolojiEge ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YİĞİT UYANIKGİL