Structural analysis of epidermal growth factor receptor and yeast signaling networks
Epidermal büyüme faktörü almacı ve maya sinyal ileti ağyapılarının yapısal analizi
- Tez No: 200217
- Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Biochemistry, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Hızlı-tarama teknolojilerindeki yeni gelismeler büyük ölçekli sinyal ileti agyapı modellerinin olusturulmasına ve bu modelleri analiz etmekte kullanılan metodların gelistirilmesine olanak saglamaktadır. Bu tez çalısması kapsamında epidermal büyüme faktörü almacı sinyal ileti agyapısı ve maya hücresindeki sinyal mekanizmaları grafik teorisi ve yolizi analizi yöntemleri ile yapısal olarak incelenmistir. Epidermal büyüme faktörü almacı sinyal ileti agyapısı memeli canlı hücrelerinde büyüme, yasama, çogalma ve baskalasma mekanizmalarını düzenlemektedir. Bu agyapı, en fazla incelenmis ve en iyi anlasılmıs sinyal ileti sistemlerindendir ve günümüzde sinyal iletim sürecindeki genel mekanizmaları anlamak amacıyla kullanılmaktadır. Grafik teorisi teknikleri kullanılarak yapılan analiz sonucunda EGFR ve maya sinyal ileti agyapılarının küçük-dünya yapısına sahip oldugu bulunmustur. Bu agyapıların içerisindeki sinyal moleküllerinin birbirleriyle olan baglarının dagılımının ölçekbagımsız oldugu ve güç-yasası modeline uyum sagladıgı anlasılmıstır. EGFR sinyal ileti agyapısına yolizi analizi uygulandıgında sinyal iletimi sonucunda en sık meydana gelen fenotipin programlanmıs hücre ölümü oldugu gözlemlenmistir. Bu fenotip diger fenotiplerle yaklasık olarak aynı sayıdaki dogrusal yola en kısa yol uzunlugu ile ulasmaktadır. Diger fenotipler arasında ise tümör olusumu ve mitojenez fenotiplerinin çevresel ve genetik degisikliklere karsı en dayanıksız oldugu bulunmustur. Hücre dısı sinyal proteinlerinden bu fenotiplere giden bütün dogrusal yollar aynı altı sinyal molekülünden geçmektedir. Maya sinyal ileti agyapısında ise sahip oldukları dogrusal yolların sayısına paralel sekilde, hücrenin G1 ve S fazları arasındaki geçisten sonra hücre duvarının düzenlenmesi en sık görülen, çiftlesme ise en az görülen fenotip olarak bulunmustur. Yolizi analizi ile dogrusal yollar içerisinde en fazla görev alan moleküller belirlenerek agyapıdaki en önemli sinyal molekülleri bulunmustur. EGFR sinyal ileti agyapısında kofaktör GTP ve kompleks Gb/Gg'nın agyapının bütün fenotiplerine giden dogrusal yolların % 70'inden fazlasında görev aldıgı gözlemlenmistir. Mayadaki sinyal ileti agyapısındaki bütün fenotiplere giden dogrusal yollarda görev alan proteinler ise Rvs167 ve Sla1 olarak bulunmustur.
Özet (Çeviri)
The recent progress in high-throughput technologies is allowing the reconstruction of large-scale models of signaling networks and development of corresponding analysis methods. Network properties of the most comprehensive published maps of the epidermal growth factor receptor (EGFR) signaling with related pathways and signal transduction mechanisms in yeast (Saccharomyces cerevisiae) were analyzed structurally using graph theoretic and pathway analysis techniques. The EGFR signaling pathway controls growth, survival, proliferation and differentiation of mammalian cells. It is one of the most investigated and best-understood signal transduction systems and now it is being used to understand the general mechanisms of signal transduction processes. The graph theoretic analyses of the EGFR and yeast signaling networks indicated that they have small-world topologies. The connectivity distributions of the signaling molecules in the networks have scale-free natures following power law model. The pathway analysis of EGFR signaling network indicated that as a result of signal transduction apoptosis may be the most frequent phenotype of the EGFR signaling having the smallest path lengths for nearly same number of linear paths for all phenotypes. The tumorigenesis and mitogenesis are found to be the least robust phenotypes having limited routes from the ligands that pass over the same six signaling molecules each time. Analysis via linear paths revealed that G1/S cell wall remodeling and mating are the most and least frequent phenotypes of yeast signaling network, respectively. The critical signaling molecules in the networks that participate in most of the linear paths from the ligands to the phenotypes were identified using pathway analysis. The cofactor GTP and the complex Gb/Gg are involved in more than 70 % of the linear paths through all phenotypes in the network indicating that the pathways going to all phenotypes of EGFR signaling network are crosstalking through these molecules. Similarly the proteins Rvs167 and Sla1 have roles in the linear paths going to all phenotypes in signal transduction network of yeast.
Benzer Tezler
- Lapatinib'in sıçan over ve uterus dokuları üzerine olan etkilerinin ışık ve elektron mikroskobik düzeyde araştırılması
The electron and light microscopic evaluation of effects of the Lapatinib on rat ovary and uterus
HANDE TOKGÖNÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Histoloji ve EmbriyolojiÇukurova ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK ÖZGÜ METE
- Identification of HB-EGF positive and HB-EGF responsive cell populations in zebrafish olfactory epithelium
Zebrabalığı koku alma epitelindeki HB-EGF pozitif ve HB-EGF'e yanıt veren hücrelerin tanımlanması
KARDELEN GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS
- Bazı yeni 4-aminokinazolin karboksamidin türevlerinin sentezi, yapılarının aydınlatılması ve antikanser aktivitelerinin incelenmesi
Synthesis, structure elucidation and anticancer activities of some new 4-aminoquinazoline carboxamidine derivatives
CEMRE ACAR HALICI
Doktora
Türkçe
2021
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCAGÜL ALTUNTAŞ DİNLENÇ
- Ribozomal protein L10 ve L41'in meme kanseri moleküler alt tipleriyle ilişkisi
The relationship of ribosomal protein L10 and L41 with breast cancer molecular subtypes
SEBATİ SİNAN ÜRKMEZ
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRŞEN BİLGİCİ
- Terapötik peptid yüklü polimerik nano ilaç formülasyonlarının geliştirilmesi ve moleküler modelleme çalışmaları ile incelenmesi
Development of therapeutic peptide-loaded polymeric nano drug formulations and investigation of their structures with molecular modeling studies
BİLGE BIÇAK
Doktora
Türkçe
2021
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERDA KECEL GÜNDÜZ
DOÇ. DR. YASEMİN KILINÇ