Geri Dön

Analysis of genetic relationships among prennial and annual cicer species growing in Turkey using allozyme and DNA polymorphisms

Türkiye'de yetişen prennial ve annual cicer türleri arasındaki genetik ilişkilerin allozim ve DNA polimorfizmleri ile analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 116533
  2. Yazar: MEHMET ALİ SÜDÜPAK
  3. Danışmanlar: PROF.DR. AYKUT KENCE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: C/cer, Baklagil, Nohut, Yabani nohut, Allozim, RAPD, Varyasyon, Genetik ilişki, Öbeklendirme analizi, Temel koordinatlar analizi, Cicer, Legume, Chickpea, Allozyme, RAPD, Variation, Genetic relationship, Cluster analysis, Principle coordinate analysis
  7. Yıl: 2001
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 121

Özet

ÖZ TÜRKİYE'DE YETİŞEN PERENNİALVE ANNUAL Cicer TÜRLERİ ARASINDAKİ GENETİK İLİŞKİLERİN ALLOZİM VE DNA POLİMORFİZMLERİ İLE ANALİZİ Südüpak, Mehmet Ali Doktora, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Aykut KENCE Yardımcı Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Musa DOĞAN Haziran 2001, 121 sayfa Annual Cicer türleri arasındaki genetik ilişkiler bu güne kadar değişik teknikler ile araştırılmıştır. Bu çalışmada ise allozimler ve rasgele çoğaltım (randomly amplified) ile elde edilen polimorfik DNA fragmentleri kullanılarak Türkiye'de yayılış gösteren perennial ve annual Cicer türleri arasındaki genetik ilişkiler çalışılmıştır.VII Dört perennial ve altı annual C/cer türünü temsil eden yabani ve kültür nohutu aksesyonunda yedi enzim sistemi kullanılarak muhtemel 12 lokusta allozim varyasyonu taranmıştır. Bazı perennial türlerde tür içi varyabilite dikkate değer oranda yüksek olduğu tespit edilmesine rağmen çalışılan annual türlerde allozim varyasyonu nispeten düşük bulunmuştur. Diğer taraftan türler arası allozim varyasyonunun oldukça yaygın olduğu ve hatta C/cer türlerinin belirli lokuslardaki aileler ile ayırt edilmelerinin mümkün olduğu tespit edilmiştir. Bunun yanında tek ve çok yıllık türlerin bir çok lokusta grup olarak farklı allellere sahip oldukları gözlenmiştir. Aksesyonlar arası genetik mesafe katsayıları kullanılarak yapılan öbeklendirme analizleri (cluster analizi) C/cer türlerinin iki guruba ayrıldıklarını göstermiştir. Bu guruplardan birinde üç perennial tür (C. montbretii, C. isauricum ve C. anatolicum) birlikte gruplanırken, bir perennial tür {C. incisum) ve altı annual tür (C. pinnatiffdum, C. Judaicum, C. bijugum, C. echinospermum, C. reticulatum ve C. arietinum) diğer grubu oluşturmuştur. Elde edilen bu gruplama, çalışılan perennial türlerden annual türlere en yakın türün C. incisum olduğunu ve daha önceki çalışmalar ile uyumlu olarakta kültür nohutuna en yakın annual türün C. reticulatum olduğu göstermektedir. Genel olarak değerlendirildiğinde, kültür nohutu aksesyonları ile C. Reticulatum ve C. echinospermum aksesyonlarının birlikte gruplanması ve bunların Türkiye'ninVIII güney doğusunda yayılış göstermeleri; kültür nohutunun bu yabani türlerden evrimi ve bu bölgenin nohutun orijin merkezi olduğu görüşü ile uyum içindedir Aynı C/cer koleksiyonundan seçilen 43 aksesyon kullanılarak aksesyonlar ve türler arası ilişkiler RAPD markırları ile çalışıldı. C/cer türlerinde genomik DNA yi yinelenebilir olarak çoğaltan yedi 10 mer oligonükleotit primeri ile C/cer aksesyonlarında RAPD varyasyonu tarandı. Tespit edilen 95 jel pozisyonundaki çoğaltım ürünlerinin değerlendirilmesi ile hazırlanan data matrisi kullanılarak aksesyonlar için öbeklendirme analizi yapıldı. Genel olarak, RAPD ler ile yapılan öbeklendirmenin allozimle ile yapılan öbeklendirmeye paralel olduğu gözlenmiştir. RAPD analizide allozim çalışması gibi C. İncisum'un annuallara en yakın perennial tür olduğunu ve C. reticulatumun kültür nohutuna en yakın annual tür olduğunu göstermiştir. Genel olarak değerlendirildiğinde, RAPD markırlarının C/cer genusunda varyasyon ve türler arası ilişkileri belirlemede informatif bir teknik olduğu tespit edilmiştir.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT ANALYSIS OF GENETIC RELATIONSHIPS AMONG PERENNIAL AND ANNUAL Cicer SPECIES GROWING IN TURKEY USING ALLOZYME AND DNA POLYMORPHIMS Südüpak, Mehmet Ali Ph.D., Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. Aykut KENCE Co-supervisor: Prof. Dr. Musa DO?AN June 2001, 121 pages Genetic relationships among annual Cicer species have been studied using various approaches. In this study, enzyme and Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPDs) polymorphisms were used to deduce relationships among annual and perennial species with distribution in Turkey.IV In allozyme analysis, using seven enzyme systems at 12 putative loci allozyme variation was surveyed in wild and cultivated Cicer accessions representing four perennial and six annual species. While variation within species appears to be limited in annuals, relatively high levels observed in some perennials. Generally, allozyme variation was common among species and many of the species could be differentiated on the basis of allozyme they have at the respective loci. Moreover, annuals and perennials as groups had different alleles at many of the loci studied. Genetic distances among accessions were computed from allele frequencies, and by taking averages of pairwise distance coefficients for accessions within each species, pairwise genetic distances for species were estimated. Cluster analysis of distance matrix for species resulted in a dendrogram with two main clusters; one contained three perennial species (C montbretii, C. isauricum and C. anatolicum) and the other had one perennial and six annual species (C. incisum, C. pinnatifidum, C. judaicum, C. bijugum, C. echinospermum, C. reticulatum and C. arietinum). From this grouping, it was apparent that among studied perennial species C. incisum is the closest perennial to the studied annuals, and as in previous studies C. reticulatum was found to be the closest annual to the chickpea. Overall, the close clustering of accessions belonging to two closely related species (C. echinospermum and C. reticulatum) with C. arietinum and their distribution in the southeasternAnatolia is consistent with the idea of the evolution of chickpea from these species, presumably from C. reticulatum, and this region is being the center of origin for chickpea. In RAPD analysis, using seven arbitrary primers selected from the set of 50 depending on their ability to amplify Cicer genomic DNA across all species were used to investigate genetic variation and relationships in same Cicer collection. Surveying RAPD variation in Cicer accessions yielded 95 reproducible RAPD bands (gel positions). The data matrix obtained from RAPD profiles of each accession was used to used to compute genetic distances among accessions according to Nei and Li's formula (1979). Cluster analysis and principle coordinate analysis were carried out to obtain graphical representations of relationships among accessions and species. Generally, the grouping of accessions and species corroborated the grouping obtained in allozyme analysis; C. reticulatum is the closest annual to the chickpea, and C. incisum is the closest perennial to annuals especially to the group containing C. pinnatifidum, C. judaicum, and C. bijugum. However, some differences were apparent. Results from RAPD analysis indicate that DNA polymorphisms could be more suitable and quick means to asses relationships and variation in the genus Cicer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    316088

