A Two-stage mathematical programming algorithm for predicting secondary structures of proteins
Proteinlerin ikincil yapılarının tahmini amaçlı iki aşamalı matematiksel programlama algoritması
- Tez No: 136749
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SELÇUK SAVAŞ, YRD. DOÇ. DR. METİN TÜRKAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Endüstri ve Endüstri Mühendisliği, Industrial and Industrial Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Özet yok.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Recognition of function of protein is one of the major steps in drug discovery process and it is known that functions of polypeptides are dictated by their structures. This study aims to predict secondary structures of proteins utilizing a two-stage probabilistic algorithmic approach. First stage is determination of structural class (all-a, all-P, a/p or a+P) of unknown protein by a Mixed Integer Linear Programming formulation. Next phase is searching 3 to 7-residues-long segments of unknown protein's residue sequence in database of structures of experimentally identified proteins, belonging to the same structural class determined for the unknown one. Source for data on structures of known proteins is Protein Data Bank; http://www.pdb.org. Three states (a-helix, P-sheet or loop) per residue predictions are obtained through a probabilistic approach utilizing outcomes of database search process. We achieved 100% accuracy in folding type determination phase. Weights to put on probabilities obtained from 3 to 7-residues-long segments for each structural class are determined optimally for each structural class via Non-Linear Programming Formulations again utilizing structural information on experimentally identified proteins. The prediction method is tested on 419, 579, 707 and 601 known proteins from all-a, all-P, a/p and a+p classes, respectively, as if they were not known. 3-states-per-residue accuracy levels obtained for all-a, all-p, a/p and a+p classes are 80.5%, 72.4%, 71.9% and 75.5%, respectively. m
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER