Comparative analysis of product and by-product distributions in defined and complex media in serine alkaline protease production by recombinant Bacillus subtilis
Rekombinant Bacillus subtilis ile serin proteaz üretimi sırasında tanımlanmış ve kompleks ortamlardaki ürün ve yan-ürün dağılımlarının karşılaştırmalı analizi
- Tez No: 143384
- Danışmanlar: DOÇ. DR. PINAR ÇALIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Bacillus, serin alkali proteaz, tanımlanmış ortam, kompleks ortam, yan-ürün, amino asit, organik asit, hücredışı, hücreiçi, Bacillus, serine alkaline protease, defined medium, complex medium, by-product, amino acid, organic acid, extracellular, intracellular. IV
- Yıl: 2003
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Bu çalışmada ilk olarak, serin alkali proteaz (SAP) üretiminde potansiyel darboğaz oluşturduğu söylenilen aspartik asit grubu amino asitlerin SAP üretimine etkisi pHV1434: ısubC geni taşıyan recombinant Bacillus subtilis kullanılarak 0-15 mM konsantrasyon aralığında araştırılmıştır. Triyonin dışındaki bütün aspartik asit grubu amino asitler Caa> 2.5 mM iken SAP aktivitesini inhibe etmiştir. Herbir amino asit derişimi, CM= 0.25 mM iken; asparajin, aspartik asit, lözin, triyonin, izolözin ve metiyoninin için elde edilen en yüksek SAP aktiviteleri sırasıyla referans ortam aktivitesinin 1.89, 1.87, 1.61, 1.48, 1.4 ve 1.4 katı olarak bulunmuştur. Biyokimyasal tepkime sisteminin işleyişi ile ilgili derinlemesine bilgi elde etmek amacıyla, tanımlanmış ve kompleks ortamlardaki ürün ve yan-ürün dağılımları analiz edilmiş ve karşılaştırılmıştır. Kompleks ortamdaki en yüksek SAP aktivitesi tanımlanmış ortamdakinin 3-katı iken, özgül SAP üretim hızı 1.2-katı olarak bulunmuştur. Kompleks ortamdaki en yüksek hücre konsantrasyonu (Cx= 14.3 g dm 3), tanımlanmış ortamdakinin (Cx= 1.75 g dm"3) 8.1-katı olarak bulunmuştur. Her iki ortamda da okzalik asit hem hücre içinde hem de hücre dışında gözlenmiştir. Kompleks ortamda ayrıca süksinik asit de bulunmuştur. Bu bulgular, TCA döngüsünün yetersiz çalıştığını göstermektedir. Tanımlanmış ve kompleks ortamların ikisinde de serin, valin ve glisin ne hücredışında ne de hücreiçinde gözlenmiştir. Bu amino asitlerin sentezinin hız kısıtlayıcı bileşik olabilme potansiyeline sahiptir. Tanımlanmış ortamda asparajin hücreiçi ve hücredışında gözlenmezken, metiyonin hücre içinde fazla miktarda bulunmaktadır. Büyük olasılıkla asparajine giden akının düşük oluşundan kaynaklanmaktadır. Sonuç olarak aspartik asit grup amino asit asparajin sentezi SAP üretiminde tanımlanmış ortamda darboğaz oluşturma potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
In this study, firstly the effects of aspartic acid group amino acids -which were reported to be the potential bottleneck in serine alkaline protease (SAP) synthesis- on SAP production were investigated by substituting at a concentration range of 0-15 mM by using recombinant Bacillus subtilis carrying pHV1434: isubC gene. All aspartic acid group amino acids except threonine inhibited SAP activity when CM> 2.5 mM. The highest SAP activities with asparagine, aspartic acid, lysine, threonine, isoleucine and methionine werefound to be 1.89-, 1.87-, 1.61-, 1.48-, 1.4-, and 1.4-fold higher than the reference medium activity, respectively, when the concentration of each amino acid was (1^=0.25 mM. The product and by-product distributions in defined and complex media in SAP production were also analyzed and compared in order to obtain a depth in-sight on functioning of the metabolic reaction network. The highest SAP activity in complex medium was found to be 3-fold higher than defined medium activity, while, specific SAP production rate was 1.2- fold higher. The highest cell concentration in complex medium (Cx= 14.3 g/dnrf3) was 8.1- fold higher than that obtained in defined medium (Cx= 1.75 g/dm 3). In both media, oxaloacetic acid was observed extracellularly and intracellularly. In complex medium there was also succinic acid in the extracellular medium indicating that the operation of TCA cycle was insufficient. In both media serine, valine and glycine were observed neither in the extracellular nor in the intracellular media indicating that the synthesis of these amino acids can be a secondary rate limiting step. In defined medium asparagine was present neither in the cell nor in fermentation broth whereas, methionine was observed in the cell in high amounts, probably due to the lower flux values towards asparagine. Thus, in defined medium the synthesis of asparagine can also be a potential bottleneck in SAP production in defined medium.
Benzer Tezler
- Zemin-boru etkileşimi ve gömülü rijit borular üzerindeki toprak yükleri ile ilgili karşılaştırmalı bir inceleme
A comparative study on soil-pipe interaction and loads on rigid underground conduits
ERCÜMENT ECE
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGeoteknik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞRUL ÖZKAN
- İmalatçının sorumluluğuna uygulanacak hukuk
The law applicable to product liability
CANDAN YASAN
Doktora
Türkçe
2015
HukukGalatasaray ÜniversitesiÖzel Hukuk Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE ÖZDEMİR KOCASAKAL
- Gerilim çentiği tespiti için yeni bir algoritma tasarımı
Design of a new algorithm to detect voltage notching
KORAY ERHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER USTA
- Makine öğrenmesi yöntemleri ile yazılım hata tahmini
Software defect prediction with machine learning methods
MURAT ÇETİNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Kültür ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR KORAY ŞAHİNGÖZ