Geri Dön

Türkiye'de şap viruslarının tanı ve tiplendirilmesinde multipleks RT-PCR tekniği geliştirilmesi ve tanısal değerinin araştırılması

Devolopment of multiplex RT-PCR technique for FMDV diagnosis and typing in Turkey

PDF İndir

  1. Tez No: 242633
  2. Yazar: BEYHAN SAREYYÜPOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM BURGU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Viroloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

Bu çalışmada, Türkiye'de şap virusu saha izolatlarının moleküler tanısı ve tiplendirilmesi için multipleks RT-PCR tekniği geliştirilmesi amaçlandı. Bu amaçla, 2006-2008 yıllarına ait toplam 272 adet şap virusu enfekte tanı materyali ile 1999-2001 yıllarında şap hastalığı odaklarından gönderilerek, Şap Enstitüsü rutin tanı faaliyetleri sonucunda Asia-1 yönünden pozitif olarak saptanan ve Enstitü dil epitel arşivinde stoklanan 15 adet tanı materyali kullanıldı. Şap virusu genomunda VP1 ve 2AB bölgeleri hedef alınarak biri ortak (reverz primer) 3'ü şap virus serotip spesifik primerlerden oluşan multipleks PCR stratejisine yönelik primer tasarımı gerçekleştirilerek bu primerlerin kullanıldığı multipleks RT-PCR tekniği geliştirildi ve optimize edildi.Araştırmada kullanılan 272 adet saha materyali ve 15 adet Asia-1 arşiv saha materyali olmak üzere toplam 287 adet tanı materyalinin ELISA ile 131 adedi (%45.6) düzeyinde şap virusu (A,O ya da Asia-1) yönünden pozitif bulunurken, söz konusu tanı materyalinin (272 adet) geliştirilen RT-PCR protokolü ile 211 adedi (%77.5) şap virusu A, O serotipleri yönünden pozitif olarak saptandı. Elde edilen verilerin istatistik analizi sonucunda, direkt saha materyallerine uygulanan ELISA ve multipleks RT-PCR sonuçlarının arasındaki farklılık ile şap virusu O serotipi pasaj sıvılarına uygulanan ELISA ve multipleks RT-PCR sonuçlarının arasındaki farklılık önemli (p

Özet (Çeviri)

In this study, development of multiplex RT-PCR technique for differentiation of FMDV field isolates in Turkey was aimed. Two hundred and eighty seven FMDV infected samples collected between years, 2006-2008 and 15 archive epithelium of FMDV Asia-1 collected between years 1999-2001 and determined positive following routine diagnosis at FMD Institute constituted the material of the study. Primers (one common reverse and 3 FMDV type specific forward primers) were designed from the gene sequences VP1 and 2AB region of FMDV genome. The most appropriate primer sets were determined following in-silico (computer-based analysis) and in-vitro (laboratory PCR assays) analyses. Multiplex RT-PCR technique was developed and optimized using these novel primers.A total of 287 FMDV samples; 272 field samples (tongue epitelium) of FMDV A and O serotypes, and 15 archieved field samples of FMDV Asia -1 serotype were used in the study. Of the 287 diagnostic samples, a total of 131 (45.6%) were found to be positive in ELISA tests against the virus serotypes A, O, and Asia-1, while 211 (77.5%) out of 272 samples were positive in the novel multiplex RT-PCR protocol developed to detect A and O serotypes. Following the statistical analysis of the obtained results, significant difference (p

Benzer Tezler

  1. Tez No

    163999

    Türkiye'de izole edilen şap viruslarının genetik ve antijenik karakterizasyonu

    Genetic and antigenic characterisation of foot-and-mouth disease viruses isolated from Turkey

    ÜNAL PARLAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERAY ALKAN

  2. Tez No

    256965

    Türkiye'de Trakya bölgesinde güllerde görülen virüslerin biyolojik ve serolojik yöntemlerle saptanması üzerine araştırmalar

    Identification of some virus diseases on rose plants in Trakya region of Turkey by emloying biological and serological means

    GÖKHAN AKPINAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇITIR

  3. Tez No

    30037

    Türkiye'de izole edilen A ve O tipi şap virusu suşlarının antijenik varyasyonlarının SDS-PAGE ile incelenmesi

    Determination of antigenic variations of A and O type foot and mouth disease virus strains isolated in Turkey by SDS-PAGE

    S. İSMET GÜRHAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesi

    Viroloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDUN ÖZTÜRK

  4. Tez No

    44502

    Derin dondurulmuş (-70 C) inaktive ve inaktive-konsantre O1 tipi şap viruslarından hazırlanan aşıların invivo koruma değerleri

    Invivo protection value of the inactived and inactivated-concentrated vaccine prepared from O1 foot and mouth disease virus stored at -70 C

    HASAN ÖZTÜRKMEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1995

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    PROF.DR. İBRAHİM BURGU

  5. Tez No

    134648

    Trakya bölgesinde üretimi yapılan bazı tahıl türlerinde verim kayıplarına neden olan viral kökenli enfeksiyonların etmenlerinin tanımlanması

    Identification of viruses as a causal agents of yield loosing infections on some cereal crops in Trakya region of Turkey

    HAVVA İLBAĞI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    ZiraatEge Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜLKÜ YORGANCI

    PROF. DR. AHMET ÇITIR

Geri Dön