    Antalya ilinde yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) taksonlarında genetik ilişkilerin DNA dizi analizi yöntemiyle belirlenmesi

    Assignment of genetic diversity based on DNA sequencing methods in some Sideritis L. (Lamiaceae) species, growing in natural flora of Antalya

    AHU ÇINAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BotanikAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KENAN TURGUT

  2. Tez No

    912603

    Characterization of orchardgrass (Dactylis glomerata L.) using morphological traits and molecular markers

    Morfolojik özellikler ve moleküler markörler kullanilarak domuz ayriği (Dactylis glomerata L.)'nin karakterizasyonu

    AHMAD NABHAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    ZiraatVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖSMETULLAH ARVAS

  3. Tez No

    154872

    Türk fındık çeşitlerinin RAPD markörleri ve pomolojik özelikleri ile tanımlanarak çeşitler arasındaki akrabalık ilişkilerinin belirlenmesi

    Identification of Turkish hazelnut cultivars by RAPD markers and pomological properties and determination of genetic relationships among the cultivars

    TAKİ DEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. NERİMAN YILDIZ

    Y.DOÇ.DR. YILDIZ AKA KAÇAR

  4. Tez No

    528910

    Türkiye'de tescillenmiş bazı ticari pamuk çeşitlerinin moleküler karakterizasyonu üzerine bir araştırma

    A study on the molecular characterization of some commercial cotton varieties registered in Turkey

    ADNAN AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET KARACA

  5. Tez No

    721625

    Erzurum yöresinde doğal olarak yetişen yalancı iğde (Hippophae rhamnoides L.) tiplerinin seçimi ve morfolojik, biyokimyasal, moleküler metotlarla karakterizasyonu

    Selection of naturally growing sea buckthorn (Hippophae rhamnoides L.) types in erzurum region and characterization by morphological, biochemical, molecular methods

    GÜLÇE İLHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiAtatürk Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZAİ ERCİŞLİ

Geri Dön