In silico determination of the affinity of some lactones against mitochondrial ClpP
Bazı laktonların mitokondriyal ClpP'ye karşı afinitesinin siliko belirlenmesi
- Tez No: 780900
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ŞEVKİ ADEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 69
Özet
ClpP, mitokondriyal matriste bulunan bir serin proteazdır ve yalnızca mitokondride bulunması bakımından benzersizdir. Bu proteaz, yanlış katlanmış veya hasar görmüş proteinleri sindirerek mitokondriyal protein kalite kontrolüne ve normal metabolik aktivitenin korunmasına katkıda bulunur. ClpXP, ATP'ye bağımlı bir açılmaz olan ClpX ve bir peptidaz olarak hem stabil hem de aktif olan bir heptamer halkası olan ClpP'den oluşan multimerik bir komplekstir. ClpXP, hem kan kanserlerinde hem de katı tümörlerde aşırı eksprese edilir ve bir kanser alt kümesinin hayatta kalması için gerekli gibi görünmektedir. Ayrıca, ClpXP ile tedavi edilen bloke edici veya aşırı aktifleştirici kanser hücreleri, azalmış solunum zinciri aktivitesi sergiler ve sonunda ölür. Sonuç olarak, mitokondriyal ClpXP hedeflemesi, kanser tedavisi için umut verici yeni bir yaklaşımı temsil edebilir. Sunulan çalışmada, bazı lakton bileşiklerinin ClpP proteininine karşı afinitesini moleküler modelleme yöntemiyle belirlemeye çalıştık. Proteinin kristal yapısı protein databaseden 6BBA kodu ile indirildi. moleküllerin 3D yapıları PubMed web sayfasından alındı. Molegro Virtual Docker programı kullanılarak elde edilen sonuçlara göre, Trichurusin K ve Trichurusin J -162.107 ve -147.058 MolDock Scorelaı ile proteine karşı en yüksek afiniteye sahiptir. Moleküllerin enzimin aktif bölgesi ile detaylı etkileşim haritaları Discovery Studio 2021 Client programı kullanılarak gösterildi.
Özet (Çeviri)
ClpP is a serine protease found in the mitochondrial matrix, and it is unique in that it is found only in mitochondria. By digesting misfolded or damaged proteins, this protease contributes to mitochondrial protein quality control and the maintenance of normal metabolic activity. ClpXP is a multimeric complex composed of ClpX, an ATP-dependent unfoldase, and ClpP, a ring of heptamers that is both stable and active as a peptidase. ClpXP is overexpressed in both blood cancers and solid tumours, and it seems to be essential for the survival of a subset of cancers. In moreover, blocking or overactivating cancer cells treated with ClpXP exhibit diminished respiratory chain activity and eventually die. As a result, mitochondrial ClpXP targeting may represent a promising new approach to cancer therapy. In the presented study, we tried to determine the affinity of some lactone compounds for ClpP protein by molecular modeling method. The crystal structure of the protein was downloaded from the protein database with the code 6BBA. 3D structures of the molecules were obtained from the PubMed web page. According to the results obtained using the Molegro Virtual Docker program, Trichurusin K and Trichurusin J have the highest affinity for protein with -162.107 and -147.058 MolDock Scores. Detailed interaction maps of the molecules with the active site of the enzyme were displayed using the Discovery Studio 2021 Client program.
Benzer Tezler
- In Silico and experimental determination of IL1β-receptor inhibitor peptides
Bilgisayar ortamında ve deneysel olarak IL1-β reseptör inhibitörü peptitlerin belirlenmesi
FULYA AKŞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEM ALBAYRAK
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Polisiklik aromatik hidrokarbonlardan krizen ve benzo-a-pirenin, köpek ve insan plasental östrojen reseptörü ifadesi etkilerinin araştırılması ve estradiol ölçümü için biyosensör geliştirilmesi
Investigation of the effects of polycyclic aromatic hydrocarbons chrysene and benzo-A-pyrene on dog and human placental estrogen receptor expression and development of biosensors for estradiol measurement
YAĞMUR TURGUT
Doktora
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEGÜM YURDAKÖK DİKMEN
- Toxoplasma gondii FabG (3-Oxoacyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase) enziminin ilaç geliştirmeye yönelik olarak rekombinant üretimi, biyokimyasal, biyofiziksel ve In Silico analizi
Recombinant production, biochemical, biophysical and in silico analysis of the toxoplasma gondii FabG (3-Oxoacyl-[Acyl-Carrier-Protein] Reductase) enzyme for drug development studies
CAN AYGÜN
- Büyük kesitli dökme çelik malzemelerin mekanik özelliklerinin bileşim ve işlem süreçleri ile ilişkisi
The relationship between the mechanical properties of heavy section cast steel materials and their composition and processes
ERSEL AYDIN
Doktora
Türkçe
2019
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KELAMİ ŞEŞEN
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVAT FAHİR ARISOY
- LiP-CVD growth of multi-shape monolayer WS2: Determination and investigation of defect domains
Çok şekilli tek katmanlı WS2' ün LiP-CVD ile büyütülmesi: Kusur alanlarının belirlenmesi ve incelenmesi
HASRET AĞIRCAN
Doktora
İngilizce
2024
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLDEM KARTAL ŞİRELİ