Creating a viral enzymatic reaction library using bioinformatics databases and designing a prototype biosensor for an analyte to be prioritized
Biyoinformatik veritabanları kullanılarak viral enzimatik reaksiyon kütüphanesi oluşturulması ve önceliklendirilecek bir analit için prototip biyosensör tasarlanması
- Tez No: 857081
- Danışmanlar: PROF. DR. ÜLKÜ ANIK, DOÇ. DR. BARIŞ ETHEM SÜZEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyokimya, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Virüsler dünyadaki çoğu organizmayı enfekte edebilen küçük patojenlerdir. Etkileri enfekte organizma için hafif veya ölümcül derecede olabilir ve önemli ekolojik, insani, sosyal ve finansal maliyetlere yol açabilir. Her yıl, milyonlarca insanın yaşamını yitirmesinin yanı sıra, viral hastalıkların insan sağlığı üzerindeki etkileri nedeniyle mahsul kayıpları ekonomik olarak önemli bir boyutta gerçekleşmektedir. Bu nedenle bakım noktasında (POC), virüslerin tespiti büyük öneme sahiptir. Biyosensör gibi cihazlar virüslerin hızlı, pratik, ekonomik ve hassas tespitini sağlar. Biyosensör, numunedeki analit oranını ölçülebilir bir sinyale dönüştüren bir cihazdır. Bu sinyal elektriksel, optik, ısı vb. olabilir. Sensör tipi, sensördeki biyo bileşenin kullanımına göre değişim gösterebilir. Enzim bazlı biyosensör, enzim-substrat ilişkisi nedeniyle mükemmel seçiciliğe sahiptir. Enzim bazlı bir biyosensör geliştirmek, virüsle ilgili reaksiyonları araştırmak ve reaksiyon sonunda sensörle saptanabilir ürünler veren bir enzim bulmak en çok zaman alan iştir. Genellikle hiçbir doğrudan reaksiyon tespit edebileceğimiz ürünleri vermez. Bu nedenle, bir biyosensör çoğunlukla sensör tarafından algılanabilen ürünlere ulaşmak için uygun enzimleri kullanan bir reaksiyon sistemi/zincirinde tasarlanır. Bu çalışmada, belirli bir virüs türü için seçici bir enzimatik biyosensör yapmak amacıyla enzimleri önceliklendirecek tekrarlanabilir bir yöntem/algoritma oluşturmayı amaçladık. Bu amaçla, biyoinformatik verilerinden insan virüsleri ve insanlardaki enzimler gibi ilgili verileri topladık ve bir biyosensör yapmak için belirli bir virüs için analit adaylarını en uygundan en çoğa doğru sıralayan önceliklendiren algoritmayı geliştirdik. Bu araç tarafından önceliklendirilen enzimleri hedef alan bir İnfluenza A ve bir Sars-Cov-2 biyosensörü geliştirildi.
Özet (Çeviri)
Viruses are small pathogens that can infect most organisms on Earth. Their effect varies from slight to fatal for the infected organism, which may lead to significant ecological, human, social, and financial costs. Every year, in addition to the loss of millions of lives, crop losses occur on a significant economic scale due to the impact of viral diseases on human health. Therefore, point of care (POC) detection of viruses has major importance. Devices like biosensors provide fast, practical, economical, and sensitive detection of viruses. A biosensor is a device that transforms the analyte proportion in the sample into a measurable signal. This signal could be electrical, optical, heat, etc. The sensor type varies for using a biocomponent in the sensor. The enzyme-based biosensor has excellent selectivity derived from enzyme selectivity for its substrate. Developing an enzyme-based biosensor, investigating virus-related reactions, and finding an enzyme that gives sensor-detectable products at the end of the reaction is the most time-consuming. Generally, no direct reaction gives products that we can detect. So, a biosensor is mostly designed on a reaction system that uses suitable enzymes to reach sensor-detectable products. In this work, we aimed to create a reproducible pipeline to prioritize enzymes to make a selective enzymatic biosensor for a given virus species. For this purpose, we collected related data, such as enzymes in human viruses and humans, from bioinformatics databases, and we developed the algorithm that prioritizes analyte candidates for a given virus sorted from the most to the least suitable for making a biosensor. Targeting enzymes that are prioritized by this tool, we developed an Influenza A and Sars-Cov-2 biosensor.
Benzer Tezler
- Efervesan tabletlerde L-Askorbik asit tayini için mikroakışkan düzeyde kolorimetrik yöntem geliştirilmesi
For the determination of L-Ascorbic acid in efervescent tablets development of colorimetric method at microfluidic level
MERVE SÜMEYYE KÜRELİ DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN DEMİRATA ÖZTÜRK
DR. KADRİYE IŞIL BERKER ÇETİN
- MLM tipte yapılandırılmış yağlar ile D vitamini enkapsülasyonu ve biyoerişilebilirliğinin araştırılması
Encapsulation of vitamin D with using MLM-type structured lipid and investigation of bioaccessibility
SİBEL ARAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEŞE ŞAHİN YEŞİLÇUBUK
- Akut iskemik inmeli hastalarda disfonskiyonel hdl, myeloperoksidaz, lipid hidroperoksidaz değerlerinin inme şiddeti ve enfarkt volümüyle ilişkisi ve disabiliteyi tayin etmede prognostik değeri
The relationship of dysfunctional hdl, myeloperoxidase, lipid hydroperoxides levels with stroke violence and infarctus volume, and its prognostic value in determining disability in acute ischemic stroke
ESRA DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
NörolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖNÜL VURAL
- The effect of viral marketing on Y generation's purchasing behavior
Viral pazarlamanın Y jenerasyonu'nun satın alım davranışları üzerindeki etkileri
EDA İSKEÇELİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
İşletmeBahçeşehir ÜniversitesiPazarlama Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF KARAOSMANOĞLU
- Pazarlama iletişiminde sosyal medya uygulamaları ve Viral pazarlama
Social media applications on marketing communications and Viral marketing
ŞEYHMUS ALAKUŞU
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
İşletmeMarmara ÜniversitesiGazetecilik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ZEYNEP YELDA KADIOĞLU