Geri Dön

IQD gen ailesinin fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) biyoinformatik olarak detaylı karakterizasyonu ve abiyotik stresle ilişkisinin mRNA düzeyinde araştırılması

Bioinformatics characterization of IQD gene family in common bean plant (Phaseolus vulgaris L.) in detail and investigation of its relationship with abiotic stress at the mRNA level

PDF İndir

  1. Tez No: 834073
  2. Yazar: TARIK KIRLIOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. İLKER BÜYÜK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2023
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Kalmodulin-bağlayıcı proteinlerin bir sınıfı olan IQD proteinleri (1Q-67 alanı), bitki büyüme ve gelişim süreçlerinin yanı sıra bitkinin çevresel uyaranlara tepkisinde yer alır. Günümüze kadar çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalar olmasına rağmen fasulyede IQD gen ailesinin fonksiyonları hakkında bilgi kısıtlıdır. Yapılan tez çalışmasında, fasulyede IQD gen ailesinin genom düzeyinde tanımlanması ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Toplam 36 PvIQD geni tanımlanarak PvIQD1 ila PvIQD36 olarak isimlendirilmiştir. Filogenetik analiz, PvIQD genlerinin dört gruba ayrıldığını ve aynı grupta yer alan genlerin ekzon-intron ve korunmuş motif içeriğinin benzer olduğunu ortaya çıkarmıştır. Sinteni analizi, PvIQD genlerinde segmental duplikasyonun rol oynadığını belirtirken Ka/Ks analizi güçlü arındırıcı seçilimin baskın olduğunu göstermiştir. PvIQD genlerinin promotör bölgeleri, yüksek oranda hormon ve stres ilgili cis-elementler içermiştir. Stres ile ilişkili miRNA'ların, PvIQD genlerini hedefleyerek gen ekspresyonu düzenlemesinde yer alabileceği tespit edilmiştir. PvIQD genleri, farklı dokularda farklı ifade profilleri sergilemiştir. RNA-seq verilerinden elde edilen 10 PvIQD geninin tuz stresi altında ekspresyon profilleri qPCR kullanılarak incelenmiştir. PvIQD genlerinin tuz stresine karşı güçlü bir tepki oluşturduğu görülmüştür. Sonuç olarak, PvIQD genlerinin çeşitli stres tepkilerini düzenleyebileceği düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

IQD proteins (domain 1Q-67), a class of calmodulin-binding proteins, are involved in plant growth and development processes, as well as in the plant's response to environmental stimuli. The IQD gene family has been studied in various plants to date, but little is known about its functions in common bean. In the thesis study, genome-wide identification and characterization of the IQD gene family in common bean was performed. A total of 36 PvIQD genes were identified and named as PvIQD1 to PvIQD36. Phylogenetic analysis revealed that PvIQD genes were divided into four groups and that the exon-intron and conserved motif contents of the genes in the same group were similar. Sinteni analysis indicated that segmental duplication was involved in PvIQD genes, while Ka/Ks analysis showed strong purifying selection predominant. The promoter regions of the PvIQD genes contained high levels of hormone and stress-related cis-elements. Stress-associated miRNAs may be involved in gene expression regulation by targeting PvIQD genes. PvIQD genes exhibited different expression profiles in different tissues. The expression profiles of 10 PvIQD genes obtained from RNA-seq data under salt stress were examined using qPCR. PvIQD genes appeared to elicit a strong response to salt stress. Consequently, PvIQD genes can regulate various stress responses.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    626824

    Endülüs Arap edebiyatında İbn 'Abdirabbih'in yeri el-'Ikdu'l-Ferîd örneği

    Ibn 'Abdirabbih's place in Andalusia arabic literature example of al-'Iqd al-Farîd

    TUBA ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    DinÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET YILMAZ

  2. Tez No

    432118

    Sayısal ortamda oluşturulan kentsel tasarım yaklaşımları

    Urban design approach in computational environment

    SERDAR KÖROĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MimarlıkYıldız Teknik Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MERYEM BİRGÜL ÇOLAKOĞLU

  3. Tez No

    230846

    Orta öğretim kurumları öğrencilerinin saldırganlık düzeylerinin aile ortamı ve benlik imgesi ile ilişkisi (Trabzon ili örneği)

    The relation between the aggression levels of the students of high school and family environment and self image

    SERKAN GÜNAYDIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Eğitim ve ÖğretimKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HİKMET YAZICI

  4. Tez No

    552278

    Nizam ül Mülk'ün Siyasetname adlı eserinde yöneten yönetilen ilişkisi

    The relations between the ruling class-subject in Nizam ul Mülk's Siyasat-Nama

    BAHAR GENÇ KURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Siyasal BilimlerMarmara Üniversitesi

    Sosyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖMER SAY

  5. Tez No

    162338

    İbn Akîle'nin 'Ikdu'l-Cevâhir Fî Selâsili'l-Ekâbir adlı eseri (edisyon kritik-tahlil)

    Ibn Aqila's Book Named of'Ikd al-Cawâhir fî Salâsil al-Aqâbir (edition, critique and analysis)

    ÖMER ÖZGÜL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    DinDokuz Eylül Üniversitesi

    Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. HİMMET KONUR

Geri Dön