Türkiye'deki farklı hipersalin ortamlardaki virüs popülasyonlarının omik teknolojileri ile karakterizasyonu
Characterization of virus populations of different hypersaline environments in Turkey via omic technologies
- Tez No: 771496
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 271
Özet
Bu çalışmada, Ayvalık ve Çamaltı Tuzlasının doygunluğa yakın tuzluluklardaki kristalize havuzlarının viral popülasyonları kültür bağımsız ve kültür bağımlı yöntemler ile değerlendirilmiştir. Ayrıca mikrobiyal popülasyonlar fluoresan in-situ hibridizasyon (FISH) ve shotgun metagenomi ile incelenmiş, Haloquadratum ve Salinibacter gruplarının baskın olduğu ve Dünya'nın farklı bölgelerindeki hipersalin ortamlarda kültüre edilmeyen gruplar ile benzerlik gösteren grupların varlığı saptanmıştır. Viral fraksiyonun elektron mikroskopi analizi sonucu örneklerin baş ve kuyruklu, küresel ve iğsi morfolojideki halovirüsleri içerdiği gözlenmiştir. Viral metagenomun biyoinformatik analizleri sonucunda viral popülasyonun büyük bir kısmının veri tabanlarında bulunmayan yeni viral grupları içerdiği belirlenmiştir. Tanımlanan gruplar arasında ise Halorubrum ve Haloarcula cinslerini enfekte eden virüsler başta olmak üzere, kültüre edilen ve edilmeyen çeşitli halovirüsler ile benzerliklere sahip uzun virüs kontigleri elde edilmiştir. Viral grupların replikasyon, rekombinasyon ve mikrobiyal savunma ilişkili proteinleri taşıdığı fonksiyonel profilinin incelenmesi ile belirlenmiştir. Mikrobiyal ve viral metagenomun karşılaştırmalı analizleri, başta Halorubrum ve Halorubrum enfekte eden virüsler arasında olmak üzere, mikrobiyal ve viral gruplar arasında ortama özel etkileşimler olduğuna işaret etmektedir. Kültür bağımlı çalışmalar sonucu Halorubrum enfekte eden Betapleolipovirus ve Haloferacalesvirus cinslerine ait olan iki virüs morfolojik ve genomik özellikleri bakımından karakterize edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, viral populations of salt saturated waters of Ayvalik and Camalti Saltern crystallizer ponds were evaluated via culture independent and culture dependent methods. Besides, microbial populations were revealed by fluorescence in-situ hybridization (FISH) and shotgun metagenomics, and the results showed that Haloquadratum and Salinibacter groups were dominated in samples, as well as the presence of groups similar to those that were uncultured in hypersaline environments around the world. Electron microscopy analysis of viral fraction revealed the presence of head and tailed, spherical and spindle shaped halovirus particles in samples. Bioinformatic analysis of viral metagenome showed novelty, according to the sequences that were not similar with known viruses in the databases. Among the identified groups, long virus contigs were obtained with similar to cultured and uncultured haloviruses, especially to those infecting Halorubrum and Haloarcula genera. Functional profile of viral metagenome showed that viral groups carry proteins related with replication, recombination and microbial defense. Comparative analysis of microbial and viral metagenomes was pointed out environment-specific interactions between groups, especially in between Halorubrum and Halorubrum infecting viruses. As a result of culture dependent studies, two viruses belonging to Betapleolipovirus and Haloferacalesvirus that infect Halorubrum were characterized in terms of morphological and genomic features.
Benzer Tezler
- Investigation of microbial diversity of Lake Acigol, a hypersaline lake in Southern Turkey, and their influence on biomineralization in the lake
Acıgöl'deki mikrobiyal çeşitliliğin ve bu türlerin biyomineralizasyon üzerindeki etkilerinin belirlenmesi
MERYEM MENEKŞE
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. NURGÜL ÇELİK BALCI
- Türkiye'deki farklı lokasyonlardan temin edilen turunçgil çekirdeklerinin yağ kalitesi ve yemeklik yağ olarak kullanılabilirliğinin araştırılması
Determination of oil quality and usage as edible oil of citrus seeds obtained from different locations in Turkey
ÖZLEM İNAN
Doktora
Türkçe
2011
Gıda MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MUSA ÖZCAN
- Türkiye'deki farklı siyasi grupların Twitter sosyal paylaşım ağı üzerinden analizi; karşıtımla varım
Analysis of different political groups in Turkey on Twitter social network; I exist with my opposition
HÜSEYİN TUĞRUL OKTAY
Doktora
Türkçe
2021
Siyasal BilimlerAnkara Hacı Bayram Veli ÜniversitesiSosyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERDAR SAĞLAM
- Feasibility analysis of biohydrogen generation from different food wastes in Turkey: A global to local analysis
Türkiye'deki farklı gıda atıklarından biohidrojen üretimi fizibilite analizi: Küreselden yerele analizler
ASLI TEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kimya MühendisliğiGebze Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MELİKOĞLU
- Religion and nationalism among different groups of religious Kurds in Türkiye
Türkiye'deki farklı dindar Kürt grupları arasında din ve milliyetçilik
MURAT KAÇER
Doktora
İngilizce
2024
Siyasal BilimlerAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiSiyaset Bilimi ve Kamu Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEYİT ALİ AVCU