Proteomic analysis of protein changes that may play a role in doxorubicin sensitivity due to toll-interacting protein silencing in hepatocellular carcinoma cell lines
Hepatoselüler karsinoma hücre hatlarında toll-etkileşimli proteinin susturulmasına bağlı olarak gelişen doksorubisin duyarlılığında rol oynayabilecek protein değişimlerinin proteomik analizi
- Tez No: 1002436
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ, DOÇ. DR. AYŞE BANU DEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatoselüler karsinom (HCC), karaciğer kanserinin agresif türlerinden biridir ve hastalığın oluşumu ve gelişiminde rol oynayan moleküler mekanizmaların anlaşılması, yeni tedavi yöntemleri geliştirilebilmesi için kritik öneme sahiptir. Toll-etkileşimli protein (TOLLIP), inflamatuar sinyal iletimi, otofaji ve hücre içi taşınım gibi süreçlerde görev alan adaptör bir proteindir. Bu süreçler kanserde sıklıkla düzensizleşmektedir. Bu çalışmada, TOLLIP geninin susturulmasını takiben hepatoselüler karsinom hücre hatlarında proteom düzeyinde meydana gelen moleküler değişikliklerin belirlenmesi ve bu değişikliklerin hücrelerin doksorubisine duyarlılığındaki rollerinin ortaya konması amaçlanmıştır.. Hep3B ve SNU449 hücreleri TOLLIP siRNA ile transfekte edilmiş ve RNA düzeyinde qPCR ve protein düzeyinde ELISA ile susturma verimliliği doğrulanmıştır. TOLLIP geninin susturulduğu koşullarda meydana gelen moleküler değişikliklerin proteom seviyesinde belirlenmesi, LC-MS/MS proteomik analiz yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sonuçlarımız, TOLLIP eksikliğinin çok katmanlı bir hücresel değişimii tetiklediğini göstermektedir. Önceki çalışmamızda elde edilen RNA düzeyindeki bulgularla entegre edilen proteomik analizler, hücrelerin hayatta kalmaya yönelik yanıtlar geliştirmesine rağmen otofajiyle ilişkili süreçlerin ve pürin geri kazanım yolaklarının azaldığını ortaya koymuştur. Bu durumun mitokondriyal hasarın birikimiyle ilgili olabileceği ve doksorubisin duyarlılığının artmasına katkıda bulunabileceği değerlendriilmiştir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is an aggressive type of liver cancer, and understanding the molecular mechanisms of its formation and progression is essential to investigating therapeutic interventions. Toll-interacting protein (TOLLIP) is an adaptor molecule involved in processes such as inflammatory signaling, autophagy, and intracellular trafficking, which are among the mechanisms that are frequently dysregulated in cancer. In this study, we aimed to determine the molecular changes at the proteome level following TOLLIP silencing in hepatocellular carcinoma cell lines that may play a role in doxorubicin sensitivity of these cells. Hep3B and SNU449 cells were transfected with TOLLIP siRNA, and knockdown efficiency was confirmed by qPCR at the RNA level and ELISA at the protein level. Proteomic analysis was carried out by using LC-MS/MS to determine the molecular changes at the proteome level upon TOLLIP knockdown. Our results showed that TOLLIP deficiency triggers a multi-layered cellular collapse. Integrated analysis revealed that even though cells activate their survival attempts, autophagy-mediated clearance and purine salvage pathways decreased, which may be related to the accumulation of mitochondrial damage and contribute to doxorubicin sensitivity.
Benzer Tezler
- Dynamic analysis of secretome alterations in a bacilysin-knock out mutant of Bacillus subtilis
Basilsin biyosentezinin susturulduğu bir Bacillus subtilis mutantında dinamik sekretom değişimlerinin analizi
ELİF TEKİN İŞLEREL
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- TMEM97'nin (Transmembran protein 97) kanser hücrelerinde kolesterol metabolizmasının düzenlenmesindeki rolünün araştırılması
Başlık çevirisi yok
YAHYA YOZBATIRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Moleküler Tıpİstanbul Medeniyet ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURCU YÜCEL
- Aterosiklerozis'e proteomik yaklaşımlar
Proteomics approches to atherosclerosis
ÇAĞRI GÜMÜŞTEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
- Studies on the mechanism of resistance against pyrethroids in Helicoverpa armigera: Molecular and proteomic approach
Helicoverpa armigeranın piretroidlere karşı geliştirdiği dayanıklılığın mekanizması üzerine çalışmalar: Moleküler ve proteomik yaklaşım
METİN KONUŞ
Doktora
İngilizce
2012
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. MESUDE İŞCAN
- Aksolotta omurilik hasarı sonrası rejenerasyonu sağlayan moleküler mekanizmaların proteomiks yöntemleri ile tanımlanması
Identification of molecular mechanisms of that play A role in axolotl spinalcord regeneration after spinal cord injury BY using proteomics
ECE CANA FESÇİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Tıbbi Biyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURAN DEMİRCAN