Analysis of PI(3,5)P2 throughout mitosis
PI(3,5)P2'nun mitoz boyunca analizi
- Tez No: 759978
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KOCA ÇAYDAŞI, YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Fosfatidilinositol 3,5-bifosfat (PI(3,5)P2), membran füzyonu/fisyonu, Ca+2 sinyali, koful asitliği, seçici ve genel otofaji, stres tepkisi, MVB yolu, RNA granül taşınması gibi çeşitli sinyalleme ve düzenleyici yolaklarda yer alan az miktarda bulunan bir fosfatidilinositol türevidir. Tomurcuklanan mayada gerçekleştirmiş önceki genetik araştırmalar VAC7, VAC14 ve FAB1 gibi PI(3,5)P2 regülatörlerini mitozdan çıkışta görevli genlerin iyi çalışmadığı durumda hücre bölünmesi için gerekli genler arasında bulundu. Bu tezde mitoz ve PI(3,5)P2 arasındaki etkileşimi araştırmayı amaçladık. Önce PI(3,5)P2 sentezinin hücre döngüsü tarafından düzenlenip düzenlenmediği soğulandı. Bu amaçla, florasan hücre mikroskobu kullanılarak hücre döngüsü boyunca bilinen bir PI(3,5)P2 efektörü olan Atg18'in lokalizasyonu ve seviyeleri analiz edildi. Atg18-GFP'nin, PI(3,5)P2 ve Vac7'ye bağlı olarak koful zarına lokalize olduğu görüldü. Atg18-GFP'nin ağırlıklı olarak mitoz sırasında ana hücrenin kofulundan ziyade yeni oluşan hücre kofulunun çevresinde lokalize olduğunu görüldü. Daha sonra, mitoz sırasında PI(3,5)P2 'nin hangi proteinlerle etkileşime girdiği araştırıldı. Bunun için mitotik hücre pelletleri ve PI(3,5)P2 kaplı boncuklar kullanarak presipitasyon yaklaşımı kullandık. Mitotik çıkışı tetikleyen fosfataz Cdc14'ü bağlayan bir nükleolar protein olan Net1, PI(3,5)P2 kaplı boncuklar üzerinde tespit edildi. Ek olarak, presipitasyon deneyinin sonucunda ribozomal ve rRNA ile ilgili proteinler de elde edilmiştir. Birlikte ele alındığında, Atg18'in yavru hücreye özgü lokalizasyonu ve dolayısıyla PI(3,5)P2 tomurcuklanan mayanın asimetrik hücre bölünmesinde yavruya özgü bir rolü olduğunu gösterebilir. Ek olarak, potansiyel PI(3,5)P2 efektörleri mitotik çıkış, rRNA granül taşınması ve translasyonda PI(3,5)P2 'nun görevleri olabilir. İlerleyen çalışmalar asimetrik PI(3,5)P2 sentezinin fonksiyonel önemini ve ayrıca tanımlanan yeni PI(3,5)P2 efektörlerinin özgüllüğünü ve önemini ortaya çıkaracaktır.
Özet (Çeviri)
Phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PI(3,5)P2) is a low abundant phosphatidylinositol derivative involved in several signaling and regulatory pathways such as membrane fusion/fission, Ca+2 signaling, vacuolar acidification, selective and bulk autophagy, stress response, Multi vesicular body (MVB) pathway and RNA granule transportation . Previous genetic screens in budding yeast identified upstream regulators of PI(3,5)P2 which are VAC7, VAC14 and FAB1 among genes necessary for growth of mitotic exit defective cells, which suggest a novel role for PI(3,5)P2 in mitosis, specifically during mitotic exit. In this thesis we aimed investigating the interplay between mitosis and PI(3,5)P2 .We first asked whether PI(3,5)P2 synthesis is regulated by the cell cycle. To this end, we analyzed localization and levels of Atg18, a known PI(3,5)P2 effector, throughout the cell cycle by using fluorescence live cell microscopy. Atg18-GFP localized to the vacuole membrane dependent on PI(3,5)P2 and Vac7. We showed that Atg18-GFP predominantly localized at the periphery of the daughter vacuole rather than mother vacuole during mitosis. We next asked which proteins PI(3,5)P2 interacts with during mitosis. We employed a pull-down approach using mitotic cell extracts and PI(3,5)P2 coated beads. Net1, a nucleolar protein that binds the mitotic exit triggering phosphatase Cdc14, was pulled down with PI(3,5)P2. In addition, several ribosomal and rRNA related proteins such as; RPS11B, RPL24A, RPL5, NSR1, RVB2 came out as hits of our assay. Taken together, daughter specific localization of Atg18 and thus PI(3,5)P2 may indicate a daughter-specific role in the asymmetric cell division of budding yeast. In addition, potential PI(3,5)P2 interactors may be the link to the functions of PI(3,5)P2 in mitotic exit, rRNA granule transportation and translation. Further studies such as using Western Blotting approaches, lipid strips, colocalization assays and growth assays will reveal the functional significance of the asymmetric PI(3,5)P2 synthesis as well as the specificity and significance of identified novel PI(3,5)P2 interactors.
Benzer Tezler
- Uzamsal çelik uzay yapıların serbest titreşimlerinin ve impulsif yükler altında dinamik davranışlarının incelenmesi
Free vibrations and dynamic response of spotial space structures subjected toimpulsive excitations
ZEKİ AY
- Hibrit bağlaşmalı şebekeler için performans modelleri
Başlık çevirisi yok
HAKKI ASIM TERCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. GÜNSEL DURUSOY
- Kısmi aralıklarla tamamlanmış kuyuların performansı
Selectively-completed well performance
YILDIRAY ÇINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiY.DOÇ.DR. TURHAN YILDIZ
- Tek eksenli gerilme altında betonun sünmesi ve hasarı
Başlık çevirisi yok
BÜLENT TANIRCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1996
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAİM AKYÜZ