Geri Dön

Screening of plant factors that modulate the activation of the NF-kB transcription factor in mammalian cells

Memeli hücrelerindeki NF-kB transkripsiyon faktörünün etkinleştirilmesini düzenleyen bitki faktörlerinin taranması

  1. Tez No: 202741
  2. Yazar: PINAR ÖNAL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biology, Bioengineering, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

NF-kB aktivasyonuna yol açan sinyal iletim yolu, bağışıklık sistemindeki önemi sebebiyle geniş ölçüde çalışılmaktadır. Bu iletim yolundaki moleküller bağışıklık sistemini harekete geçirme ya da baskılamadaki rolleri nedeniyle insan hastalıklarını tedavi açısından da önemlidirler. NF-kB sinyal iletim yoluyla etkişebilecek bitki proteinlerini bulmak amacıyla bir genetik tarama düzeneği hazırladık. Tarama düzeneğimiz memeli hücre kültüründe ifade edilmiş ankyrin tekrarları içeren bitki proteinleriyle birlikte NF-kB aktivasyonuna bağlı olarak yeşil florasan protein (GFP) ifade eden NF-kB raportör vektöründen meydana geldi. Doku kültürü sistemi olarak kolay transfekte edilebilen insan embryonik böbrek hücresi HEK293T hücrelerini kullandık. Taramayı gerçekleştirmek için, temel moleküler biyoloji klonlama teknikleri kullanarak NF-kB aktivasyonuna duyarlı bir GFP raportör plazmidi inşaa ettik ve The Arabidopsis Information Resource'dan (TAIR) temin ettiğimiz plasmidleri kullarak Cre-enzimi rekombinasyon reaksiyonları ile 90 adet A. thaliana DNAsından oluşan bir memeli ifade vektörü kütüphanesi hazırladık. Bitki ankyrin tekrarlı proteinlerine odaklanmamızın üç nedeni vardır. Öncelikle, memeli ankyrin-tekrarlı proteinlerinin direkt olarak NF-KB'ye bağlandığı gösterilmiştir. İkincil olarak, değişik genomlar tarafından kodlanan proteinlerin birbiriyle etkileşme olasılığı yüksektir, ve son olarak da A. thaliana ankyrin-tekrarlı proteinleri bitki bağışıklık sisteminde rol oynamaktadırlar. Bu nedenlerden dolayı taramalarımızı 90 adet ankyrin-repeat A. thaliana proteiniyle sınırladık. Bu tarama sonucunda memeli hücrelerde ifade edilmiş 90 bitki cDNAsından üçünün raportör vektörümüzün GFP ifade miktarını değiştirerek, TNF-ot'ya bağlı NF-kB aktivasyonunu etkilediğini bulduk.

Özet (Çeviri)

The signal transduction pathway that leads to the activation of NF-kB İs extensively studied because of its importance in immune system activation. Any molecule that interferes with the pathway is therapeutically important because of its potential role in triggering or inhibiting the immune response. To identify proteins that interfere with the activation of NF-kB, we designed and performed a genetic screening system of plant proteins. ur screen consisted of ankyrin repeat plant proteins expressed in mammalian tissue culture cells along with an NF-kB reporter vector that expressed Green Fluorescent Protein (GFP) upon NF-kB activation. As a tissue culture system we used the easily transfected human embryonic kidney celi line HEK293T. To perform our screen, we generated an NF-kB sensitive GFP reporter plasmid by Standard molecular biology cloning techniques and we constructed a library of mammalian expression vectors that contained 90 A. thaliana cDNAs by Cre-mediated recombination between plasmids. We restricted our analysis to 90 cDNAs of ankyrin repeat domain containing proteins from A. thaliana for three reasons: First, ankyrin repeat containing proteins encoded by the mammalian genome have been shown to directly bind to NF-kB, second, proteins encoded by different genomes have the potential to interact with higher affınity than those encoded by the same genome and fınally, some A. thaliana ankyrin repeat domain proteins have been shown to be involved in plant immune responses. in our screen we found out that three out of 90 plant cDNAs that were expressed in mammalian cells affected TNF-ot induced NF-kB activation by changing GFP expression from our reporter vector.

Benzer Tezler

  1. In vitro characterization of CLOCK-interacting small molecules that changes the phase of the circadian rhythm

    Sikradyen ritmin fazını değiştiren CLOCK ile etkileşime geçen küçük moleküllerin ın-vitro karakerizasyonu

    BEGÜM BAYBALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

  2. Ayrık tuz çimi'nde (Puccinellia distans) selenyum (Se) toksisitesine dayanıklılık genlerinin belirlenmesi

    Determination of selenium (Se) toxicity tolerance genes in European alkali grass (Puccinellia distans)

    KÜBRA BUDAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET AYDIN AKBUDAK

  3. Tuz ve kuraklık stresi altında geliştirilmiş farklı fasulye (Phaseolus vulgaris L.) çeşitlerinde lea-3 geni mRNA ifade seviyelerinin kantitatif real-tıme pcr yöntemiyle incelenmesi

    Screening of lea-3 gene mRNA expression levels using with quantitative real-time pcr in different beans (Phaseolus vulgaris L.) subjected to salt and drought stress

    İLKER BÜYÜK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE SÜMER ARAS

  4. Şanlıurfa'da bitki koruma ürünü satış yerlerinde çalışanlarda nörolojik ve psikiyatrik semptomlar ve ilişkili faktörler

    Neurological and psychiatric symptoms and related factors of plant protection products sales workers' in Şanliurfa

    BURCU KARA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Halk SağlığıHarran Üniversitesi

    Halk Sağlığı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEYNEP ŞİMŞEK

    YRD. DOÇ. DR. SUNA SARIKAYA

  5. Morphological, physiological, and molecular screening of wild flower species of aladag mountains with special perception on landscape horticulture

    Aladağlardaki yabani çiçek türlerinin peyzaj bitkisi olarak kullanımlarının değerlendirilmesi üzerine morfolojik, fizyolojik ve moleküler taraması

    MEHTAP VURAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    ZiraatNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi

    Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDAT SERÇE