Geri Dön

Analysis of human protein-protein interaction network and cancer proteins using structural information

Yapısal bilgiyi kullanarak insan protein-protein etkileşim ağının ve kanser proteinlerinin analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 246829
  2. Yazar: GÖZDE KAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. ÖZLEM KESKİN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 62

Özet

Protein-protein etkilesim agları ortaya çıkarıyor ki bazı proteinler digerleriyleoldukça iletisim halindeyken (merkez proteinler olarak görev almaktadırlar), bazılarınınbirkaç tane iletisimi vardır. Aynı veya üst üste gelen baglanma yerleri merkezproteinlerde (tek ara yüzeyli merkez proteinler) ardı sıra kullanılmalıdır ki bu onlarıfarksız kılar. Alternatif olarak, çoklu-ara yüzeyli merkez proteinler birkaç farklıbaglanma yüzeyini kullanarak farklı partnerlere baglanırlar. Etkilesimleri fiziksel vekimyasal özelliklerine göre anlamak proteinlerin atomik detaylarını; yani üç boyutluyapıları gerektirir. Ve yine, kanserle ilgili proteinler etkilesim aglarında merkezproteinler olarak görev yapmaya daha egilimlidirler. Bu tezde, ?kanserle ilgili proteinara yüzeylerinin hangi özellikleri onların merkez proteini olarak görev yapmasınısaglıyor? ve ?bunların birçok farklı proteine degisen egilimlerle baglanması nasılmümkün oluyor? arastırıyoruz. Kanserle ilgili etkilesimleri içeren insan protein-proteinetkilesim agının detaylı bir analizini saglıyoruz. lk olarak, kanserle ilgili proteinleringenel davranıslarını inceliyor, ikinci olarak yapısal bir perspektiften bakarak buproteinler nasıl etkilesime giriyor ve hangi etkilesimler aynı anda oluyor ve hangileriaynı anda olmuyor, aydınlatıyoruz. Sonuçlar gösteriyor ki, kanserle ilgili proteinlerpartnerleriyle farklı ara yüzeylerden etkilesime giriyor, böylece daha çok çoklu-arayüzeyli merkez proteinlere denk geliyor (kanser proteinlerin %56 sı çoklu-ara yüzeyli)ve agdaki gerekli dügümleri olusturuyor. (bunların %76 sı gereklidir). Buna ek olarak,kanserli olmayanlarla karsılastırıldıgında, kanserle ilgili etkilesimlerin daha küçük, dahadüzlemsel, daha yüklü, az hidrofobik baglanma yüzeyleri vardır. Bu bulgular kanserdevarsayılan ilaç adaylarının spesifik baglanma bölgelerinin detaylarını bulmak açısındanönemli oldugu kadar kanserde yeni hedefler bulmak açısından da önemlidir.

Özet (Çeviri)

Protein-protein interaction networks reveal that some proteins are highly connectedto others (acting as hub proteins), whereas some others have a few interactions. Thesame or overlapping binding sites should be repeatedly used in hub proteins (singleinterface hub proteins) making them promiscuous. Alternatively, multi-interface hubproteins make use of several distinct binding sites to bind to different partners.Understanding the interactions with respect to their physical and chemical propertiesrequires the atomistic details of the proteins, namely the three-dimensional structures.Then again, cancer-related proteins are more likely to act as hubs in interactionnetworks. In this thesis, we investigate ?what features of cancer-related proteininterfaces make them act as hubs? and ?how it is possible for them to bind to manydifferent proteins with varying affinity?. We provide a detailed analysis of humanprotein-protein interaction network including cancer-related interactions. First weanalyze the global behavior of cancer-related proteins, second we hold a structuralperspective to elucidate how these proteins interact and figure out which interactionscan occur simultaneously and which ones exclude each other. The results reveal thatcancer-related proteins tend to interact with their partners through distinct interfaces,thus corresponding mostly to multi-interface hubs (56% of cancer-related proteins aremulti-interface) and constituting the nodes with higher essentiality in the network (76%of them are essential). In addition, they have smaller, more planar, more charged andless hydrophobic binding sites compared to non-cancer ones which may indicate lowaffinity and high specificity of the cancer-related interactions. These findings might beimportant in obtaining new targets in cancer as well as finding the details of specificbinding regions of putative drug candidates in cancer.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    820433

    Identification of candidate biomarkers and potential therapeutics for idiopathic pulmonary fibrosis through systems biology approaches

    İdı̇opatı̇k pulmoner fı̇brozı̇s içı̇n aday bı̇yobelı̇rteç ve potansı̇yel terapötı̇klerı̇n sı̇stem bı̇yolojı̇sı̇ yaklaşımları ile belı̇rlenmesı̇

    MECBURE NUR AKÇA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikMarmara Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYDA KASAVİ

  2. Tez No

    318012

    Large-scale integration of protein structural data into protein-protein interaction networks

    Protein yapısal verisinin protein-protein etkileşim ağlarıyla geniş çapta birleştirilmesi

    GÖZDE KAR MAKİNACI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Biyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ÖZLEM KESKİN

  3. Tez No

    751227

    Construction and analysis of tissue/disease specific protein-protein interaction networks by integrating large scale transcriptome data with genome scale protein-protein interaction networks

    Transkriptom ve genom ölçekli protein etkileşim ağlarının birleştirilmesi ile durum bazlı spesifik protein etkileşim ağlarının oluşturulması ve analizi

    ARZU BURÇAK ŞENKAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TOLGA CAN

  4. Tez No

    397233

    Network analyses to identify candidate protein and interactions responsible for breast cancer lung and brain metastasis differentiation

    Göğüs kanseri beyin ve akciğer metastazı arasındaki farklılaşmanın protein ağ analizi ile aday protein ve protein etkileşimlerini bulmak amacıyla ıncelenmesi

    EMEL ŞEN KILIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

  5. Tez No

    286421

    From yeast to human: Unraveling sphingolipid metabolism through macroscopic and microscopic analyses

    Mayadan insana: Makroskopik ve mikroskopik analizlerle sfingolipid metabolizmasının incelenmesi

    FATMA BETÜL KAVUN ÖZBAYRAKTAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. KUTLU Ö. ÜLGEN

Geri Dön