Design, construction and expression of a synthetic gene for metal binding proteins
Metal bağlayan proteinler için sentetik gen tasarımı, yapımı ve ifadelenmesi
- Tez No: 251088
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU, YRD. DOÇ. DR. GÜLŞAH ŞANLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Sentetik gen yapımı, günümüzde rekombinant proteinlerin farklı türlerdeifadelenmesini uygun hale getiren en mükemmel yoldur. Genomdaki tüm sekanslaraulaşılabilirlik, orjinal kaynağının dışında ifadelendirilmesine ihtiyaç duyulan proteinhedeflerinin sayısını önemli derecede arttırmıştır. Gen sentezi bunun için hızlı veekonomik bir yöntemdir. Bu çalışmada 186 baz çifti uzunluğundaki CUP1 genitarafından kodlanan Saccharomyces cerevisiae' ye ait bakır bağlayan proteininin hızlıve eksiksiz sentezi için iki basamaklı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemioluşturulmuştur. Bunun için birbirleriyle belli bölgelerde örtüşen ve özel restriksiyonbölgeleri eklenmiş 43 ila 49 baz uzunluğunda altı adet oligomer ilk basamaktapolimeraz zincir reaksiyonu ile birleştirilmiştir. Birleştirilen ürün ikinci basamakpolimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltıldıktan sonra pET28a(+) vektörüne klonlanmıştır.Klonlanan genin ifadelenmesi E. coli BL21 (DE3) hücrelerinde gerçekleştirilmiştir. E.coli ile S. cerevisiae hücreleri arasında kodon kullanım farklılığından dolayı ortayaçıkan protein ifadelenmesinin yetersiz olması problemi orjinal gen dizisinin E. colihücrelerinin kodon kullanımına uyarlanmasıyla aşılmıştır. Bu aşamadan sonra başarılıbir şekilde ifadelenen protein, His Select® HF nikel afinite kolon kromatografisi ilesaflaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
Construction of synthetic genes is today the most elegant way to optimize theheterologous expression of a recombinant protein. The availability of sequences of entiregenome has significantly increased the number of protein targets which many of themwill need to be overexpressed in cells other than the original source of DNA. Genesynthesis often provides a fast and economically efficient approach. In this study wehave optimized a two-step polymerase chain reaction (2-step PCR) method for the fastand extremely accurate synthesis of a 186 bp CUP1 gene encoding yeast Saccharomycescerevisiae copper metallothionein. A total of the six overlapping oligonucleotides rangedfrom 43 to 49 in length, designed with the unique restriction sites, were assembled in asingle step PCR. The assembly was then further amplified by second PCR to produce asynthetic gene which has been cloned into the pET28a(+) vector to allow the expressionof CUP1 gene in E. coli BL21 (DE3) host cell. In order to compare the difference inexpression level of the gene with optimized codon usage for E. coli, CUP1gene wasredesigned according to codon bias of host cell. A significant increase of expression levelof codon optimized gene was obtained compared to original sequence of CUP1 gene ofcopper metallothionein in yeast Saccharomyces cerevisiae.
Benzer Tezler
- Expression of membrane-acting immunotoxins based on the bacillus thuringiensis Cyt2Aa1 toxin in Pichia pastoris
Başlık çevirisi yok
CEMAL GÜRKAN
- Design and construction of membrane-acting immunotoxins for intracellular and secreted protein expression in Pichia pastoris
Başlık çevirisi yok
CEMAL GÜRKAN
- Making use of synthetic biology toolbox for industrial biotechnology applications: The case of enzyme production
Endüstriyel biyoteknoloji uygulamaları için sentetik biyoloji gereç kutusunun kullanımı: Enzim üretimi
FİLİZ ERÇELİK
Doktora
İngilizce
2022
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKEM EMRAH NİKEREL
- Design and construction of double promoter systems andtheir use in pharmaceutical protein production inP. pastoris
P. pastoris ikili-promotör sistemleri tasarımı ve oluşturulması ile farmasötik protein üretimine katkısı
İREM DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Kimya MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. PINAR ÇALIK
- Constructing peptide (GEPI)-protein molecular hybrids by using genetic engineering methods for materials and medical applications.
Malzeme ve medikal uygulamalar için gen mühendisliği yoluyla peptid (GEPI)-protein hibritlerin oluşması.
DENİZ ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2011
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANDAN TAMERLER
PROF. DR. MEHMET SARIKAYA