Geri Dön

Arabidopsis thaliana (L.) heynh. kallaz komponenti ß-1,3-glucanase'ın tanımlanması

Identification of callase component ß-1,3- glucanase gene in Arabidopsis thaliana

  1. Tez No: 258911
  2. Yazar: YASEMİN DEMİRGAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Bu çalışmada bir model organizma olan Arabidopsis thaliana (L.) Heynh bitkisinde henüz tanımlanmamış olan kallaz enzim kompleksi bileşeni ß-1,3-glukanaz kodlayan gen veya genlerin karakterize edilmesi amaçlanmıştır.Çalışmada öncelikle, ß-1,3-glukanaz gen ailesine dahil 50 gen biyoinformatik araçlar kullanılarak incelenmiş, üye genlerin ifade profilleri mikrodizilim veritabanları kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Kallaz bileşeni ß-1,3-glukanaz kodladığı varsayılan altı aday gen tespit edilmiştir. A. thaliana (L.) Heynh. bitkisinden total RNA izolasyonu kallaz enziminin aktif olduğu tetrat safhasındaki anterlerden gerçekleştirilmiştir. Aday genlerin anterdeki ifadeleri özgün primerler kullanılarak RT- PCR ve semi-quantitative RT-PCR aracılığı ile belirlenmiştir. Bu primerlerden sırasıyla 767, 609, 890, 840, 557 ve 672 bç' i büyüklüğünde DNA bantları elde edilmiştir. Ayrıca aday genlerin somatik (yaprak ve gövde) dokulardaki ifadeleri de karşılaştırma amacı ile ortaya çıkarılmıştır. PCR ürünleri %1' lik agaroz jel elektroforezi ile ayrılmış ve ethidium bromide ile boyandıktan sonra U.V. altında görüntülenmiştir. Bu sayede, biyoinformatik analizler sonucu aday olarak belirlenen altı genin anter ve somatik dokulardaki ifade profilleri belirlenmiştir. Buna göre somatik dokularda At3g55780 ve At3g61810 genlerinin ifadelerinin yüksek olduğu görülmüştür. Buna karşın anterde kalloz degredasyonu sırasında At4g14080, At3g23770 ve At3g55780 genlerinin tercihen ifade olduğu ortaya çıkmıştır. Bu sonuçlar Arabidopsis thaliana (L.) Heynh bitkisinde ß-1,3-glukanaz kodlayan At4g14080, At3g23770 ve At3g55780 genlerinin kallaz enzim kompleksi bileşeni olabileceğini göstermiştir

Özet (Çeviri)

In this study, it is aimed to characterize gene or genes encoding the ß-1,3-glucanase components of callase enzyme that has not been identified before, in Arabidopsis thaliana as a modal organism.In this study, 50 genes belongs to ß-1,3-glucanase family 17 were screened by appliying various bioinformatic filters and microarray databases were revealed the expression profiles of these genes. Six candidate genes encoding ß-1,3-glucanase component of callase were determined. Total RNA was isolated from A. thaliana anthers at tetrad stage when callase enzyme is active. The candidate genes profiles in anthers were determined by RT-PCR using gene specific primers. The RT-PCR products obtained with these primers were 767, 609, 890, 840, 557 and 672 bp in lengths. Also the candidate genes expression profiles in somatic tissues were revealed to compare with anthers. PCR products separated in %1 agarose gel electrophoresis were stained with Ethidium Bromide and recorded on U.V. table. We observed that while genes were preferentially expressed in somatic tissues, in anthers during callose degradation At4g14080, At3g23770 and At3g55780 genes were expressed. These results indicate that At4g14080, At3g23770 and At3g55780 genes encoding ß-1,3-glucanase could be concluded to be part of the callase enzyme complex in Arabidopsis.

Benzer Tezler

  1. Arabidopsis thaliana (L) Heynh. türünde ß-1,3-glukanaz kodlayan bazı genlerin fonksiyonlarının incelenmesi

    Functional investigations of some genes encoding ß-1,3-glucanase in Arabidopsis thaliana (L) Heynh.

    ELİF POLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KEMAL MELİK TAŞKIN

  2. Arabidopsis thaliana (L.) heynh türünde tuz stresinin gen anlatımı üzerindeki etkisi

    The effect of salt stress conditions on the gene expression ın Arabidopsis thaliana (L.) heynh

    ÖZNUR TANRIVERDİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CÜNEYT AKI

  3. Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinde Phelipanche ramosa (L.) pomel parazitinin ve tuz stresinin neden olduğu fizyolojik, biyokimyasal ve gen ifadesi düzeyindeki değişimlerin araştırılması

    Investigation of physiologic, biochemical and gene expression level changes caused by Phelipanche ramosa (L.) pomel and salt stress in Arabidopsis thaliana (L.) heynh.

    SEFER DEMİRBAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyokimyaÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. OKAN ACAR

  4. Şiddetli kuraklık koşullarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. bitkisinin morfolojik ve anatomik özellikleri ile beta-karbonik anhidraz gen ifadesi üzerine etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the effects of severe drought conditions on morphological and anatomical characteristics and beta-carbonic anhydrase gene expression of Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.

    OĞUZHAN KURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiMersin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RIZA BİNZET

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERTAN ÇEVİK

  5. Bor ve 24-epibrassinolid uygulamalarının Arabidopsis thaliana (L.) Heynh'da hücre çeperi ile ilgili bazı genlerin ekspresyon seviyeleri üzerine etkileri

    The effects of boron and 24- epibrassinolid treatments on expression levels of some genes related to cell wall in Arabidopsis thaliana (L.) Heynh

    RABİA İŞKİL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyolojiBartın Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YONCA SURGUN ACAR