Arabidopsis thaliana (L.) heynh türünde tuz stresinin gen anlatımı üzerindeki etkisi
The effect of salt stress conditions on the gene expression ın Arabidopsis thaliana (L.) heynh
- Tez No: 258905
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CÜNEYT AKI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Arabidopsis thaliana, sgf29a, ada2b-1, gen ekspresyonu, SAGA kompleksi, Arabidopsis thaliana, sgf29a, ada2b-1, gene expression, SAGA complex
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 64
Özet
Bu çalışmada bir model organizma olan Arabidopsis thaliana (L.) Heynh bitkisinde sgf29a, ada2b-1, sgf29a;ada2b-1 mutantlarının tuza tolerans yanıtlarının anlaşılması ve gen ekspresyonlarındaki rollerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada öncelikle, T-DNA mutantı olan sgf29a, ada2b-1, çift mutant sgf29a;ada2b-1 tohumları kullanılmıştır. Kontrol olarak yabani form olan Wasilewskia (Ws) ekotipi kullanılmıştır. Çalışmada gen ifade analizleri için, in vitro bitkilere 100 mM NaCl uygulanmıştır. Tuz stresinin ardından, RNA izolasyon kiti kullanılarak sgf29a, ada2b ve sgf29a;ada2b-1 mutantlarından RNA ekstrakte edilmiştir. PCR reaksiyonları RD29B, RD22, COR47, COR78, COR6.6, COR15A, RAB18, GOLS3 ve XERICO spesifik primerleri kullanılarak uygulanmıştır. Böylece mutantlarda bu genlerin ifade oluşları Gelpro32 programı kullanılarak değerlendirilmiştir. Gen ekspresyon analizlerine ek olarak, 0mM, 50mM, 75mM, 100mM NaCl uygulamaları sonucunda mutant bitkilerin kök gelişimlerinin kontrol bitki ile karşılaştırılmaları gerçekleştirilmiştir. 4 gün boyunca kök uzamaları ImageJ programı ile ölçülmüş ve kayıt edilmiştir.Sonuçlar ada2b-1 mutantının tuz toleransına hassas olduğunu gösterirken, sgf29a bitkisinin yabani tip bitkiden dirençli olduğu gözlenmiştir. Kök gelişim analizlerinde çift mutant sgf29a;ada2b-1 tuz stresine ada2b-1 mutantından daha az hassasiyet göstermiştir.. Tuz yanıt genlerinin PCR sonuçlarına göre, COR15A, RAB18 ve RD29B gen ifadesinde ada2b-1 transkript seviyesinin yabanıl tip bitki ile karşılaştırıldığında azaldığı gözlenmiştir. Aksine XERICO gen ifadesinde ada2b-1 transkript seviyesi artmıştır
Özet (Çeviri)
In this study, it is aimed to understand salt tolerance respond of sgf29a, ada2b-1, sgf29a;ada2b-1 mutants and investigate roles of these genes on gene expressions in Arabidopsis thaliana as a modal organism.In this study Arabidopsis thaliana (L.) Heynh, T-DNA mutant lines sgf29a, ada2b-1, sgf29a;ada2b-1 seeds were used. Wasilewskia (Ws) seeds were used as control plant. In this study, 100 mM NaCl was treated on in vitro plants. Then, total RNA was extracted from sgf29a, ada2b-1, sgf29a;ada2b-1 seedlings according to manufacturer?s instruction using Nucleospin kit. PCR reactions were performed by using the gene specific primers such as RD29B, RD22, COR47, COR78, COR6.6, COR15A, RAB18, GOLS3, XERİCO. Thus, these gene expressions in mutants were evaluated. In addition to gene expression analyzes, root development analyzes of ws, sgf29a, ada2b-1, sgf29a; ada2b-1 were carried out under the different NaCl concentrations (0, 50, 75 ve 100 mM). During 4 days, root length was measured and recorded with Gelpro32 programme. Root development and gene expression analyzes were compared for understand salt tolerance of mutants and their roles in gene expression.Our results indicated that ada2b-1 mutant is more sensitive to salt treatment, (Most notably in 50 mM NaCl) whereas the root growth of sgf29a plants was more resistant than wild type plants. Double mutants sgf29a;ada2b-1 displayed lower sensitivity to salt stress than ada2b-1 in root growth assays.In PCR results of salt-responsive genes, COR15A, RD29B and RAB18 gene expression, ada2b transcript level was reduced as compared wild type transcript level. On the contrary, ada2b transcript level was increased in XERICO gene expression as compared wild type.
Benzer Tezler
- Arabidopsis thaliana (L) Heynh. türünde ß-1,3-glukanaz kodlayan bazı genlerin fonksiyonlarının incelenmesi
Functional investigations of some genes encoding ß-1,3-glucanase in Arabidopsis thaliana (L) Heynh.
ELİF POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Arabidopsis thaliana (L.) heynh. kallaz komponenti ß-1,3-glucanase'ın tanımlanması
Identification of callase component ß-1,3- glucanase gene in Arabidopsis thaliana
YASEMİN DEMİRGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
- Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinde Phelipanche ramosa (L.) pomel parazitinin ve tuz stresinin neden olduğu fizyolojik, biyokimyasal ve gen ifadesi düzeyindeki değişimlerin araştırılması
Investigation of physiologic, biochemical and gene expression level changes caused by Phelipanche ramosa (L.) pomel and salt stress in Arabidopsis thaliana (L.) heynh.
SEFER DEMİRBAŞ
Doktora
Türkçe
2011
BiyokimyaÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. OKAN ACAR
- Şiddetli kuraklık koşullarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinin morfolojik ve anatomik özellikleri ile beta-karbonik anhidraz gen ifadesi üzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of severe drought conditions on morphological and anatomical characteristics and beta-carbonic anhydrase gene expression of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.
OĞUZHAN KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiMersin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA BİNZET
DR. ÖĞR. ÜYESİ SERTAN ÇEVİK
- Bor ve 24-epibrassinolid uygulamalarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh'da hücre çeperi ile ilgili bazı genlerin ekspresyon seviyeleri üzerine etkileri
The effects of boron and 24- epibrassinolid treatments on expression levels of some genes related to cell wall in Arabidopsis thaliana (L.) Heynh
RABİA İŞKİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiBartın ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YONCA SURGUN ACAR