Characterization of the fine-scale genetic structure of the Turkish population
Türk toplumunun ince ölçekli genetik yapısının karakterizasyonu
- Tez No: 709202
- Danışmanlar: PROF. DR. HASAN TAYFUN ÖZÇELİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 290
Özet
Toplum bazlı genetik kaynaklarının oluşturulması, insan biyolojisi ve hastalığının araştırılmasında çok önemli bir rol oynar. Bu çalışmada, Türkiye'den akraba olmayan 3.362 bireyin tam ekzom (TED, n = 2.589) ve tam genom (TGD, n = 773) dizileri kullanılarak Türk (TR) popülasyonunun ince ölçekli genetik yapısı karakterize edildi. Anadolu'nun tarihi ile uyumlu olarak, TR alt bölgelerinde Balkan, Kafkaslar, Orta Doğu ve Avrupa'dan önemli seviyelerde genetik karışım tespit edildi. Toplum yapısı analizlerinin sonuçları, TR ve Avrupa toplumlarının önceden tahmin edilenden daha yakın bir genetik ilişkiye sahip olduğunu gösterdi. Akraba çiftleşme katsayısı hesaplamalar ve homozigotluk serilerinin analizi, yüksek akraba evliliği oranının TR genomu üzerindeki benzersiz etkilerini yansıttı. Bu çalışmada üretilen veriler kullanılarak 40 milyondan fazla varyantı içeren bir TR Variome oluşturuldu. Türev alel frekans (TAF) hesaplamaları, çok nadir frekans aralığındaki (TAF
Özet (Çeviri)
The construction of population-based genetic resources plays a pivotal role in the study of human biology and disease. In this study, the fine-scale genetic structure of the Turkish (TR) population was characterized using the whole-exome (WES, n = 2,589) and whole-genome (WGS, n = 773) sequences of 3,362 unrelated individuals from Turkey. Significant levels of admixture from Balkan, Caucasus, Middle East, and Europe were detected in the TR subregions, consistent with the history of Anatolia. Results of the population structure analyses showed that the TR and European populations have a closer genetic relationship than previously appreciated. Inbreeding coefficient calculations and runs of homozygosity analysis reflected the unique effects of the high rate of consanguineous marriage on the TR genome. A TR Variome comprising over 40 million variants was constructed using the data generated in this study. Derived allele frequency (DAF) calculations revealed that 28% of TR-WES and 49% of TR-WGS variants in the very rare frequency bins (DAF < 0.005) were not listed in the Genome Aggregation Database. The lists of clinically-relevant variants and human gene knockouts in the TR Variome were also listed in this study, presenting the potential of the TR Variome being an invaluable resource for future disease gene identification studies. Additionally, a reference panel for genotype imputation was generated using TR-WGS data. Since this panel significantly increased imputation accuracy in both TR and neighboring populations, it will probably facilitate genome-wide association studies in these populations. In the second part of the study, the sequencing data of a total of 3,599 unrelated TR individuals were assessed for previously reported pathogenic (RP) variants and predicted pathogenic (PP) variants in Online Inheritance in Men (OMIM) genes associated with a phenotype. Analyses revealed that no less than 70% of TR people have at least 1 RP variant, and all individuals possess at least one RP and/or PP variant in their genome. Moreover, 25% of individuals carried at least one RP variant in the newborn screening genes. Each individual in the study also had at least a 1 in 17 chance of carrying an RP variant in one of the 73 American College of Medical Genetics recommended actionable genes. MEFV, ABCA4, CYP21A2, PAH, and CFTR displayed the highest cumulative carrier frequencies (CF), consistent with the high prevalence of the phenotypes they are responsible for. By estimating the CF and genetic prevalence in 3,251 OMIM genes using RP and PP variants, this study presents the most comprehensive data so far demonstrating the landscape of genetic disease in the TR population.
Benzer Tezler
- Sapanca Gölü'nde Kuzey Anadolu Fayı nedeniyle gelişen pockmarkların yarı-otomatik sistemle tespit edilmesi ve morfolojik analizleri
Detection and morphological analysis of pockmarks developed due to North Anatolia Fault in Sapanca Lake with semi-automatic system
ENES SÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeofizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiJeofizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA KURT
- Isıl özellikleri geliştirilmiş fonksiyonel rejenere selüloz liflerinin üretimi ve karakterizasyonu
Production and characterization of functional regenerated cellulose fibers having enhanced thermal properties
HİCRAN DURAN
Doktora
Türkçe
2023
Mühendislik BilimleriDokuz Eylül ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜMİT HALİS ERDOĞAN
- High Dynamic Range CMOS-MEMS capacitive accelerometer array with drift compensation
Başlık çevirisi yok
METIN GOKHAN GUNEY
Doktora
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolCarnegie Mellon UniversityPROF. GARY K. FEDDER
- %3,5 karbon nanotüp içeren borkarbür yapısına değişen oranlarda grafen nanoplaka ilavesi ile oluşan kompozitlerin SPS yöntemi ile üretimi ve karakterizasyonu
Production and characterization of boron carbide - 3,5% carbon nanotube composites with additional variant amounts of graphene nanoplatelet prepared by SPS
ERDEM BALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLTEKİN GÖLLER