Computational search of the interaction between melanopsin and cryptochrome proteins
Melanopsin ve cryptochrome proteinleri arasındaki etkileşimin hesaplamalı araştırması
- Tez No: 182054
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyokimya, Mühendislik Bilimleri, Biology, Biochemistry, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Canlıların biyolojik, fizyolojik ve davranışsal fonksiyonlarındaki salınımlara Sirkadyanritmleri adı verilir. Sirkadyan ritmler yaklaşık olarak 24 saatlik döngülerle tekrarlanırlar.Memelilerde bu ritmler içsel bir saat tarafından düzenlenir; iç saat mekanizması beyindebulunan suprakiazmatik çekirdek (SCN) adlı yapı tarafından kontrol edilmektedir. SCN,çevresel ışık-karanlık evreleri ile senkronize çalışır.Retina tarafından algılanan ışık SCN'ye optik sinirler aracılığı ile haber verilmektedir.Retinada ışık algılayıcı proteinler bulunmaktadır. Bu proteinler retinadaki ışığı algılayıp içselsaate sinyal iletimi yapmak ile görevlidirler. Cryptochrome ve Melanopsin adlı proteinler(muhtemelen opsin familyasından başka proteinler ile birlikte) Sirkadyan ritmlerde görevalan, ışığı algılayan fotoreseptörlerdir.Deneysel sonuçlar iç saatin düzenli çalışması için Cryptochrome ve Melanopsinproteinlerinin muhtemel bir etkileşim içinde olmalari gerektiğini göstermektedir. Buçalışmada, olası etkileşimi kanıtlayabilmek için Melanopsin ve Cryptochrome proteinlerinintersiyer yapıları; ve iki protein arasındaki etkileşim hesaplamalı yöntemler kullanılarakbulunmuştur.Çalışmanın sonuçları memeli Melanopsin ve Cryptochrome proteinlerinin etkileşimiçerisinde olduğunu göstermektedir. Cryptochrome proteinin N-ucu Melanopsin proteinin C-ucu ve sitoplazmik kısımları ile etkileşmektedir. In vivo etkileşim, flüoresan mikroskopitekniği ile desteklenmektedir.
Özet (Çeviri)
Circadian rhythms are oscillations in the biochemical, physiological, and behavioralfunctions of organisms that occur with a periodicity of approximately 24 hours. Inmammals, circadian rhythm is generated by a molecular clock. The molecular clock,which is located at suprachiasmatic nuclei (SCN) part of brain, is synchronized byenvironmental light-dark cycle.The cryptochromes are the mammalian circadian photoreceptors; they absorb light andtransmit the signal to the molecular clock. The cryptochromes and melanopsin (andpossibly other opsin family pigments) have been proposed as circadian photoreceptorpigments that exist in the inner retina. Experimental studies imply that there is mostprobably an interaction between melanopsin and cryptochromes for molecular clock tofunction normally. In order to uncover this interaction; the tertiary structures ofMelanopsin and Cryptochrome; the possible interaction between those two proteins havebeen predicted by usage of different computational means.The results of this study imply that mammalian Melanopsin and Cryptochrome proteinsinteract. The N-termini of Cryptchrome protein interacts with C-termini and cytoplasmictails of Melanopsin protein. The in vivo interaction is supported by preliminaryflourescent microscopy technique.
Benzer Tezler
- The empirical analysis of international climate policies for energy decisions
Uluslararası iklim politikalarının enerji kararları için ampirik analizi
MUHAMMED MÜCAHİT DENK
Doktora
İngilizce
2025
EnerjiKoç ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği ve Operasyon Yönetimi
PROF. DR. CEYDA OĞUZ
- Farklı lif malzemelerinden oluşan çok katmanlı zırhların hesaplamalı balistik analizi
A computational study of ballistic response in multi-layer textile protection systems
LÜTFULLAH TAHA HALICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Uçak Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiUçak ve Uzay Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEHER EKEN
- Dolgun geometrili bir gemide kıç formu ve pervane konumunun sevk verimine olan etkisinin incelenmesi
An investigation into the effect of the aft form and propeller location on the propulsive efficiency of a blunt ship
GÜRBÜZ BİLİCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. UĞUR ORAL ÜNAL
DOÇ. DR. EBRU SARIÖZ
- Multi-objective aerodynamic shape optimization of helicopter nose
Helikopter burnunun çok hedefli aerodinamik şekil optimizasyonu
YİĞİT CAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERTAÇ ÇADIRCI
- Visual structures for generative design search spaces
Üretken tasarım çözüm alanlarında görsel yapılandırma
GÜNSU MERİN ABBAS
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
MimarlıkOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İPEK GÜRSEL DİNO
PROF. DR. AHMET CAN BAYKAN