Türkiye'deki bazı geleneksel bitkilerin antidiyabetik etki mekanizmalarının In Siliko yöntemler ile belirlenmesi ve besin bileşeni olarak potansiyel kullanımları
Determination of the antidiabetic effect mechanism of sometraditional plants in Turkey by In Silico methods and their potential use asnutritional components
- Tez No: 885632
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ABDULİLAH ECE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Beslenme ve Diyetetik, Nutrition and Dietetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Biruni Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Beslenme ve Diyetetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Diabetes mellitus, insülin salgısındaki kusurlar, insülinin etkisindeki sorunlar veya her ikisinin kombinasyonu ile karakterize bir metabolik hastalıktır ve uzun dönemde çeşitli organlarda hasara neden olabilir. Tedavide kullanılan ilaçların maliyetli olması, yan etki riskleri vb. nedeniyle, bitkilerden elde edilen biyoaktif bileşikler ekonomik ve güvenli alternatiflerdir. Birçok bitki, özel farmakolojik özelliklere sahip biyoaktif bileşikler içerir ve genellikle ilaçların istenmeyen yan etkilere yol açmazlar. Bu çalışmada, Türkiye'de geleneksel olarak kullanılan bitkilerin antidiyabetik etkileri in siliko yöntemlerle değerlendirilmiştir. Türkiye'de çeşitli yöntemlerle kullanılan ortalama 100 antidiyabetik bitki, içerdikleri 374 bileşik ve diyabetle ilişkili 10 kritik enzim belirlenmiş ve moleküler kenetlenme yöntemi ile incelenmiştir. Schrödinger programındaki LigPrep modülüyle 374 ligand hazırlanmış, optimizasyon için OPLS4 force field kullanılmış, her bir enzime en iyi bağlanan 10 ligand ve enzimlerin doğal ligandları çalışmanın sonuçlarında karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Schrödinger'in Grid Generation modülüyle proteinlerin bağlanma bölgeleri belirlenmiş ve Glide XP ve Glide SP modülleriyle moleküler kenetleme işlemi yapılmıştır. Öncelikle kristal yapıda bulunan doğal ligandlar ile hesaplamalar yapılmış ve hesaplama sonucu elde edilen geometri ile deneysel geometri arasındaki RMSD değerleri hesaplanarak metodun doğruluğuna bakılmıştır. QikProp modülüyle ligandların ADMET parametreleri değerlendirilmiştir. Çalışmanın sonucunda α-glikosidaza ve aldoz redüktaza sırasıyla en iyi bağlanan Kuwanon C ve Eupatolitin bileşikleri, enzimlerin doğal ligandlarından daha iyi bağlanmıştır. Sonuçlar, bu bileşiklerin enzimlerin bağlanma ceplerine iyi bir şekilde bağlandığını göstermektedir. Bu bulgular ışığında, bu bitkisel bileşikleri içeren bitkilerin bitkisel çaylar, içecekler, diyet takviyeleri, enerji barları, diyet atıştırmalıkları vb. kullanımları önerilmiştir.
Özet (Çeviri)
Diabetes mellitus is a metabolic disorder characterized by defects in insulin secretion, insulin action, or both, can lead to long-term damage to various organs. Due to the high cost and potential side effects of medications used in treatment, bioactive compounds derived from plants serve as economic and safe alternatives. Many plants contain bioactive compounds with specific pharmacological properties that generally don't induce unwanted side effects associated with medications. In this study, the antidiabetic effects of traditionally used plants in Turkey with various methods were evaluated using in silico methods. Approximately 100 antidiabetic plants used in Turkey were analyzed for their content of 374 compounds and their interactions with 10 critical enzymes related to diabetes using molecular docking techniques. The LigPrep module in the Schrödinger program was utilized to prepare 374 ligands, which were optimized using the OPLS4 force field. The top 10 ligands binding to each enzyme and the native ligands of the enzymes were comparatively evaluated in the study results. The binding sites of the proteins were determined using Schrödinger's Grid Generation module, molecular docking was performed using the Glide XP and Glide SP modules. First of all, calculations were made with native ligands in the crystal structure and the accuracy of the method was checked by calculating the RMSD values between the geometry obtained as a result of the calculation and the experimental geometry. QikProp module was used to assess the ADMET parameters of the ligands. The study concluded that Kuwanon C and Eupatolitin were the best-binding compounds to α-glucosidase and aldose reductase, respectively, demonstrating superior binding affinities compared to the enzymes' native ligands. In light of these findings, it is suggested that plants containing these compounds can be used in herbal teas, beverages, dietary supplements, energy bars, diet snacks, etc. their use is recommended.
Benzer Tezler
- Farklı ülkelerden sağlanan ham propolislerin biyolojik aktiviteye sahip fenolik bileşik içeriklerinin karşılaştırılması
Comparison of phenolic compound contents with biological activity of raw propolis from different countries
RAMADHANI NYANDWI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Eczacılık ve FarmakolojiUludağ ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN HÜSEYİN ORUÇ
- Antioxidant capacity and flavonoid diversity of Prosopis farcta
Prosopis farcta (çeti) bitkisinin meyve kısmının antioksidan kapasitesi ve flavonoid içeriği
İLKİN AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN ÖZTÜRK
- Isolation and characterization of saponins from some Astragalus taxa
Bazı Astragalus taksonlarından saponinlerin izolasyonu ve karakterizasyonu
DERYA GÜLCEMAL
Doktora
İngilizce
2013
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDAL BEDİR
PROF. DR. ÖZGEN ALANKUŞ-ÇALIŞKAN
- Tasarım aracı olarak 'sector': 'Sar' metodolojisinin TOKİ plan tipolojisine uygulanması
'sector' as design tool: 'Sar' methodology applied to TOKI's plan typology
HALİSE BETÜL BULUT
Doktora
Türkçe
2024
MimarlıkFatih Sultan Mehmet Vakıf ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMİL EKBER
- Trabzon'da bazı turizm merkezleri ölçeğinde yayla turizminin ekoturizm kapsamında incelenmesi
The analyzing of high plateau tourism regarding ecotourism in some tourism regarding ecotourism in some tourism centers scale in Trabzon
EMRAH YALÇINALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Peyzaj MimarlığıKaradeniz Teknik ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA VAR