Characterisation of DNA from archaeological wheat (Triticum L.) seeds from anatolıa
Anadolu kökenli arkeolojik buğday (Triticum L.) tohumlarından elde edilen DNA'nın karekterizasyonu
- Tez No: 143150
- Danışmanlar: PROF. DR. AYKUT KENCE, PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Buğday, yanık tohum, arkeolojik DNA, moleküler belirteç, kırılgan rakilla, evcilleşme, PZR engelleme, uzunluk polimorfizmi, Wheat, charred seed, ancient DNA, brittle rachis, domestication, Anatolia, PCR inhibition, length polymorphism
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Arkeolojik buğday tohumlarından elde edilen“arkeolojik DNA”mn analizi, bir tarım ürünü olarak buğdaym tarihindeki bilinmeyen veya tartışmalı noktalan açıklığa kavuşturmak için kullanılabilir. Bu çalışmanın ilk bölümünde farklı bölge ve tarihsel dönemlere ait Anadolu kökenli yanık buğday tohumlarından verimli bir şekilde DNA özütlemesi ve çoğaltılmasını amaçlamıştır. Özüt örneklerinden hiçbiri Polimeraz Zincir Reaksiyonunu (PZR) ürünü vermemiştir. Bu durumun olası sebepleri bir yapay yanık tohum deneyi düzenlenmesi suretiyle araştırılmıştır. Sonuçlar, bu çalışmada kullanılan yanık arkeolojik örneklerden eldeki yöntemlerle DNA elde edilme ve çoğaltılma olasılığının çok düşük olduğuna işaret etmektedir. Dahası, yanık tohum özütlerinin PZR'yi ciddi biçimde engellediği gözlemlenmiştir. Çalışmanın ikinci bölümününde arkeolojik buğday analizinde kullanılmak üzere yeni DNA bazlı belirteçler geliştirmek amaçlanmıştır.“Kırılgan rakilla”karakterine bağlantılı ve dolayısıyla evcillik durumunu gösteren belirteçler aranmış ancak sonuç alınamamıştır. Ek olarak, kloroplast ve mitokondri bölgelerini hedefleyen primerler geliştirilmiş ve denenmiştir. Kloroplast TrnL ve TrnF genleri arasındaki 400 baz çiftlik bir bölgeye yönelik bir primer çifti üzerinde yoğunlaşılmış, bu bölgenin kısa bir parçası ise, bir diğer çalışmada özütlenmiş arkeolojik buğday DNA'sı kullanılarak çoğaltılmıştır. Dizilimi okunan bu bölgenin genetik farklılık içermediği ortaya çıkmıştır. Bu bölgenin daha geniş bir bölümünün ise bir dizi uzunluk polimorfizmi içerdiği gösterilmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analiz, bu polimorfizmlerin buğday gruplarını en azından ana-atalan düzeyinde ayrıştırmada kullanılabileceğini ortaya koymuştur.
Özet (Çeviri)
Ancient DNA analysis of archaeological wheat remains may serve to clarify unknown or controversial points in the history of wheat. In the first part of this study, extraction and amplification of DNA from Anatolian charred ancient wheat seeds obtained from different locations and ages was attempted. None of the our extraction samples yielded any PCR amplification. The possible reasons for this result were investigated by constructing an artificial charring experiment. The results suggest that the chances of obtaining DNA from the charred archaeological samples used in this study by the methods used are very low. Moreover, strong PCR inhibition by these charred seed extracts was observed. The second part of the study aimed to develop new DNA based markers for ancient wheat DNA analysis. Markers linked to the brittle rachis character exhibiting domestication status were sought, but no result was obtained. Primers targeting plasmon sequences were developed and tested. A primer pair amplifying a 400 bp portion of the chloroplast TrnL- TrnF intergenic region was focused upon. A short piece of this region was amplified using ancient wheat DNA extracted in another study. This short piece appeared non-polymorphic upon sequencing. The sequence spanning a wider portion of this region contained a number of length polymorphisms. Phylogenetic reconstruction using maximum parsimony showed that these polymorphisms were able to distinguish wheat taxa at the maternal ancestor level.
Benzer Tezler
- Genetic characterization of ancient charred wheat from the Kaymakçi Archaeological Site
Kaymakçı Arkeolojık alanından alınan antik kömürleşmiş buğday tohumlarının genetik karakterizasyonu
GÖKSU TUNÇER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
ArkeolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DR. ÖĞR. ÜYESİ FUNDA ÖZDEMİR DEĞİRMENCİ
- Meme kanserinde hipoksinin yarattığı hücre ölümünün karakteristiklerinin incelenmesi
Characterisation of the hypoxia-induced cell death in breast cancer
PELİN MACİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiKadir Has ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NEDRET ALTIOK
- Van Gölü havzasındaki bazı yabani mercimek venohut bitki kök nodüllerinden rhizobium bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu
Characterisation of rhizobium strains wild chickpea and lentil from Van province
MÜSLÜM YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM ATALAN
- Karpuz (Citrullus lanatus (thumb.) matsum. et naksi) rizosferinden Streptomyces bakterilerinin izolasyonu, teşhisi ve moleküler karakterizasyonu
Isolation, identification and characterisation of streptomyces spp. isolated from rhizosfere soils watermelon (Citrullus lanatus (thumb.) matsum. et naksi)
VEYSİ KIZMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM ATALAN
- Taq DNA polimeraz enziminin E. coli'de ekspresyonu ve saflaştırılması
Expression and purification of taq DNA polymerase enzyme in E. coli
FATMA ÇILDIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2003
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FERAY KÖÇKAR