Türkiye'deki farklı hipersalin ortamlardaki virüs popülasyonlarının omik teknolojileri ile karakterizasyonu
Characterization of virus populations of different hypersaline environments in Turkey via omic technologies
- Tez No: 771496
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Hipersalin sular, Kristalleşme, Metagenomik, Virüsler, Hypersaline waters, Crystallization, Metagenomics, Viruses
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Ayvalık ve Çamaltı Tuzlasının doygunluğa yakın tuzluluklardaki kristalize havuzlarının viral popülasyonları kültür bağımsız ve kültür bağımlı yöntemler ile değerlendirilmiştir. Ayrıca mikrobiyal popülasyonlar fluoresan in-situ hibridizasyon (FISH) ve shotgun metagenomi ile incelenmiş, Haloquadratum ve Salinibacter gruplarının baskın olduğu ve Dünya'nın farklı bölgelerindeki hipersalin ortamlarda kültüre edilmeyen gruplar ile benzerlik gösteren grupların varlığı saptanmıştır. Viral fraksiyonun elektron mikroskopi analizi sonucu örneklerin baş ve kuyruklu, küresel ve iğsi morfolojideki halovirüsleri içerdiği gözlenmiştir. Viral metagenomun biyoinformatik analizleri sonucunda viral popülasyonun büyük bir kısmının veri tabanlarında bulunmayan yeni viral grupları içerdiği belirlenmiştir. Tanımlanan gruplar arasında ise Halorubrum ve Haloarcula cinslerini enfekte eden virüsler başta olmak üzere, kültüre edilen ve edilmeyen çeşitli halovirüsler ile benzerliklere sahip uzun virüs kontigleri elde edilmiştir. Viral grupların replikasyon, rekombinasyon ve mikrobiyal savunma ilişkili proteinleri taşıdığı fonksiyonel profilinin incelenmesi ile belirlenmiştir. Mikrobiyal ve viral metagenomun karşılaştırmalı analizleri, başta Halorubrum ve Halorubrum enfekte eden virüsler arasında olmak üzere, mikrobiyal ve viral gruplar arasında ortama özel etkileşimler olduğuna işaret etmektedir. Kültür bağımlı çalışmalar sonucu Halorubrum enfekte eden Betapleolipovirus ve Haloferacalesvirus cinslerine ait olan iki virüs morfolojik ve genomik özellikleri bakımından karakterize edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, viral populations of salt saturated waters of Ayvalik and Camalti Saltern crystallizer ponds were evaluated via culture independent and culture dependent methods. Besides, microbial populations were revealed by fluorescence in-situ hybridization (FISH) and shotgun metagenomics, and the results showed that Haloquadratum and Salinibacter groups were dominated in samples, as well as the presence of groups similar to those that were uncultured in hypersaline environments around the world. Electron microscopy analysis of viral fraction revealed the presence of head and tailed, spherical and spindle shaped halovirus particles in samples. Bioinformatic analysis of viral metagenome showed novelty, according to the sequences that were not similar with known viruses in the databases. Among the identified groups, long virus contigs were obtained with similar to cultured and uncultured haloviruses, especially to those infecting Halorubrum and Haloarcula genera. Functional profile of viral metagenome showed that viral groups carry proteins related with replication, recombination and microbial defense. Comparative analysis of microbial and viral metagenomes was pointed out environment-specific interactions between groups, especially in between Halorubrum and Halorubrum infecting viruses. As a result of culture dependent studies, two viruses belonging to Betapleolipovirus and Haloferacalesvirus that infect Halorubrum were characterized in terms of morphological and genomic features.
Benzer Tezler
- Effect of extreme conditions on enzyme profiles:cytochrome P450 systems as a case study
Ekstrem koşulların enzim profilleri üzerindekietkisi: sitokrom P450 sistemleri
HANDE MUMCU
Doktora
İngilizce
2026
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Türkiye imalat sanayiinde çalışan esnaf ve sanatkarların sosyo ekonomik yapıdaki yeri ve başlıca sorunları ve Bursa'da tatbiki bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MEHMET TAŞTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
İşletmeUludağ ÜniversitesiÇalışma Ekonomisi ve Endüstri İlişkileri Ana Bilim Dalı
- Türkiye'de aile planlaması çalışmalarında erkeklerin önemi, hastane personeli ile fabrika işçilerinin doğum kontrol yöntemlerine karşı tutum ve davranranışlarında farklılığın araştırılması
Başlık çevirisi yok
KAMİL MALKOÇLU
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Demografiİstanbul ÜniversitesiAile Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERİN KÖSEBAY