A systems biology approach for the identification of gene expression signatures for cancer diagnosis, prognosis, and response to radiotherapy
Sistem biyolojisi yaklaşımlarıyla kanserin tanısı, prognozu ve radyoterapiye yanıt için gen ekspresyon imzalarının tanımlanması
- Tez No: 744590
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU, DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Biyoloji, Genetik, Biostatistics, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 174
Özet
Kanser dünya çapında önde gelen ölüm nedenlerinden biridir. Antikanser tedavi yöntemlerinin mevcudiyetine rağmen, hem kanser insidansı ve prevalansı hem de mortalitesi halen yüksektir. Kanserin doğru teşhisi ve prognozu yanısıra hastaların antikanser tedavilerine yanıtlarının değerlendirilmesi klinik karar vermede kritik öneme sahiptir. Bu nedenle, kanserin erken teşhisi ve neticesi için güçlü moleküler belirteçlerin tanımlanmasına yönelik artan bir ihtiyaç bulunmaktadır. Bugüne kadar gösterilen örnek çabalara rağmen, insan kanserlerinde potansiyel tanısal, prognostik ve kanser tedavisine karşı dirençlilik sağlayan moleküler biyobelirteçleri belirlemek için kapsamlı çalışmalar halen yetersiz kalmaktadır. Önerilen çalışmalarımızın kapsamı, kamuya açık farklı kanser türlerine ait bibliyografik ve yüksek verimli verilerden faydalanılarak tanısal, prognostik ve radyo-direnç gen imzalarını belirlemektir. Bu amaçla, çeşitli kanser türlerinde sistematik incelemeler ve meta-analizler, gen ekspresyon profili oluşturma ve transkriptom çapında ilişkilendirme analizleri gibi bütünleştirici insiliko yaklaşımları uygulandı. Bu bulgular, kanserin doğru ve zamanında teşhisi, kanser hastalarının izlenmesi ve uygun antineoplastik tedavinin uygulanması için klinik ortamda potansiyel argümanlar olarak değerlendirilebilir.
Özet (Çeviri)
Cancer represents one of the leading causes of death worldwide. Despite the availability of anticancer therapeutic regimens, the incidence, prevalence, and mortality of cancer are increasing exponentially. The accurate diagnosis and prognosis of cancer, as well as assessment of patients' response to anticancer treatments, are of critical importance in clinical decision-making. Therefore, there is an emerging need for the identification of powerful molecular markers for the early detection and outcomes of cancer. Despite the exemplary efforts made to date, a comprehensive effort to determine potential diagnostic, prognostic, and radioresistance molecular signatures across human cancers is still lacking. The scope of our proposed studies was to identify diagnostic, prognostic, and radioresistance gene signatures for different types of human cancers, based on publicly available bibliographic and high-throughput data. To this end, systematic reviews and meta-analyses, gene expression profiling, and transcriptome-wide association analyses were performed in diverse cancers through integrative in silico approaches. The findings of those studies could be potentially taken into consideration in the clinical setting for the accurate and timely diagnosis of cancer, monitoring cancer patients, and the administration of appropriate antineoplastic therapy.
Benzer Tezler
- Systems biomedicine and pharmacology approaches for drug repositioning to uncover candidate anti-cancer drugs
Aday kanser karşıtı ilaçların bulunması için sistem biyotıp ve farmakolojisi yaklaşımı ile ilaç repozisyonu
BESTE TURANLI
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Ağırlandırılmış gen ko-ekspresyon ağ analizininden (WGCNA) elde edilen biyobelirteçlerin kullanılmasıyla malign melanomda ilaç seçimi
Drug selection for malignant melanoma using biomarkers generated by weighted gene co-expression network analysis (WGCNA)
SEMİH ALPSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR
DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Establishment of cell lines with inducible expression of shRNA for an estrogen responsive gene
Östrojen duyarlı bir genin indüklenebilir shRNA ifadesi olan hücre hatlarının oluşturulması
BURCU KARAKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Efficient optimization algorithms for computational biology
Hesaplamalı biyolojide etkin eniyileme algoritmaları
OĞUZ CAN BİNATLI
Doktora
İngilizce
2024
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği ve Operasyon Yönetimi
PROF. DR. MEHMET GÖNEN