A clustering method for the problem of protein subcellular localization
Proteinlerin hücre içi yerleşimlerini bulmak için bir kümeleme yöntemi
- Tez No: 199348
- Danışmanlar: PROF. DR. VOLKAN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Protein Sınıï¬andırma, Hücre Işi Yerleşim, Tayfsal Obekleme, u sgüuMetin Düzeneleme Uzaklığı, Ortük Motiï¬eru, Protein Classiï¬cation, Subcellular Localization, Spectral Clustering, StringEdit Distance, Implicit Motifs
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Perit BezekBu calışmanın odak noktası proteinlerin hücre işi yerleşimlerini bulmaktır cunküşs u c s şü uhücre işi yerleşim bir proteinin işlevlerini anlamada gayet yardımcı olacak bilgileru c s sişerir. Bir proteinin işlevleri amino asit dizisinden kestirilebilir. Motiï¬er ya da ko-c srunan altdiziler güclü bir şekilde belirli bir işlevin varlığına işaret eder. Aynı işleveuş u s s g s ssahip olduğu bilinen bir grup protein dizisinde, belirli bir altdizi ya da belirili birgaltdizi grubu sıkşa rastlanır olmalıdır yani bu altdizi gruplarının gürülme sıklığı,c ou gfrekansı, yüksek olmalıdır.uBizim ï¬krimiz bu ortak altdizileri übekleme yüntemi ile bulmak ve onları (implicito oËmotifs) proteinleri sınıï¬andırmak işin kullanmaktır. Iki altdizi arasındaki mesafeyichesaplamak işin geleneksel metin düzenleme uzaklığı, sadece harï¬erin değiştirilmesinec u g gsizin verecek şekilde uyarlanmış ve değişirme masrafı da bir amino asit benzerlik ma-s s gstrisine bağlı olacak hale getirilmiştir. Tayfsal übekleme, bu yeni metin düzenlemeg s o uuzaklığını baz alarak altdizileri başka bir uzaya gündermektedir; büylece kümelemeg s o o uproblemi daha kolay cüzülür hale gelmektedir. Verilen bir protein dizisi işin alt-şo u u cdizilerinin übeklere güre dağılımı bir sınıï¬andırıcıya verilecek olan üzellik vektürünüo o g o ou uoluşturmaktadır. Bu yaklaşımın en ünemli kısmı metin düzenleme uzaklığı uzerines s o u gükurulan tayfsal übeklemedir.oËc ü
Özet (Çeviri)
Perit BezekIn this study, the focus is on predicting the subcellular localization of a protein, sincesubcellular localization is helpful in understanding a protein?s functions. Function ofa protein may be estimated from its sequence. Motifs or conserved subsequences arestrong indicators of function. In a given sample set of protein sequences known toperform the same function, a certain subsequence or group of subsequences shouldbe common; that is, occurrence (frequency) of common subsequences should be high.Our idea is to ï¬nd the common subsequences through clustering and use thesecommon groups (implicit motifs) to classify proteins. To calculate the distance be-tween two subsequences, traditional string edit distance is modiï¬ed so that onlyreplacement is allowed and the cost of replacement is related to an amino acid substi-tution matrix. Based on the modiï¬ed string edit distance, spectral clustering embedsthe subsequences into some transformed space for which the clustering problem isexpected to become easier to solve. For a given protein sequence, distribution of itssubsequences over the clusters is the feature vector which is subsequently fed to aclassiï¬er. The most important aspect if this approach is the use of spectral clusteringbased on modiï¬ed string edit distance.
Benzer Tezler
- Prediction of protein subcellular localization using global protein sequence feature
Evrensel protein dizi özelliğinin kullanılarak protein hücresel sınıflandırılmasının tahmini
BURÇİN BOZKURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VOLKAN ATALAY
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı