Tetrahymena thermophila'da rekombinant ilaç üretim verimliliğini düşürebilecek bir proteaz geninin gen silme yöntemiyle genomdan silinmesi ve karakterizasyonu
Elimination and characterization of a Tetrahymena thermophila protease gene that can reduce recombinant drug production efficiency by gene knock-out method
- Tez No: 713415
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Bu tez çalışması ile T. thermophila'nın doğal olarak salgıladığı proteazların dış ortama salgılanan protein yapılı rekombinant biyofarmosötikleri parçaladığı ve üretim verimliliğini düşürdüğü hipotezi test edilmiştir. Literatür araştırması ve biyoinformatik yaklaşımlarla belirlenen sekretom proteaz genlerinden yüksek ekspresyona sahip CTH34 geni somatik homolog rekombinasyon, CYP6, CTH40, CTH90 ve CTH115 genleri ise co-Delesyon yöntemleriyle makroçekirdek genomundan silinmiş, doğal hücre ırkı ile mutant hücre sekretomlarının proteolitik aktivitesi kazein ve rituksimab substratlarına karşı in vitro olarak ölçülmüş ve SDS-PAGE ile substrat degredasyonu tanımlanmıştır. CTH34'ün KO edildiği ırkta sekretomal proteolitik aktivite %34,3 oranında düşerken büyüme eğrisinin logaritmik ve durağan faz hücre sayısında ~%50 oranında azalma bulunmuştur. CYP6-KO ırkında ise rituksimab substratının parçalanmasında belirgin bir düşüş SDS-PAGE'de gözlemlenirken büyüme eğrisinin durağan faz hücre sayısında ~%25 civarında azalma görülmüştür. T. thermophila'nın verimli bir şekilde rekombinant protein ilaç üretimine CTH34 ve CYP6 genleri gibi proteaz genlerinin genomdan silinmesiyle uygun hale getirilebileceği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the hypothesis that naturally secreted proteases of T. thermophila degrede protein-structured recombinant biopharmaceuticals secreted externally, and that reduce production efficiency has been tested. Five of highly expressed secretome protease genes were determined via literature research and bioinformatics approaches, and CTH34 gene was deleted by somatic homologous recombination while CYP6, CTH40, CTH90 and CTH115 were deleted by co-deletion, followed by mutant strain confirmation using PCR after antibiotic selection. The proteolytic activity of wild type and mutant culture secretomes was measured in vitro assays against casein and rituximab substrates, and substrate degradation was confirmed by SDS-PAGE. While secretomal proteolytic activity decreased by 34.3% in the CTH34-KO strain, cell number of the flask population in the logarithmic and stationary phase of the growth curve also decreased by ~50%. Besides, it is observed that degradation of the rituximab substrate was significantly reduced by CYP6-KO strain secretome compared to wild type whereas the cell number in the stationary phase of the growth curve also diminished by ~25%. According to forementioned findings, it was concluded that T. thermophila can be efficiently tailored for recombinant protein drug production by deletion of protease genes such as CTH34 and CYP6 from the genome.
Benzer Tezler
- Tetrahymena thermophila'da afinitik takılı insan büyüme hormonu'nun tetrahymena yapay koromozom vektör altyapısı ile rekombinant üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
Recombinant production, purification and characterization of affinity-tagged human growth hormone with tetrahymena artificial chromosome vector system in tetrahymena thermophila
MEHMET ÇALISEKİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyolojiEskişehir Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Tetrahymena thermophila'ya kodon uyumu yapılmış superfolder GFP (sfGFP)'nin T. thermophila'da rekombinant protein üretimi ve flüoresan özelliğinin karakterizasyonu
Recombinant protein production of codon adapted superfolder GFP (sfGFP) in Tetrahymena thermophila and its fluorescence characterization
GÜRKAN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiAnadolu Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- İnsan gen terapötiklerinden interferon beta (hIFNβ)'nın Tetrahymena thermophila'da rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
Recombinant production and characterisation of human interferon beta (hIFNβ) therapeutic protein in Tetrahymena thermophila
MURAT KAYA
- Tetrahymena thermophila insülin benzeri proteinlerininimmüno-afinitik tabanlı belirlenmesi, rekombinant üretimive hormonal karakterizasyonu
Immuno-affinity based determination, recombinantproduction and hormonal characterization of tetrahymenathermophila insulin-like protein(s)
AYÇA FULYA ÜSTÜNTANIR DEDE
Doktora
Türkçe
2021
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU
- Omurgasızlarda yeni bulunan ATP bağımlı DNA Ligaz II ((LİGII) alt-ailesinin ilk üyesi tetrahymena thermophila TtLigII-1 enziminin hücresel görevinin tanımlanması
Identification of the cellular role of the Tetrahymena thermophila TtLigII-1 enzyme that the first member of the newly defined ATP-dependent DNA Ligase II ((LİGII) subfamily in invertebrates
NURÇİN KÜÇÜKOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHİTTİN ARSLANYOLU