IQD gen ailesinin fasulye bitkisinde (Phaseolus vulgaris L.) biyoinformatik olarak detaylı karakterizasyonu ve abiyotik stresle ilişkisinin mRNA düzeyinde araştırılması
Bioinformatics characterization of IQD gene family in common bean plant (Phaseolus vulgaris L.) in detail and investigation of its relationship with abiotic stress at the mRNA level
- Tez No: 834073
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İLKER BÜYÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Fasulye, Tuz stresi, Bean, Salt stress
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kalmodulin-bağlayıcı proteinlerin bir sınıfı olan IQD proteinleri (1Q-67 alanı), bitki büyüme ve gelişim süreçlerinin yanı sıra bitkinin çevresel uyaranlara tepkisinde yer alır. Günümüze kadar çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalar olmasına rağmen fasulyede IQD gen ailesinin fonksiyonları hakkında bilgi kısıtlıdır. Yapılan tez çalışmasında, fasulyede IQD gen ailesinin genom düzeyinde tanımlanması ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Toplam 36 PvIQD geni tanımlanarak PvIQD1 ila PvIQD36 olarak isimlendirilmiştir. Filogenetik analiz, PvIQD genlerinin dört gruba ayrıldığını ve aynı grupta yer alan genlerin ekzon-intron ve korunmuş motif içeriğinin benzer olduğunu ortaya çıkarmıştır. Sinteni analizi, PvIQD genlerinde segmental duplikasyonun rol oynadığını belirtirken Ka/Ks analizi güçlü arındırıcı seçilimin baskın olduğunu göstermiştir. PvIQD genlerinin promotör bölgeleri, yüksek oranda hormon ve stres ilgili cis-elementler içermiştir. Stres ile ilişkili miRNA'ların, PvIQD genlerini hedefleyerek gen ekspresyonu düzenlemesinde yer alabileceği tespit edilmiştir. PvIQD genleri, farklı dokularda farklı ifade profilleri sergilemiştir. RNA-seq verilerinden elde edilen 10 PvIQD geninin tuz stresi altında ekspresyon profilleri qPCR kullanılarak incelenmiştir. PvIQD genlerinin tuz stresine karşı güçlü bir tepki oluşturduğu görülmüştür. Sonuç olarak, PvIQD genlerinin çeşitli stres tepkilerini düzenleyebileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
IQD proteins (domain 1Q-67), a class of calmodulin-binding proteins, are involved in plant growth and development processes, as well as in the plant's response to environmental stimuli. The IQD gene family has been studied in various plants to date, but little is known about its functions in common bean. In the thesis study, genome-wide identification and characterization of the IQD gene family in common bean was performed. A total of 36 PvIQD genes were identified and named as PvIQD1 to PvIQD36. Phylogenetic analysis revealed that PvIQD genes were divided into four groups and that the exon-intron and conserved motif contents of the genes in the same group were similar. Sinteni analysis indicated that segmental duplication was involved in PvIQD genes, while Ka/Ks analysis showed strong purifying selection predominant. The promoter regions of the PvIQD genes contained high levels of hormone and stress-related cis-elements. Stress-associated miRNAs may be involved in gene expression regulation by targeting PvIQD genes. PvIQD genes exhibited different expression profiles in different tissues. The expression profiles of 10 PvIQD genes obtained from RNA-seq data under salt stress were examined using qPCR. PvIQD genes appeared to elicit a strong response to salt stress. Consequently, PvIQD genes can regulate various stress responses.
Benzer Tezler
- Tekirdağ ve yöresinde süt ineği barınaklarının çevre şartları ve ahırların mevcut durumu üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
HALİM BİNGÖL
- Phylogeography of the Savi's pipistrelle (Vespertilionidae, chiroptera) complex based on whole mitochondrial genome analysis
Savi'nin cüce yarasası kompleksinin (Vespetilionidae, chiroptera) filocoğrafyasının tüm mitokondriyal genom ile analizi
YELİZ ERGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇORAMAN
- İçerisinde akışkan bulunan öngerilmeli elastik tüplerde harmonik dalga yayılımı
Propagation of harmonic waves in prestressed elastic tubes containing a fluid
ALİ ERCENGİZ
- H∞ model eşleme probleminin lineer matris eşitsizlikleri yaklaşımı ile çözümü
The solution of the H∞ model matching problem via linear matrix inequalities
MURAT AKIN
Doktora
Türkçe
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEYLA GÖREN
- Endülüs Arap edebiyatında İbn 'Abdirabbih'in yeri el-'Ikdu'l-Ferîd örneği
Ibn 'Abdirabbih's place in Andalusia arabic literature example of al-'Iqd al-Farîd
TUBA ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Doğu Dilleri ve EdebiyatıÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTemel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET YILMAZ